После наведения порядка в Ростовской епархии владыка Вениамин всерьез задумался о месте, где бы ему было «спасительнее духовно». Дом, в котором он разместился в Ростове, располагался рядом с трамвайными путями, что мало благоприятствовало работе и отдыху. Ему подыскали комнату в Таганроге, но туда было неудобно ездить, слишком далеко. Хотя приходили мысли даже о Глинской пустыни в Курской области, но на запросы туда никаких ответов не следовало: «Странно это!» — отмечал он. Вскоре наконец было найдено новое место для жительства в Новочеркасске. С апреля 1952 года владыка уже снимал здесь квартиру и в письме к Надежде Павлович писал: «Всего 4 комнаты (кроме кухни в подвальном этаже), — где и хозяйка (б[ывшая] жена некоего священника)». Город ему нравился.
Новочеркасск ранее был столицей Донского края и кафедральным городом обширной епархии, в которую входили территории войска Донского, Кавказская и Черноморская области. В 1842 году из состава Новочеркасской епархии была выведена Кавказская епархия, а оставшаяся часть получила название «Донская и Новочеркасская», сохранив его до 1930-х годов. В 1940-е годы Донская епархия вошла в состав Ростовской епархии, которая с 1948 года стала именоваться «Ростовская и Новочеркасская». В предыдущие годы все домовые церкви города были закрыты, здания шести церквей взорваны, а в оставшихся прекращено богослужение. Только летом 1942 года во время немецкой оккупации сохранившиеся на то время еще шесть приходских храмов были вновь открыты для верующих и оставались действующими до сих пор.
В 1953 году владыка Вениамин на окраине города купил частный дом. Он состоял из 6 комнат, с кухней и удобствами. Предполагалось, что здесь можно будет устроить подворье или подобие архиерейской дачи. Секретарь епархии священник Серафим Голубцов в письме к своему старшему брату отцу Николаю писал: «…в Новочеркасске через два-три дома от купленного митрополитом есть К[онстантино]-Еленинская церковь — приходская, при которой организуется нечто вроде "подворья", о котором не велено говорить, ибо: "не разрешает Москва". Намечен и штат: 1) настоятель — митрополит, 2) наместник — архимандрит, 3) второй священник — быв[ший] католик, западник, 4) иеродиакон, 5) молодой алтарник — будущий монах и 6) монашки… Весь штат на братской трапезе бесплатный и проводится протоколом по Управлению. Половина дома для "приезжающих". Не время, казалось бы, теперь заниматься "подворьями", после того как получено запрещение Министерства. Будут называть "дачей" (как в Риге)… Работать в такой обстановке трудно во многих отношениях, а посему и пишу Вам и прошу отцовского совета, как мне себя держать, ибо я не совсем опытен в таких делах, так как бываю частенько между двух огней — митрополитом и уполномоченным… почему и опасаюсь попасть в какую-либо неприятность в дальнейшем».
Неприятности не заставили себя ждать. С оформлением дома и с покупкой нового автомобиля возникли трудности. Но все они так или иначе со временем решались. Владыка редко навещал уполномоченного, связываясь с ним обычно по телефону. В Ростов он выезжал только в воскресные и праздничные дни для совершения богослужений в кафедральном соборе, а также по епархиальным делам. Митрополит Питирим (Нечаев) так вспоминал о нем: «Едет, бывало, в машине; если на дороге кто-то голосует, — он обязательно подвезет, а по дороге начинает обращать в веру». В кулуарах Московской Патриархии к поведению владыки относились с улыбкой, считая его чудаковатым. Действительно, для многих он был в чем-то даже юродивым архиереем. Патриарх Алексий I, однако, любил и поддерживал владыку. 8 апреля 1952 года митрополит Вениамин записывал в дневнике: «12–15 февраля был в Москве у Патриарха… Полюбил его за это время… На Сретение (как и год назад) служил с ним в Каф[едральном] соборе. И по его благословению говорил хорошую проповедь на тему о радостной встрече Господа с людьми (см. Канон празднику)… А обычно думают, что "усталый" Симеон рад умереть… Наоборот: начинается новая жизнь в Церкви. Восстановление общения с Богом! Слушали хорошо. И Патриарх — улыбался радостно… И о[тец] Колчицкий тоже…»
В Новочеркасске митрополит Вениамин наконец обрел долгожданный покой. Город для него стал родным. По своему расположению, по виду улиц и площадей он в чем-то напоминал город его детства и отрочества — Кирсанов. В Новочеркасск владыка пригласил архиепископа Симона (Ивановского), освобожденного из заключения. 1 марта 1954 года Белышев сообщал Амарантову: «В гор. Новочеркасск, Ростовской области, после отбытия срока 10-летнего наказания по суду прибыл архиепископ Симон, который и устроился там на жительство. По имеющимся в Совете сведениям, митрополит Вениамин предполагает назначить Симона настоятелем Новочеркасского кафедрального собора. Если такое назначение состоится, Совет рекомендует Вам не препятствовать в регистрации его настоятелем собора и выслать Совету карточку по учету духовенства». Архиепископ Симон прослужил настоятелем здесь чуть более года и с июля 1955 года был назначен временно управляющим Днепропетровской епархией, а с 17 октября 1955 года возглавил Винницкую и Брацлавскую епархию.
В Константино-Еленинской церкви, которую митрополит Вениамин считал «своей», служба шла по установленному порядку: вечером — 9-й час, вечерня, утреня, 1-й час; утром — 3-й и 6-й часы и литургия (по средам, пятницам, субботам, воскресеньям и праздникам) или — обедница (понедельник, вторник, четверг). Владыка приходил в храм ежедневно утром и вечером. На службе пели приходящие певчие и монашки; священников, кроме него, было двое. После всенощной он всегда говорил проповедь, приучал прихожан к общенародному пению.
В храме владыка совершил внутреннее переустройство. Вместо одного престола устроил три. Главный — был посвящен Святой Троице, южный — освящен во имя св. Николая Чудотворца, а северный — св. равноап. Константина и Елены. Идея устройства двух дополнительных престолов в память разрушенных одноименных храмов в городе была подсказана владыке самими прихожанами. При нем в Константино-Еленинской церкви (по сути, уже Троицкой в честь главного престола) был произведен капитальный ремонт фасада, перекрыта крыша, настланы деревянные полы по цементу, притвор отделен от средней части храма стеклянной перегородкой — для сохранения тепла; устроены заново две печи. Изнутри храм был выкрашен в розово-желтый радостный цвет и заново расписан.
В Новочеркасске владыке нравилось: «Дача почти рядом [с храмом]. Отличная… Тихо, очень тихо: ни трамвая, ни проходящих, ни проезжих… Даже непривычно тихо… Весьма тихо…» Во внутреннем дворике рядом с домом, где был разбит небольшой сад, митрополит Вениамин попросил обустроить для себя небольшую беседку для молитвы, размышления и отдыха. Здесь он закончил написание своих мемуаров — «На рубеже двух эпох». Завершил обширный труд о святом праведном Иоанне Кронштадтском. К этому же времени относятся и его «Записки епископа», большинство из которых датированы 1953–1955 годами. Машинописи собственных трудов владыка Вениамин отсылал Патриарху и в библиотеки Ленинградской и Московской духовных академий. Были набело закончены 13 произведений о двунадесятых праздниках и Святой Пасхе, написаны «Мысли о литургии верных». Владыка передавал прихожанам свои произведения для чтения и переписывания. В ответных письмах к нему они писали: «…читаю сейчас объяснение праздника Введение во храм Богоотроковицы…», «попросила для переписки книгу о преподобном Серафиме…», «"Литургия верных" своею глубиною, как горячая молитва со слезами, — потрясает душу. Слава Создателю, умудрившему Вас!»
Митрополит Вениамин предполагал написать вступительное слово к «Литургии верных», но в процессе работы получилась целая рукопись, которая стала самостоятельным произведением — «Строй православного богослужения». Завершил владыка в Новочеркасске и «Толкование Молитвы Господней». Наконец, 5 октября 1954 года им были окончены подготовительные выписки к самому монументальному богословскому труду — «Об Искуплении». Помимо письменных работ, он продолжал искать возможность издавать собственный епархиальный журнал. Еще в декабре 1951 года владыка просил разрешить печатать «Церковные вести» хотя бы в количестве 20–30 экземпляров. Он утвердил редакционную комиссию журнала и начал готовить материалы, печатая их на машинке. Узнав об этом, уполномоченный связался с секретарем епархии и сказал, что не рекомендует печатать журнал без разрешения из Москвы. В мае 1952 года митрополит Вениамин подтвердил, что прекратил печатать журнал и вновь запросил разрешение в Москве. В очередной раз его ждал отказ.
Амарантов обращался к владыке с вопросом: почему же он не пишет своих статей для «Журнала Московской Патриархии»? Уполномоченный был убежден, что там можно будет «много писать о жизни простых людей в Америке, разоблачать "американский образ жизни" и т. д., что составило бы большой интерес для читателей журнала». Однако владыка отвечал, что уже посылал для журнала несколько своих статей, но их не напечатали. После этого у него уже пропало всякое желание туда писать. Единственный выход он видел в проповедях с церковного амвона и рассылке печатных посланий благочинным, которые пока ему никто не запрещал делать. Так, к слову сказать, создалась на основе проповедей-бесед на литургиях книжица «Литургия верных».
Только одна небольшая статья митрополита Вениамина увидела свет в апрельском номере «Журнала Московской Патриархии» за 1952 год. Она была напечатана под заголовком «Простые речи за мир», и в ней владыка говорил о последних мировых событиях «с христианской точки зрения». В этой статье он замечал, что в западной «христианской цивилизации» религия — это скорее «поддержка более земных порядков, чем стремление к Царству Небесному». «И отсюда понятно, что американцы из господствующего класса не думают даже о христианской миссии, — продолжал он. — Там господствует интерес доллара. И конечно, никто из американцев не думает о христианизации корейцев, китайцев. А если и проводится миссия в этих странах, то она потом используется в целях экономических». Митрополит Вениамин указывал на то, что если «европейские миссии нередко превращались в средство политического подчинения народов, то про американские порядки и говорить не стоит». «Но какое же это "христианство"? — вопрошал он. — Это гибель настоящего христианства! И конечно, язычники не захотят такой проповеди о Христе! Тогда их язычество покажется им гуманнее и религиознее. Вспоминаются слова апостола Павла: "Как же ты, уча другого, не учишь себя самого? Проповедуя не красть, крадешь?.. Хвалишься законом, а преступлением закона бесчестишь Бога? Ибо ради вас, как написано, имя Божие хулится у язычников" (Рим. 2, 21–24). Какие замечательные слова! Будто бы про наше время написаны! Не пора ли и вам, "защитники культуры и цивилизации", взглянуть на себя прямо: не относятся ли и к вам слова Священного Писания: "Ради вас имя Божие хулится у язычников"?! Пора… Иначе и вам грозит гнев Божий».
Beзуспешно пытались владыку затянуть в движение «борьбы за мир». Он не поехал на конференцию всех Церквей и религиозных объединений в СССР в защиту мира, которая проходила в мае 1952 года в Троице-Сергиевой лавре. По этому поводу митрополит Вениамин писал: «Это не "животворящая" вода (8 чл[ен] С[имвола] В[еры]), а очередной гражданский прием. С этой точки зрения послал я телеграмму-приветствие туда. А все по-прежнему останется. Ведь там, куда пишется, не верят ни единому слову! — Я видел!»
В ноябре 1953 года он был вновь вызван в Москву на заседание Священного Синода, где долго задерживаться не собирался, так как, по собственным же словам, не любил быть без дела. По возвращении в Ростов митрополит Вениамин докладывал уполномоченному, что заседали в Синоде два дня, а остальные дни ждали, когда будет десятилетие Совета. Ему все это было и не интересно, и духовно маловажно. В очередной раз митрополит Вениамин обращался к Патриарху и Карпову с просьбой об организации краткосрочных курсов по подготовке духовенства епархии. Спустя некоторое время он получил от уполномоченного ответ, что «нет необходимости организовывать такого рода курсы» и что «подготовку духовенства целесообразно проводить через сеть имеющихся духовных учебных заведений». Везде встречались преграды и новые препятствия.
Владыка понимал, что поток священнослужителей из западных областей рано или поздно иссякнет. Необходимо было готовить собственные кадры и позаботиться об их духовном образовании. Отказ в открытии курсов он считал предрешенным, так как вопрос этот поднимался еще в 1944 году преосвященным Елевферием (Воронцовым) и от Амарантова тогда же последовал отказ. Но митрополит Вениамин не оставлял попыток и вновь продолжал стучаться в закрытые двери.