Если после аутологичной или трансплантации от однояйцевых близнецов (сингенной) иммунологическая реакция не возникает, то в случае аллогенной пересадки врачи ее ждут и к ней готовятся. Как бы хорошо ни подобрали пару, генетические различия у донора и реципиента всегда есть, а значит, конфликт неизбежен. Взбунтоваться против «чужеродца» может организм пациента – и тогда возникнет реакция «хозяин против трансплантата». «Революцию» могут устроить и клетки донора, попавшие в новый организм: зачастую они атакуют не только опухолевые, но и здоровые клетки. Так происходит примерно у половины больных, а в 5–10 % случаев организм «хозяина» трансплантат отторгает.