В январе 1954 года из Ростовской области была выделена Каменская область с центром в городе Каменске-Шахтинском. В связи с этим в феврале того же года митрополит Вениамин получил титул «Ростовский и Каменский». Епархия не была разукрупнена, напротив, число приходов в ней увеличилось. Из Воронежской области было присоединено 7 приходов и из Сталинградской — 1 приход. Всего действующих приходов в Ростовской и Каменской епархии насчитывалось 225, из них вакантных было 32. Это была довольно крупная епархия.
В течение 1954 года митрополит Вениамин рукоположил во иереи еще 14 человек. Все ставленники, ввиду своей бедности, как правило, снабжались за счет епархии иерейскими крестами, рясами и деньгами на дорогу к месту назначения. Уполномоченный сообщал, что «знакомство с биографическими данными рукоположенных в служители культа показывает, что пополнение кадров духовенства происходит главным образом за счет лиц преклонного возраста, проживавших на оккупированной территории и перешедших в этот период на службу церкви (алтарником, псаломщиком, сторожем) и лиц, возвратившихся из заключения».
Между тем в Совете были недовольны работой местного уполномоченного. Ему делали неоднократные замечания в том, что доклады у него «слабые», что он излишне и много цитирует митрополита Вениамина. В вину Амарантову ставилось и то, что он «полностью передал епархиальному управлению и вопрос выхода из двадцаток [административный церковный орган] и вступление в них. Никаких заявлений по этому поводу не принимает и адресует в епархиальное управление. Как изменяется состав двадцаток, роль духовенства в формировании их, нет ли нарушения закона при вступлении в двадцатки Уполномоченному Совета неизвестно». В итоге при нем Ростовская епархия только укреплялась, что не могло не беспокоить Москву. Вскоре подвернулся случай, который привел к уходу уполномоченного со своего поста.
Выяснилось, что среди рукоположенных в 1954 году митрополитом Вениамином оказался кандидат, состоявший на тот момент в коммунистической партии. Информация дошла до Карпова, и на запрос управляющего делами Московской Патриархии митрополит Вениамин отвечал, что действительно рукоположил кандидата во священники, бывшего коммунистом, так как тот произвел на него прекрасное впечатление. Владыка говорил о нем: «Глубоко верующий, высшее образование, инженер, проверяли на Епархиальном совете, рукополагаю иногда даже малограмотных при полном отсутствии кандидатов, практически учится. Хорошо знает порядок службы. Знает православие. Женат. Венчан на девице. Прекрасный кандидат». Из Совета поступило распоряжение снять с него духовный сан. Митрополит Вениамин отказался это делать. Он писал, что узнал о партийности кандидата уже после его рукоположения. И на все претензии уполномоченного отвечал: «Вам всем известно, я никогда не примыкал к политическим течениям и поэтому с этими вопросами никогда ни к кому не обращаюсь. Мы, конечно, совершили грех, что посвятили Рубинина во священники, который формально еще числится атеистом, а на самом деле, как я установил в беседе с ним, он является глубоко верующим в Бога человеком, грамотный, выдержанный и к тому же инженер».
Скандальная ситуация в Ростовской епархии стала приговором Амарантову. В июне 1954 года он написал прошение о своем освобождении от должности, ссылаясь на возраст (65 лет) и состояние здоровья. Просьбу удовлетворили, и новым уполномоченным по Ростовской области стал Иван Александрович Усанов. Митрополит Вениамин тут же запросил у него разрешения издавать в епархии свой журнал. Тираж планировалось установить по количеству церквей и молитвенных домов, имеющихся в Ростовской и Каменской областях. На это в Совете вновь отвечали: «издание печатного органа Ростовского епархиального управления разрешать не следует». Тогда владыка посетовал уполномоченному, что ему не разрешают организовать курсы по подготовке молодых священнослужителей, «вследствие чего он не может произвести замены престарелых священников, которые уже не в состоянии обеспечить в полной мере духовного руководства верующими». Владыка обращал внимание на то, что многие из престарелых священников часто не могут совершать службу в церкви по случаю болезни, тем более не могут ходить пешком в закрепленные за ними хутора и села для совершения религиозных треб.
Вняв неоднократным просьбам владыки, Совет по делам Русской Православной Церкви в ноябре 1954 года сообщал Усанову, что «не следует препятствовать в проведении 2–3-[х] месячных курсов по переподготовке духовенства <…> не допуская подготовки на курсах новых кадров духовенства, так как для этого имеются специальные учебные заведения». Первые такие курсы «переподготовки» прошли с 26 ноября по 23 декабря. Лекторами-преподавателями на них были священнослужители городских храмов. В период обучения слушатели имели возможность совершать богослужения в храмах города. В мае 1955 года месячные курсы по повышению квалификации священнослужителей были повторены. С разрешения уполномоченного слушателям вновь была предоставлена возможность прохождения богослужебной практики в ростовских храмах в дни, свободные от занятий. За сравнительно короткий промежуток времени на этих курсах прошли обучение 37 священнослужителей епархии. Однако курсы в Ростовской епархии стали последними. Церковь в это время переживала новые потрясения.
Со смертью Сталина и переменами в государственном управлении вся власть постепенно стала концентрироваться в руках партийной верхушки, а потому прежняя политика в «церковном вопросе» теперь осуждалась как «примиренческая». Начинался новый этап церковно-государственных отношений без каких-либо уступок со стороны государства. Так, согласно постановлению ЦК КПСС от 7 июля 1954 года «О крупных недостатках в научно-атеистической пропаганде и мерах ее улучшения» предлагалось, по сути, вернуться на довоенный путь «наступления на религиозные пережитки». По всей стране была развернута широкая антицерковная кампания. Отношение к «церковникам» в прессе и в обществе стало резко меняться в худшую сторону. Уже в августе 1954 года митрополит Вениамин обращал на это внимание Усанова: «За последнее время в печати стали очень часто помещать материалы на антирелигиозные темы — это открытый поход на Церковь».
На благочинническом епархиальном съезде в октябре того же года владыка замечал: «Не может не беспокоить всех нас антирелигиозное движение в нашей родине, которое особенно обострилось в последние два месяца. Но это уж не от нас зависит. Впрочем, не нужно преувеличивать его последствия: богомольцев в наших храмах от этого не уменьшилось; эксцессов у нас было весьма мало: три-четыре случая на всю епархию, да и то они были исключением. Председатель Совета по делам Православной Церкви при Совете министров Г.Г. Карпов, во время посещения моего 9 октября с. г., уверял меня решительно, что (вопреки общему мнению) точка зрения Правительства ничуть не изменилась к Церкви, и что газетные выступления есть дело газет и партии, а не Правительства. И по-видимому, уполномоченные по областям принимают меры против эксцессов. Но умножение атеистических лекций, судя по печати, продолжается; кажется мне, можно ожидать еще большего усиления их».
Митрополита Вениамина больше беспокоило другое. В своем докладе перед благочинными епархии он указывал на ослабление духовного и административного руководства причтом и приходскими общинами, а также на упадническое настроение среди духовенства. Ввиду усиления наступления на Церковь многие из священнослужителей с тревогой ожидали начала открытых гонений, как это было в 30-х годах перед войной. Владыка на эти опасения отвечал: «Если внешнее положение наше удовлетворительное, то от этого на сердце нет особой радости. И причина этого — духовная. Не страшно то, что против религии читаются атеистические лекции и доклады, а самое страшное и печальное то, что среди известной части духовенства наблюдается упадническое настроение, безнадежное чувство вселилось в их душу, неверие в свои силы и способности, а другие духовные лица просто разжирели, стали "толстыми" и их ничего не тревожит. Ведь время исключительное, необыкновенное, идет не перемена лишь политического и экономического строя, но кризис православия, и наше только внешнее положение не спасет ни нас, ни мир. Силы не стало, значит, у нас, а у противников есть и пафос, и сила».
Владыка призывал всех пастырей епархии усилить духовное и административное руководство причтом и верующими, бороться всеми мерами против упадничества и «поднять чувство веры в спасение православия». Он был убежден, что необходимо примириться с настоящим положением, ибо скорби для Церкви полезны. И главное — не унывать.
10 ноября 1954 года вышло новое постановление ЦК КПСС — «Об ошибках в проведении научно-атеистической пропаганды среди населения». Оно должно было ослабить тот эффект, который был произведен первым постановлением. Но в корне положение дел не менялось. Усиление антирелигиозной пропаганды и деятельность нового уполномоченного не замедлили сказаться на положении дел в епархии. Слабела дисциплина; часть духовенства, как это было в Латвийской епархии, стала получать поддержку со стороны уполномоченного против управляющего епархией. Вновь в адрес областных партийных и советских органов стали поступать письма, заявления и жалобы на митрополита Вениамина. Отдельные ростовские священнослужители открыто выражали недовольство действиями владыки, отказывались даже от выполнения указов, издаваемых Епархиальным управлением.
Ряд священников митрополит Вениамин вынужден был вновь переместить в другие места по требованию верующих «за совершенные ими проступки (пьянство, сожительство с женщинами, грызня вокруг денежного ящика и др.)». На последнем заседании Епархиального совета он со слезами на глазах говорил о положении дел в епархии, и особенно об участившихся фактах нарушений церковной дисциплины. Владыка не стеснялся плакать. В дневнике за весь 1954-й год он оставил только одну запись: «Вот и еще год прошел: живу. 75-й год пошел… Проживу ли еще год, не знаю. Истинно, не знаю… Да будет воля Божия! Год не писал здесь».
Митрополит Вениамин скорбел, что нет послушания, нет духовного горения, нет смирения, а в среде православных растет обрядоверие. «Тысячи храмов уничтожены: …семинарии закрыты, печатать негде… Московского храма Спасителя нет. Построили молитвенные дома (½ в нашей епархии). Нового собора нет. Неужели все это без Божией воли? А как же сказано: и волос не упадет без Бога?» — задавался он вопросом. И сам же отвечал на него: «Господь больше любит не храмы, а сердце наше». “Сердце сокрушенное и смиренное Бог не уничижит”, — говорит царь Давид (Пс. 50, 19). Смиренным дает благодать (Притч. 3, 34; Иак. 4, 6; 1 Пет. 5, 5). Сокрушил сильные со престолов и вознесе смиренные». Именно к смирению и терпению вновь и вновь призывал святитель. Он со всей ясностью видел положение дел в Русской Православной Церкви и верил, что не власть определяет страну, а ее народ. А этот народ, которому он призван был служить, продолжал хранить в тайниках своей души православную веру. Он это знал. Не ошибался владыка и тогда, когда в конце 30-х годов писал в Нью-Йорке следующие строки:
Так было прежде, Русь родная:
Ты верила… А что теперь?
Умом давно тебя я знаю,
А сердце говорит мне: верь!
В сентябре 1955 года митрополит Вениамин выехал в Крым к святителю Луке (Войно-Ясенецкому). Здесь, в Алуште, у архиепископа Луки владыка собирался остаться примерно до 25 сентября. Ростовский уполномоченный сообщал, что митрополит поставил его в известность о своем отъезде, который мотивировал плохим состоянием здоровья. Вернувшись с отдыха, 20 октября владыка записал в дневнике: «Ныне я получил неожидаемое письмо от Св[ятейшего] Патриарха. Он предлагает мне Саратовскую вакантную Епархию <…> считаясь с моим желанием иметь больше свободного времени для молитвы, и предложил мне вместо Ростовской-на-Дону епархии (252 прихода) Саратовскую (45–50 приходов)». Патриарх ссылался в письме на то, что в Саратове есть духовная семинария и, следовательно, там нужен епископ с высшим богословским образованием. Владыка отвечал: «Благословите. Согласен. Прошу сроку 2 недели». Вскоре от Патриарха была получена новая телеграмма, в которой он сообщал, что «с окончательным решением пока повременим». Нужно было найти преемника на Ростовскую кафедру. Главное, принципиальное согласие на перевод на другую кафедру от митрополита Вениамина было получено.
В эти дни, 25–26 октября, в Ростове состоялся очередной, V благочиннический съезд. В день его открытия все благочинные получили «для служебного пользования» напечатанный доклад митрополита Вениамина, который был разослан и всем настоятелям приходов. Фактически это было «прощальное слово» к ростовской пастве. Незадолго до этого на приеме у ростовского уполномоченного митрополит Вениамин говорил, «что в основном его доклад будет построен в духе высказанной речи митрополитом Крутицким и Коломенским Николаем при вручении ему правительственной награды и на основе последних указаний, которые были ему сделаны Патриархом Алексием в октябре текущего года в Одессе».
Доклад митрополита Вениамина под заголовком «Утешительное слово» состоял из тринадцати глав с заключением, в котором владыка призывал не бояться новых гонений и говорил, что «обстоятельства последнего времени указывают нам на изменение к лучшему нашего государства к Церкви». Митрополит Вениамин на примерах показывал, что вера в народе жива. «Наш министр [иностранных дел] Молотов на речи пред Верховным съездом в присутствии американских гостей (Херста и др.) говорил, что у нас в армии 77 % солдаты — коммунисты, — писал в своем докладе митрополит Вениамин. — Может быть, и даже наверное… Но вопрос ведь не в том, к какой партии они принадлежат, а в том — верующие ли они [или] неверующие. Конечно, принадлежность к партии теперь требует безрелигиозности; но едва ли и сам Молотов считает все эти 77 % неверующими. Да и едва ли он мог этим похвалиться пред гостями. Едва ли это было политичным актом. — Не думаю».
После такого «выступления» владыку срочно вызвали в Москву, где он убедился, что «дело теперь ясное: я назначен в Саратовскую епархию. И уже давно: с месяц тому назад. Но Патриарх предварительно хотел переписаться со мною». 12 ноября 1955 года по возвращении из Москвы владыка сообщил о своем уходе из Ростова близкому окружению. А на следующей день, в воскресенье 13 ноября, после окончания утренней службы в кафедральном соборе объявил о своем переводе на другую кафедру с церковного амвона. Вечером того же дня владыка простился с прихожанами «своей» Константино-Еленинской церкви в Новочеркасске.
Указом Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия от 30 ноября 1955 года (№ 2030) владыке Вениамину определено было быть митрополитом Саратовским и Балашовским. На прощанье одна богомолка писала так: «Истинного пастыря я представляла себе кротким, смиренным, нелюбостяжательным и простым, доступным для нас. И за всю мою жизнь нашла его в Вашем лице». В очередной раз владыка принимал распоряжение высшей церковной власти к исполнению как волю Божию. Саратовская епархия была значительно меньше и, как думалось, спокойнее. Вплоть до начала декабря митрополит Вениамин ожидал официального указа из Патриархии и только потом вылетел самолетом на свою последнюю кафедру — в Саратов.