Эта история послужила хорошим уроком для Владимира Владимировича и всей команды Собчака, которая пять лет работала очень слаженно. Но в начале 1996 года разгорелся конфликт «излишне независимого» питерского градоначальника с окружением Бориса Ельцина. Группа кремлевских чиновников во главе с начальником Службы безопасности президента генералом Александром Коржаковым намеревалась сорвать президентские выборы, где их хозяину ничего не светило. Собчак же считал, что выборы, несмотря ни на что, проводить надо.
Это был вызов. На мэра Северной Пальмиры начался жесткий накат, за которым стояли не только руководители федеральных силовых структур и Генпрокуратуры России, но и сам «царь Борис», который завидовал образованности и популярности Собчака и видел в нем опасного политического конкурента.
К июню 1996 года – моменту выборов губернатора Санкт-Петербурга – в команде Собчака произошел раскол. Председатель Комитета по управлению городским хозяйством Владимир Яковлев согласился плясать под дудку Кремля. На его предвыборную кампанию, организованную московскими политтехнологами, шли большие деньги. Собчак выборы проиграл. Он и его люди покинули Смольный. Яковлев никого не держал. За двумя исключениями. Он уговорил юриста Дмитрия Козака остаться в Смольном, но с супругой нового губернатора тот не сработался. А Путину в откровенной беседе Яковлев предложил место в своем правительстве. Но тот ему якобы ответил: «Лучше быть повешенным за преданность, чем получить награду за предательство». А на прощание бросил: «Иуда!»
Этот поступок захлопнул за Путиным двери Смольного, но распахнул двери Кремля. О случившемся стало известно Анатолию Чубайсу, который в июле 1996 года возглавил Администрацию президента РФ и перетянул к себе группу питерских земляков из команды Собчака во главе с Алексеем Кудриным, который рассказал Чубайсу о разговоре Путина с Яковлевым. Поведение Путина поразило «царя Бориса» и его царедворцев, для которых такое было в диковинку.
На отставного питерского чиновника обратили внимание в Кремле. В начале августа 1996 года Чубайс пригласил Путина в Москву и в присутствии Кудрина предложил возглавить в Администрации президента РФ Управление по связям с общественностью. Такое предложение не обрадовало Путина. Но он был безработным, в Питере после разговора с Яковлевым найти достойную работу было невозможно, и пришлось согласиться. Если бы это произошло, судьба Путина и история России сложились бы совсем иначе. Но тут вмешался Его величество случай.