К середине октября стихия бунта накрыла все Кокандское ханство. Навязанный Кауфманом договор от 22 сентября вместо того, чтобы поставить точку в истории подчинения Коканда, спровоцировал новую, еще более мощную волну хаоса и насилия, которая привела к краху всей кокандской конструкции централизованной власти.

16 октября Кауфман с почти половиной войск выбыл из Намангана и направился в Ходжент, 26 октября прибыл в Ташкент, а оттуда в начале декабря отправился в Петербург. Военный историк Терентьев писал об этом так: «Как-то неловко было главному начальнику края покидать край, в самый разгар событий». Справедливости ради, у Кауфмана, видимо, имелись проблемы со здоровьем, он настойчиво просился у Милютина в отставку с должности генерал-губернатора Туркестанского края. В Наманганском отделе остался только что произведенный в генерал-майоры Скобелев с войском около 2,5 тысяч человек, включая более 600 казаков, из этого общего числа около двух тысяч расположились в самом Намангане, чуть более полутысячи — во втором по величине городе Наманганского отдела Чусте. Позже Кауфман решил усилить ферганскую армию, отправив дополнительно около 500 человек для размещения в Акджаре в предгорьях Кураминского хребта, чтобы охранять пути снабжения между Ходжентом и Наманганом. Вся эта боевая группировка имела 18 орудий и 4 ракетных станка.

32-летний Михаил Скобелев (местные источники называли его «Сакал-урус» — «бородатый русский») принадлежал к близкой к императорскому двору семье, располагал связями в высших кругах. По окончании престижной Николаевской академии в 1868 году он оказался в Центральной Азии, участвовал в небольших экспедициях на границе с Бухарой, в 1873 году — в Хивинском походе, где основными его задачами были военная разведка и командование кавалерией. По словам Куропаткина, в глазах своих недоброжелателей Скобелев «был честолюбец, неразборчивый в средствах для продвижения вперед. В частной жизни Скобелев давал повод к нареканиям, делал долги, не платил их, любил кутить, пил много шампанского, ходил в довольно грязном белье, был циник на словах»; при этом его почитатели «не оставались равнодушными к его обаятельной личности», «с необычайною убедительностью он мог доказывать то, во что сам не верил». В боях он отличался самостоятельностью действий, быстрым принятием решений и приписыванием себе особых заслуг. Кауфман, говоря об исполнительности и энергичности Скобелева, все же заметил в одном из своих писем Милютину его «честолюбие, желание выскочить, отличиться от других» и его способность смотреть «снисходительно на средства и на некоторые свои поступки». Тем не менее в 1875 году Кауфман назначил Скобелева начальником Наманганского отдела, оставив его в Фергане для завершения Кокандского похода. Новоиспеченный генерал-майор впервые получил возможность самостоятельно командовать отдельной армией, управлять большим регионом и вырабатывать политическую стратегию. Для него это был решающий шаг в военной и имперской карьере.

Заместителем Скобелева в Наманганском отделе стал его ровесник и верный товарищ 31-летний полковник барон Александр Меллер-Закомельский. Он чуть позже Скобелева закончил ту же Николаевскую академию и одновременно с ним был отправлен на службу в Центральную Азию, участвовал в различных военных экспедициях и в Хивинском походе, перед Кокандской войной служил военным начальником в Ура-Тюбе. По словам того же Куропаткина, «изящный, женственный, с лицом херувима», но в то же время «находчивый, циничный, распорядительный, настойчивый» Меллер-Закомельский отличался решительностью и даже вспыльчивостью; накануне Кокандского дела он находился под судом за убийство уездного судьи Каргопольцева, что, впрочем, сошло ему с рук благодаря связам его влиятельного отца.

С августа по октябрь оба были лишь одними из командиров в подчинении Кауфмана и занимали не вторую и даже не третью должность после него. На роль начальника отдела было несколько кандидатур, и Кауфман попросил всех их высказать свои соображения о дальнейших планах; Скобелев в этом соревновании победил. Выбор именно Скобелева и Меллер-Закомельского на должности новых начальников наманганской военной группировки диктовался, скорее всего, тем, что во главе отдела генерал-губернатор видел не опытного администратора — у Скобелева и его заместителя не было такого рода заслуг, — но боевых инициативных военачальников, которые могли действовать без оглядки на формальности и в желании сделать быструю карьеру не ограничивали бы себя моральными соображениями.

Изначально российская власть на новой территории, которую считала своей, собиралась вести себя осторожно и мирно завоевывать лояльность жителей. Скобелев вслед за Каумфаном был уверен, что «жители все более убеждаются в нашей силе и своей безопасности». Кауфман увещевал наманганцев: «Русский закон требует, чтобы каждый жил мирно, по совести, молился, работал и богател. Пусть каждый из вас живет так, как того требует закон, и молится Богу так, как его научили отцы. Бог един; и русские, и мусульмане все молятся одному Богу; и русский закон не насилует ничьей совести, не требует, чтобы молились Богу так, а не иначе. Он требует только доброй, справедливой жизни». Скобелев писал, что «здесь, в наших пределах, необходимо крайне осмотрительно решаться на крутые меры», и провозглашал принцип, что «строгость будет идти рука об руку со справедливостью, этим краеугольным камнем всякой осмысленной администрации». «Здесь в Азии, как везде, нужда, голод порождают беспорядок, — писал начальник Наманганского отдела, — и обратно, чем скорее удается правительству, тем или другим способом связаться с покоренным краем экономическими узами, тем скорее пройдет царство штыка, что, конечно, всегда и везде наиболее желательно для блага народа». Кауфман приказал для умиротворения освободить население от выплаты подати за 1875 год. Власть активно покупала у местных жителей различные товары, нанимала их на работу, стараясь экономически заинтересовать отношениями с россиянами. Высылку отрядов по разным направлениям Скобелев полагал считать скорее научными и полицейскими мерами, но не военными акциями, чтобы самим знакомиться с новой территорией и чтобы новые подданные знакомились с российскими порядками. Скобелев убедительно писал о гуманности высшей власти к местному населению.

К ноябрю канцелярией генерал-губернатора был подготовлен проект Временного положения об управлении Наманганским отделом, который во многом повторял управление Амударьинским отделом. Вся военная и гражданская власть, а также ведение пограничных дел сосредотачивались в руках начальника, который напрямую подчинялся генерал-губернатору. При начальнике была должность его помощника, или заместителя, в ведение которого переходили все дела местного населения. Отдел делился на два участка со статусом уездов — Наманганский и Чустский, у которых были свои начальники с военными и гражданскими, в том числе судебными, полномочиями, со своими помощниками и канцелярией, переводчиками, письмоводителями и врачами. Для управления всем отделом создавались должности чиновника для поручений, казначея, бухгалтера, делопроизводителя и управляющего («владетеля») канцелярии. Предлагалось временно сохранить местную систему низшего управления в виде аксакальств и аминств, народный суд (из ведения которого, правда, изымалось право приговаривать к телесным наказаниям и казням) и местную систему податей; начальник отдела утверждал, с правом отзыва, избранных аксакалов и аминов, а также определял порядок избрания судей по шариату и адату.

Однако планам мирными средствами привлечь население на свою сторону не суждено было сбыться. Волнения, которые в октябре охватили всю Ферганскую долину, перекинулись и на правый берег Сырдарьи, который с 17 октября формально числился в составе Российской империи. Восстание из антихудаяровского и антинасриддиновского превратилось в антироссийское. Пошли слухи, что кокандские войска, подчинявшиеся Автобачи и Пулатхану, вот-вот нападут на Наманган. В предгорьях отдела, в селении Чартак, стало собираться войско (российские источники называли его численность в 10–12 тысяч человек, мусульманские — в 3–4 тысячи), состоящее в основном из кипчаков, его возглавил выходец из знатной мусульманской семьи Батыр-тура, который подчинялся Абдурахману-автобачи. Скобелев стал готовиться к обороне города. Крепость была дополнительно укреплена, ее достройкой занимались как солдаты, так и нанятые местные жители. Понимая, что бой в городской черте снизит преимущества россиян, он приказал устроить военный лагерь за городом и расположить там часть войска и артиллерии, в открытом поле технические и организационные преимущества россиян были намного более ощутимы. Новая позиция позволяла обстреливать Наманган и прикрывала подходы к Намангану из Чартака и Туракургана, откуда могли наступать войска Батыр-туры.

В эти дни шел священный для мусульман месяц рамадан, по случаю праздника Скобелев встретился с наманганской элитой, по-прежнему призывая ее к сотрудничеству. Знать обещала быть верной россиянам и даже предложила содействие в отражении возможного набега мятежников. На это Скобелев ответил отказом, опасаясь, что вооруженные союзники могут легко перейти на сторону врага. Тем не менее он активно использовал помощь местных жителей в разведке, устройстве пикетов и подготовке оборонительных сооружений.

20 октября кокандцы выдвинулись из Чартака к Намангану, но предупредительное встречное движение российской войск заставило наступавших отказаться от планов штурма. 23 октября войско Батыр-туры расположилось у крупного населенного пункта чуть западнее Намангана — Туракургана, который раньше служил рециденцией наманганских беков. Скобелев, понимая, что к повстанцам могут присоединиться кокандцы с левого берега и это угрожает перерезать единственный путь снабжения наманганской группировки из Ходжента, выступил навстречу с отрядом в 1 тысячу человек. После обстрела Туракургана из артиллерии зажигательными снарядами и возникших в городе пожаров и паники, российская пехота вместе с кавалерией двинулись по широким улицам на штурм и почти без боя, с криками «ура», захватили городскую крепость-урду. Кокандские войска, как и в Андижане, отходили, но не считали себя побежденными, окружали россиян и открывали по ним огонь, который, правда, наносил незначительный урон. Используя перевернутые арбы для защиты от российского дальнобойного обстрела, кокандцы стали стягивать окружение и приближаться к россиянам на расстояние, которое бы позволяло достать их огнем своих устаревших ружей. Понимая, что малыми силами удержать Туракурган не получится, Скобелев применил тактику выжженной земли, поджигая все, что горело, и стал выходить из городской черты. Хотя потерь убитыми в отряде не было, закрепиться в городе Скобелеву не удалось, и он направился далее на запад, в Чуст, на соединение с отрядом, который там располагался.

Батыр-тура, похоже, рассматривал сражение у Туракургана как отвлекающий маневр, ему удалось выманить часть российских войск из основного лагеря и ослабить его оборону. Теперь он мог ударить по наманганской российской группировке.

На следующий день, 24 октября, по призыву бывшего бека и религиозного лидера Мевлеви-ишана поднялось восстание в самом Намангане. Часть наманганской элиты во главе с главным судьей — кази-каляном — пыталась отговорить восставших от смуты. По утверждению более поздних источников, верховный судья обратился к ним с такими словами: «Эй мусульмане, что же случилось с вами? Посмотрите на айаты [Корана] и хадисы. В книгах эти ваши действия не считаются богоугодными (саваб). У нас нет ни падишаха, ни оружия. Поэтому это не газ[зав]ат». Однако вышедшая на улицы толпа обвинила его в предательстве, верховный судья города и другие знатные люди, радушно встречавшие Кауфмана и всячески выражавшие свою благодарность Скобелеву, были казнены. Войска под предводительством Батыр-туры вошли в Наманган.

Кипчакская армия и «поголовно всегородское население», как выразился один свидетель восстания — «сброд с палками, батиками и пиками», еще недавно покорно встречавшие россиян, обступили «с трубными звуками» крепость, которую россияне уже успели частично укрепить; в ней были размещены около пяти сотен солдат. Несколько тысяч кокандских стрелков окружили цитадель и с незначительного расстояния открыли огонь по ее защитникам. Видя уязвимость своей позиции, россияне продолжили укреплять стены, используя ранее нанятых и оставшихся внутри крепости местных жителей, включая местных индийцев и евреев. Начавшийся после обстрела штурм крепости не принес успеха восставшим; встреченные картечью и плотным огнем, они отступили. Чтобы отодвинуть нападавших от стен крепости и лишить их возможности вести прицельную стрельбу, россияне сделали несколько вылазок и подожгли ближайшие дома и постройки. Во второй половине дня на помощь к россиянам, укрывшимся в урде, подошел отряд, который располагался лагерем под Наманганом, во главе с Меллер-Закомельским, которого Скобелев, уходя, назначил командовать обороной города.

25 октября обе стороны готовились к новому штурму: россияне продолжали зачищать пространство вокруг крепости, открывая себе возможность для ведения прицельного дальнобойного огня, и перебрасывали войска между крепостью и лагерем, тогда как кокандцы собирали новые силы, строили новые завалы и перекрывали каналы-арыки, по котором к россиянам поступала вода. Утром 26 октября раздались громкие звуки труб, призывавшие кокандские войска и наманганских жителей к новому штурму, однако на этот раз атака даже не успела начаться, россияне сорвали ее новыми вылазками и поджогами, а вскоре в российский лагерь под Наманганом и затем к цитадели подошел вернувшийся из Чуста отряд Скобелева, который, узнав о восстании, отправился на помощь Меллер-Закомельскому. Кокандцы поняли, что воспользоваться удачной ситуацией, возникшей из-за ухода Скобелева, у них не получилось, и остановили штурм.

27 октября российские войска начали зачистку Намангана, основную часть которого восставшие к тому времени успели взять под свой контроль. Тремя штурмовыми и одной резервной колоннами они вошли в те городские кварталы, где располагались кокандцы, предварив наступление интенсивным полуторачасовым артиллерийским обстрелом и сопровождая его расстрелами и поджогом всего вокруг, что было излюбленной тактикой Скобелева. «Город запылал по всем направлениям», 9-тысячное войско Батыр-туры и неорганизованные ополченцы вынуждены были, не принимая бой, покинуть его. «Половина Намангана сгорела», — писал свидетель сражения Боголюбов. 28 октября жители города и близлежащих кишлаков явились к Скобелеву «с изъявлением покорности». Как писал историк Андриан Серебренников, «они принесли безусловную повинную и раскаяние и на предложенные им тяжелые условия покорно выразили полнейшее согласие». Потери кокандцев составили около 4 тысяч человек, как доложил Скобелев в Ташкент (на что Терентьев ехидно отреагировал: «что жалеть бумагу и басурман»), потери же россиян вновь были небольшими — 6 человек убитыми, несмотря на перестрелку и постоянные стычки в течение нескольких дней. В наказание наманганцам Скобелев распорядился о конфискации части городской территории между крепостью и лагерем: мечети, караван-сараи и прочие здания, расположенные на ней, были заняты российскими войсками, что давало возможность отряду легко перезимовать и создать задел для строительства собственного «русского города».

Сразу же после разгрома восставших в Намангане и вытеснения кокандской армии из города начались военные экспедиции в соседние и затем отдаленные селения Наманганского отдела. Их целью было демонстративное наказание участников мятежа и разграбление их имущества. Запланированная мирная фаза жизни в Наманганском отделе закончилась, даже не начавшись.

Одна из таких экспедиций, состоявшая из почти тысячи солдат и казаков, 2 ноября была направлена в восточную часть отдела, на границе которого, у реки Нарын, притока Сырдарьи, стали, по данным разведки, скапливаться кокандские отряды Абдурахмана-автобачи. Россияне вступили в бой с передовыми группами противника, кавалерия под командованием Скобелева, опередив пехоту, перешла реку и захватила кокандский лагерь у небольшого селения Ташбала. Продолжая движение, генерал отдал приказ казакам атаковать массы вышедших навстречу кокандских всадников, что было опрометчивым решением. Казаки были окружены, спешились и заняли позиции для обороны. Кокандцы постепенно сжимали кольцо, и только некоторое замешательство в начале сражения не позволило им воспользоваться выгодной ситуацией, когда даже Скобелев, по его признанию, «почувствовал себя слабее противника». В это время подоспела отставшая артиллерия, появление которой кардинально изменило ситуацию, теперь уже кокандцам пришлось срочно отступать, чтобы не попасть под смертоносный удар. Рассеяв неприятеля, россияне вернулись в Наманган. Окончание экспедиции сопровождалось демонстративными акциями устрашения. Один из кокадских пленных был повешен с табличкой, на которой было написано «Так будет поступлено со всяким вооруженным, который, служа наприятелю, попадется на русской земле».

Бой в Туракургане, Наманаганское восстание и бой у Ташбала, хотя и закончились вполне удачно для россиян, проявили слабость тактики дальних экспедиций, когда войска, отрываясь от основных сил и дробясь на отдельные отряды, оказывались в сложном положении перед лицом численно превосходивших и более мобильных кокандцев. Только преимущество в вооружении и организованности спасало их от тяжелых потерь.

Неудачи россиян в установлении контроля над ситуацией — которые, впрочем, в отчетах выглядели очередными победами — заставляли искать новые решения. Скобелев счел, что необходимо громить главные кокандские базы на кокандской территории, чтобы подорвать саму возможность к сопротивлению. Это означало пересмотр схемы действий, принятой после заключения договора с Насриддинханом от 22 сентября, согласно которому Ферганская долина делилась на две части — российскую и кокандскую, когда предполагалось, что на кокандской территории задачу сдерживания должны были решать собственно кокандские войска под руководством лояльного к России правительства. Поскольку такое правительство так и не сформировалось, схему следовало скорректировать, а россияне должны были вновь вернуться на левый берег Сырдарьи.

Первой попыткой прямого российского вторжения в Кокандское ханство стало сражение у селения Балыкчи, у переправы через реку Карадарья, притока Сырдарьи, который разделял кокандскую сторону и «русскую землю».

10 ноября здесь стали скапливаться совместные силы восставших, сюда со своими отрядами подошли Батыр-тура, Абдурахман-автобачи и Валихан-тура, союзник Пулатхана. Всего собрались не менее 30 тысяч кипчаков, кыргызов, сарбазов и ополченцев. Балыкчи, подступ к которому был затруднен водами Нарына и Карадарьи, а также затопленными из каналов полями, превратился в важный военно-логистический центр с большими припасами оружия и продовольствия. О планах собранной здесь армии судить сложно. Вполне возможно, она должна была предотвратить вторжение россиян, о приготовлениях к которому кокандцы были осведомлены. Ситуация повторяла взаимное скопление войск в конце августа на границе между Ходжентом и Махрамом. Скобелев писал в отчетах, что, по его данным, целью армии противника был переход на российскую территорию и новое нападение на Наманган, которое могло вновь спровоцировать восстание местного населения. Оправдываясь опасениями прорыва этой группировки на «русскую землю», он решил нанести упреждающий удар. В поход была направлена половина российской армии, 1,5 тысячи пехотинцев и конных казаков. В ночь на 12 ноября начался штурм Балыкчи, россияне перешли реки и затопленные поля, в темноте арьергардные группы бросились штурмовать завалы, однако эта атака захлебнулась, россияне под сильным встречным огнем отступили и дождались, пока подойдут их основные силы. Артиллерия начала обстрел селения, но, как пишет Серебренников, «крики, бой барабанов и трубные звуки свидетельствовали, что он (неприятель) решил отстаивать кишлак». В какой-то момент, как вспоминал еще один участник похода Владимир Наливкин, Скобелев потерял самообладание, и одному из офицеров пришлось взять его за полу мундира со словами: «Михаил Дмитриевич, перестаньте, стыдно, на вас смотрят нижние чины». Россияне начали второй штурм, преодолели завалы и захватили урду, после чего стали зачищать близлежащие улицы. Организованные штыковые атаки, сопровождавшиеся плотным огнем, привели к тому, что кокандцы, которые действовали разрозненно отдельными группами, образовали давку, понесли потери и покинули Балыкчи. Кокандская база была разгромлена, часть кишлака стерта с лица земли, продовольствие и вооружение частично вывезено, частично сожжено. Кокандцы потеряли в сражении несколько сотен человек, россияне — одного убитого.

Кауфман, впрочем, нашел повод критиковать Скобелева, упрекнув, что тот слишком быстро покинул Балыкчи, тогда как нужно было забрать там все имущество и припасы или истребить их. И все же генерал-губернатор послал Скобелеву коня, которого получил в подарок от бухарского эмира. На его критику начальник Наманганского отдела ответил:

Я сознавал необходимость остаться в Балыкчах и забрать всё <…> но соблазн для войск был слишком велик; я видел, как страсти все более и более разгорались <…> Во избежание столь ненавистного Вашему высокопревосходительству беспорядка, а может быть, и случайных потерь, ночью, я решился отойти в Наманган <…> Подарок Вашего превосходительства получил; конь прелесть — и рост, и кровь, и масть, и главное, дорогая от вас память.

«Нравственные последствия одержанной победы были громадны», — подытожил летописец Кокандского похода Серебренников. Наманганское восстание, которое можно назвать кульминацией антироссийского сопротивления, завершилось для кокандцев поражением. Тот факт, что целые массы населения — в отличие от Махрама — пришли в движение и присоединились к восстанию, давало большой шанс на успех, победа казалась реальной и близкой. Однако этому помешала раскоординированность сопротивления. Батыр-тура поспешил — в этом его упрекали и мусульманские источники — поднять необученных и невооруженных наманганцев в бой, пока более подготовленные войска Автобачи и Пулатхана еще только раскачивались и не могли прийти на помощь. В Балыкчи основную роль играли «плохо вооруженные толпы», которыми командовал Валихан-тура, и кыргызы Пулатхана, тогда как Батыр-тура и Абдурахман-автобачи медлили объединиться с ними под общим командованием.