Однако в декабре 1806 года Турция под давлением Франции объявила войну Российской империи. В этих условиях значение Боки Которской, находившейся под контролем русских войск, стало еще более весомым. Во-первых, необходимость ведения боевых действий одновременно против Франции и Османской империи требовала сосредоточения здесь дополнительных сил, включая мобилизацию местного населения. На русскую службу удалось привлечь около 5000 черногорцев и бокельцев, которые прошли систематическую военную подготовку. Во-вторых, контроль над Которским заливом обеспечивал России важнейший плацдарм для установления и поддержания контактов с антитурецкими повстанческими силами в Герцеговине и Сербии, где в этот период разворачивалось Первое сербское восстание под руководством Карагеоргия.

Еще до официального начала войны с Османской империей С. А. Санковский, в координации с вице-адмиралом Д. Н. Сенявиным и митрополитом Негошем, разрабатывал план совместного русско-черногорского вторжения в Герцеговину и организации там широкомасштабного антиосманского восстания. Ключевым пунктом этого плана было взятие города Никшича – важнейшего стратегического опорного пункта турецких сил в Герцеговине. Однако две военные операции 1807 года, проведенные под предводительством Санковского, окончились неудачей. Провал осады Никшича вызвал глубокое разочарование среди черногорцев, которые едва не устроили самосуд над Санковским – лишь его статус официального представителя России спас его от расправы. В то же время и сами действия черногорцев вызвали недовольство среди местного населения: многочисленные случаи мародерства и насилия привели к тому, что многие жители Герцеговины стали искать убежища в Херцег-Нови. Российскому командованию пришлось приложить значительные усилия, чтобы стабилизировать ситуацию и урегулировать конфликт.

Перелом в политической обстановке наступил после подписания Тильзитского мира между Россией и Францией 25 июня (7 июля) 1807 года. Россия добилась временного мира, но ценой серьезных уступок. Александр I согласился на передачу Франции Которской области и Ионических островов. Подобные шаги объяснялись стремлением избежать войны на два фронта, однако ради этого ему пришлось отказаться от целого комплекса стратегических целей, которых Россия придерживалась в Восточном Средиземноморье на протяжении последних лет. Особенно болезненным оказался удар по репутации России как «защитницы православных народов», которую Российская империя так кропотливо выстраивала на Балканах. Балканские славяне, рассчитывавшие на поддержку России, теперь были оставлены ею на произвол судьбы.

31 июля (12 августа) французские войска заняли Котор. 19 сентября (1 октября) эскадра Сенявина покинула Корфу, и вскоре Ионические острова окончательно перешли под контроль Франции. Эти события вызвали шок и отчаяние среди населения Боки Которской. Как писал С. А. Санковский, «плач и стон во всей провинции был слышен».

Алексей Кившенко. Наполеон и Александр I в Тильзите. 1892