Всего полгода работал Виктор Кингисепп в органах Верховного Революционного трибунала при ВЦИК и во Всероссийской Чрезвычайной комиссии. Если оценивать его деятельность по значимости дел, которые он вел, Кингисепп, бесспорно, являлся главным следователем Советской республики. Несмотря на сравнительно короткий срок работы в Трибунале и ВЧК, он внес большой вклад в борьбу рабоче-крестьянского государства против внутренней и внешней контрреволюции.

В органы Трибунала и ВЧК Кингисепп пришел сложившимся партийным и государственным деятелем. Но сотрудничество с такими выдающимися руководителями этих органов, как Ф. Дзержинский, Н. Крыленко, Е. Розмирович, Я. Петерс, М. Лацис, с народным комиссаром юстиции П. Стучкой не прошли бесследно. Кингисепп вырос в работника всероссийского масштаба. Конечно, в этом росте огромную роль сыграла его деятельность во Всероссийском Центральном Исполнительном Комитете. В Москве Кингисепп имел возможность часто слышать В. И. Ленина, встречаться с Я. М. Свердловым, выполнять задания ЦК РКП(б), Президиума ВЦИК и Совета Народных Комиссаров.

Работа в Трибунале и ВЧК оказалась весьма полезной и для той нелегальной деятельности, которую потом в течение ряда лет вел Кингисепп в буржуазной Эстонии.

Товарищи Кингисеппа по нелегальной жизни вспоминают, что в редкие часы отдыха где-нибудь на конспиративной квартире он садился на пол около топившейся печки, задумчиво смотрел на огонь и подолгу рассказывал о Москве, о встречах с Дзержинским, о работе в Трибунале и ВЧК...

И там, в Москве, не забыли о Кингисеппе. Чекисты надеялись, что он вернется в их семью, вновь будет вместе с ними бороться с контрреволюцией. До Кингисеппа доходили сведения о шагах, которые предпринимал Ф. Э. Дзержинский для отзыва его в Москву и возвращения на работу в ВЧК. Приведем два письма Кингисеппа, относящиеся к 1921 году; оба они адресованы товарищу, через которого поддерживалась связь с Исполкомом Коммунистического Интернационала, с заграничным бюро ЦК Коммунистической партии Эстонии.

Письмо первое:

«С изумлением и недоумением прочел я Вашу краткую лаконичную записку, что Вами получено от ЦК «предписание» «вернуть» меня в Россию.

Мой «срочный ответ» — наспех набросанный — гласит так.

1) Уже третий год, как я свыкся с мыслью вернуться в Россию... вместе с эстляндским пролетариатом.

2) Я не имею того впечатления, будто я здесь лишний. На мне лежит все наше подпольно-типографское дело; инструктирование Коммунистической рабочей фракции Эстонского государственного сборища; редактирование легального органа, причем приходится давать не менее 2000 строк статей от себя в неделю; редактирование и авторство всех наших политических изданий.

3) Так как я состою членом Эстляндского ЦК КП, то «вернуться» к домашним пенатам я могу только с согласия этого ЦК, а оному ЦК, несомненно, было бы необходимо при обсуждении и решении этого вопроса знать причины «предписания» «вернуть» меня в Россию...

P. S. Был бы весьма обязан, если бы Вы помогли мне узнать, чьей инициативе и каким мотивам надо приписать это «предписание».

Письмо второе:

«...Спасибо за сообщение о генезисе известного «предписания». Я вполне понимаю т. Дзержинского Но, надеюсь, что он поймет и меня. Пока меня здесь некем заместить, я считаю свое «пребывание» здесь нужным и более целесообразным. А во-вторых, я не могу «вернуться», пока мой уход хоть мало-мальски может быть похож на бегство с передовых позиций. Я надеюсь, что товарищи «там» поймут: не может «вернуться» при сегодняшних обстоятельствах тот, который борется и боролся против всех товарищей, которые имеют желание вернуться».

Из этих писем явствует, что об отзыве Кингисеппа в Москву ставил вопрос председатель ВЧК Ф. Э. Дзержинский. Однако Кингисепп не считал возможным покинуть Эстонию, тех «с кем боролся в самых жестких условиях, — как он писал из подполья жене. — Такова моя партийная этика». Кингисепп справедливо полагал, что эстонский пролетариат, нелегальная Коммунистическая партия крайне нуждались в нем здесь, в буржуазной Эстонии. Заменить его тогда не мог никто.

Кингисепп оставался на боевом посту до своей гибели в мае 1922 года.

Когда в Москве было получено известие о расстреле Кингисеппа, Ф. Э. Дзержинский внес в Президиум Всероссийского ЦИК предложение: потребовать от правительства буржуазной Эстонии передачи Советской России тела Кингисеппа для погребения. ВЦИК постановил: «...перевезти тело бывшего члена ВЦИК и заслуженного советского работника товарища Кингисеппа, расстрелянного по приговору эстонского полевого суда в г. Ревеле». Предполагалось похоронить Кингисеппа у Кремлевской стены. Буржуазное правительство, однако, отказало в выдаче тела.

Кингисепп вошел в историю не только как выдающийся строитель и теоретик Коммунистической партии Эстонии, но и как видный чекист, передовой борец молодой Советской России против контрреволюции.