Генпрокуратура РФ, которую возглавлял Юрий Скуратов, «накатила» на бывшее руководство Санкт-Петербурга. Там было два аспекта: политический и уголовный. Первый означал травлю Анатолия Собчака. Второй был значительно шире. Следователи возбудили два уголовных дела по статьям, предусматривавшим суровые наказания за финансовые нарушения, получение взяток и злоупотребление служебным положением. Одно касалось верхушки законодательной власти города. В прицеле другого была исполнительная власть – Собчак и его окружение, а самым опасным был эпизод с якобы имевшим место переводом 1 млн долларов в один из лондонских банков с целью покупки недвижимости во Франции для верхушки питерской мэрии.

3 октября 1997 года Собчака в качестве свидетеля по делу замешанной в этом фирмы «Ренессанс» вызвали в прокуратуру, прислав за ним автобус с двадцатью омоновцами. В кабинете у следователя Собчаку стало плохо. Это был третий инфаркт. «Скорая помощь» отвезла больного в ближайшую медсанчасть. Врачи даже не решались перевезти его в Военно-медицинскую академию для операции. Но через несколько дней «неоперабельный» свидетель на частном самолете улетел из Петербурга в Париж, где ему сделали операцию на сердце. Об этой истории судачили много. Позднее стало известно, что Собчаку помогли Путин и его друзья из питерского ФСБ.

Бегство главного свидетеля спутало следствию карты, но оно продолжалось. 13 сентября 1998 года Генпрокуратура РФ возбудила уголовное дело против А. Собчака по статьям «Взятка» и «Злоупотребление должностными полномочиями». Для допроса обвиняемого в Париж выезжал следователь. Сам же обвиняемый читал лекции в Сорбонне. По утверждению Скуратова, Путин проявлял «тревожный интерес» к расследованию дела Собчака. Но, работая в ведомстве Бородина и Администрации президента, не мог серьезно повлиять на его ход. Даже возглавив ФСБ, он по закону не мог этого сделать.

Между тем Генпрокуратура РФ взялась за ближайшее окружение Собчака. В центре внимания оказался глава Комитета экономики и финансов питерской мэрии Алексей Кудрин, который фигурировал в нескольких уголовных делах. Согласно материалам дела № 144128, возбужденного в 1999 году в связи с финансовыми операциями корпорации «Двадцатый трест», Кудрин подписал соглашения о предоставлении компании государственных кредитов на несколько миллионов долларов. Эти деньги обналичивались через фирмы в Испании, Финляндии, Швеции, Германии, Бельгии, Ирландии, США и исчезали.

Кудрин также давал показания по уголовному делу № 694259, в котором расследовалась криминализация рынка ритуальных услуг. Там упоминается подписанное им распоряжение о захоронениях невостребованных тел. Контроль исполнения осуществлял Кудрин. По версии следствия, количество невостребованных тел в Санкт-Петербурге систематически завышалось, финансирование – расхищалось. По заявлению потомков Альфреда Нобеля, в ходе личной встречи с Кудриным его помощник взял у них наличными (в шведских кронах) деньги на восстановление могил Нобелей на Смоленском лютеранском кладбище. Однако работники кладбища дали показания о том, что эти деньги до них не дошли и были похищены. На допросе Кудрин признавал факт контактов с Нобелями, но отрицал, что получал от них валюту.

Кудрин также проходил свидетелем по делу № 31913, где расследовались злоупотребления с жилищными ссудами, которые, по версии следствия, Кудрин за счет бюджета распределял среди своих сотрудников. Он давал показания в прокуратуре, хотя обвинение ему не предъявлялось и, наконец, сотрудники Комитета экономики и финансов мэрии, коим руководил Кудрин, фигурировали в ключевых эпизодах уголовного дела упомянутой нами риэлторской компании «Ренессанс», которая строила элитное жилье и в обмен на различные услуги дарила апартаменты городским чиновникам, включая семью мэра Санкт-Петербурга.

Скуратов упорно копал под Собчака и его людей, но поскольку Генпрокурора РФ прикрывал Совет Федерации, ничего против Скуратова ни администрация Кремля, ни глава ФСБ предпринять не могли. Ситуация изменилась в конце 1998 года, когда генпрокурор начал расследование истории с компанией Mabetex, занимавшейся вместе с ведомством Бородина реставрацией Большого Кремлевского дворца. Компрометация Бородина била и по Ельцину с его семьей, так что ФСБ получила указание перекрыть Скуратову кислород.

Облегчила задачу показанная в марте 1999 года по телевидению запись любовных утех с двумя проститутками «человека, похожего на генерального прокурора». Грех было этим не воспользоваться. По словам Скуратова, Путин был «лично причастен к незаконному возбуждению уголовного дела против меня. Именно его люди фабриковали материал». Насколько правдивы эти слова, мы не знаем. Но как бы то ни было, по материалам проверки ФСБ было возбуждено уголовное дело против Генпрокурора России, стоившее ему поста.

Скуратов явно переборщил, одновременно начав атаку на коварного олигарха (дела Аэрофлота, Andava, Forus), шефа Лубянки и Кремль. Этим он ослабил каждый удар, переоценил свои силы и провалился. По указу президента Ельцина опасный генпрокурор был временно отстранен от должности, а потом по решению Совета Федерации его сняли с поста. Уголовное дело против Собчака забуксовало, а 10 ноября 1999 года было прекращено за отсутствием состава преступления. Заглохло и дело по Mabetex.