Политика Москвы в первые годы царствования была направлена главным образом на малороссийские дела, которые поставили Московское государство в напряженные отношения с Турцией. Во внешней политике при Федоре наметилась важная перемена: прекратились войны с Польшей, начались войны с Турцией и Крымским ханством за Правобережную Украину.

Войны требовали больших затрат. Целых три года все вотчины были обложены особым налогом по полтине со двора на военные издержки. Служилые люди не только сами должны были быть готовы идти на военную службу, но также их родственники и свояки. А с каждых двадцати пяти дворов их имений они должны были поставлять по одному конному человеку. В 1681 году война с Турцией окончилась перемирием, заключенным в Бахчисарае.

Вообще время было очень неспокойное. На юго-востоке происходили столкновения с калмыками. В Западной Сибири бунтовали башкиры, а около Томска разбойничали киргизы. В Восточной Сибири возмутились якуты и тунгусы, платившие ясак, выведенные из терпения грабительствами и насилиями воевод и служилых людей.

В самом русском народе не утихало волнение, вызванное расколом. Волнение это принимало широкий размах. Фанатики заводили скиты, затем мир сей постигнет конец, и теперь благочестивым христианам ничего не остается, как отрекаться от всех прелестей мира и добровольно идти на страдание за истинную веру. Такие скиты появлялись во многих местах на севере, на Дону, но особенно много их было в Сибири. Воеводы посылали войска разгонять их, но фанатики подвергали себя коллективному самосожжению.