В последние дни правления Федором Алексеевичем был составлен проект об учреждении в Москве Славяно-греко-латинской Академии и духовного училища на 30 человек.

Болезненный царь день ото дня ослабевал, но ближние его поддерживали в нем надежду на выздоровление, и он вступил в брак с Марфой Матвеевной Апраксиной. Молодая царица примирила царя с Натальей Кирилловной и царевичем Петром, с которыми, по выражению современника, у него были «неукротимые несогласия».

Но недолго пришлось царю жить с молодою женой. Через два месяца после своей свадьбы Федор Алексеевич скончался. Произошло это 27 апреля 1682 года. Царь умер в возрасте 22 лет, не сделав распоряжения относительно престолонаследия.

Он похоронен в Архангельском соборе Московского Кремля.