Расправившись с личным врагом, Гермий двинул армию на Евфрат против Молона. Формально поход возглавил сам Антиох III. Молодой царь оставил в Антиохии беременную жену и отправился спасать царство.

Прежде чем Молон успел что-то предпринять, правительственная армия заняла важную крепость Нисибис в Месопотамии. Здесь решено было переждать самую суровую часть зимы (дело было во время зимнего солнцестояния). Под стенами крепости задержались на сорок дней. Сюда пришел с юга Зев-ксид, который пробился сквозь вражеские заслоны и соединился с царем.

Зевксид доложил базилевсу о новой дислокации Молона и его армии. Узурпатор захватил Вавилонию — огромную равнину к западу от гор Загрос. Сами горы представляли естественную крепость, которая охраняла возвышенную часть Мидии и Ирана от ударов с запада. Однако Молон не позаботился об охране горных проходов.

Высшие армейские чины Селевкидов опять собрались на совещание. Гермий предлагал идти вдоль Тигра, ограждая себя каналами и мелкими реками, то есть спуститься в Вавилонию и дать генеральное сражение, чтобы захватить эту область.

Зевксид был против, но некоторое время опасался высказываться открыто, помня судьбу Эпигена. Наконец он всё же собрался с духом и предложил другой план. Двигаться вдоль Тигра очень опасно. У Молона хорошая конница, набранная в Мидии. Эти кавалеристы могут внезапно напасть на марширующую царскую армию и рассеять ее, отрезав от обоза. Нужно переправиться через Тигр и лишь тогда наступать на юг. Река станет как бы оборонительным рвом между армией узурпатора и царя. К тому же такой маневр сулит и другие выгоды: Молон будет отрезан от гор Загроса и Мидии, попытается восстановить связь с этими землями и наделает ошибок.

Опытные офицеры признали правоту Зевксида, его план восторжествовал, смелый офицер вошел в милость. Гермий был посрамлен. Устранить нового фаворита он пока не мог, поэтому отложил решение проблемы до окончания похода.

Войска спустились вниз по реке. За восемь дней они достигли Аполлониатиды, взяли столицу области — город Аполлонию и вышли в тыл врагу, а заодно захватили горные проходы Загроса, из которых в свое время появился мятежник со своей армией.

Молон предался панике, как и рассчитывал Зевксид. Бунтовщик вообразил, что его хотят обойти и занять «верхние сатрапии». Поэтому он покинул Вавилонию, переправил войско через Тигр и выступил на восток. Молон стремился к тому, чтобы отбить горные проходы Аполлониатиды. Завязался бой: отряд пращников-курдов (киртиев) столкнулся с передовыми частями Антиоха. Следом за авангардами подошли главные силы обеих армий. Легковооруженные воины отступили под их прикрытие. Армии стали лагерями на расстоянии сорока стадий друг от друга.

В лагере Молона начался ропот. Солдаты не хотели воевать. Как и предвидел покойный Эпиген, воины поняли, что их обманули. Против них выступил царь собственной особой. Значит, это мятеж против Антиоха, а не против временщика Гермия! Это в корне меняло всё дело. Узурпатор сообразил, что в открытом сражении значительная часть воинов перебежит к Антиоху.

Тогда Молон вознамерился напасть ночью на войско Антиоха и рассеять его. Для нападения бунтовщик отобрал лучших воинов и повел их вперед. Но по дороге выяснилось, что десяток солдат перебежал к Антиоху и секретность нарушена. В лагере противника вспыхнули огни, начался переполох. Молон вернулся в свой лагерь.

Неожиданное появление узурпатора с частью войск вызвало тревогу и смятение среди его солдат. Воины спросонья приняли возвращавшееся войско Молона за врагов. Началась паника, едва не бегство. Молон и его офицеры с трудом успокоили боевых товарищей.

Антиох III не дал врагу опомниться. На рассвете он выступил со всем войском. На правом крыле шли конные копьеносцы под началом испытанного офицера Ардиса. Подле них поставили критских стрелков и отряды наемных галатов, среди которых были и пехотинцы, и конники. Общее командование этим крылом царь взял на себя. Рядом с галатами, в центре, стояли греческие наемники, за ними «македонская фаланга» (пешее подразделение из нескольких полков, вооруженное тяжелыми копьями), а впереди — десяток слонов. Левое крыло занимали тяжелые кавалеристы в кирасах — гетайры. Здесь начальствовали Зевксид и Гермий. Кроме того, на флангах царь выставил вспомогательные отряды из пехоты и конницы, приказав им обойти врага, взять его в кольцо, обстрелять, а затем атаковать в ближнем бою. Базилевс хотел применить принцип битвы на окружение, который с таким блеском Ганнибал осуществит при Каннах через несколько лет. Однако впоследствии мы не видим у Антиоха столь же новаторских тактических решений. Следовательно, план сражения принадлежал кому-то из македонских стратегов, скорее всего Зевксиду.

Видя движение врага, Молон также вывел полки навстречу. Конницу он разделил на две части и выставил на флангах. Перед кавалеристами выдвинул лучников и пращников. Тем самым он хотел уберечь войска от охвата. В центре поставил гипаспистов (щитоносцев, среднюю пехоту), галатов-наемников и вообще всех тяжеловооруженных. Перед ними стояли колесницы с косами, готовые встретить атаку врага. Молон командовал правым флангом, а на левом поставил своего брата Неолая.

Началось сражение. Правым флангом Молон храбро атаковал неприятеля, но на левом возникло замешательство: там заметили царя. Антиох в раззолоченных доспехах показался впереди своего войска, и мятежники пали духом. Едва увидев государя, они стали переходить на его сторону. Всё левое крыло неприятеля рухнуло, битва перекинулась в центр. Тем временем легкие части Антиоха обошли врага с тыла и замкнули кольцо окружения. Это были классические Канны, проведенные македонскими стратегами.

Неолай, командовавший левым крылом, ускользнул от погони и поскакал на восток, в сатрапии, которыми управлял Александр — брат его и Молона. Сам Молон с отборными частями своей армии попал в окружение и отчаянно бился. Кольцо сжималось, вокруг гибли товарищи. Ясно представив, какие муки ждут его в случае сдачи в плен, Молон сам наложил на себя руки. Кончили самоубийством и многие участники его предприятия. Армия мятежников была разбита и перестала существовать.

Антиох предал разграблению неприятельский лагерь, а труп Молона велел везти за собой. Затем он вторгся в Мидию. Череда самоубийств местных владетелей не прекращалась. Они сами расчищали места для новых сторонников Антиоха.

В Мидии базилевс приказал распять на кресте труп Молона в назидание тем, кто еще жив. У подножия гор Загрос, неподалеку от одноименного города, это приказание было исполнено.

Расправа вселила ужас в сердца родственников неудачливого мятежника. Едва узнав о ней, Неолай умертвил мать и детей Молона, уговорил покончить самоубийством своего брата Александра, а после и сам лишил себя жизни. Так прекратился род узурпатора.

Антиох победил. Напоследок он обратился к войскам, перебежавшим от Молона, с укоризненной речью. Затем поменял в этих полках офицеров. После чего отправил экс-мятежников в Персию и Мидию, чтобы навести там порядок. Мидийским сатрапом Антиоха стал Диоген, Сузиана досталась некоему Аполлодору. Судя по именам, всё это греки, которым Антиох по-прежнему доверял больше, чем македонянам.

Дальше царь не пошел. Парфия, Бактрия, Атурпаткан сохранили независимость.

Сам Антиох III направился в Селевкию-на-Тигре, чтобы уладить дела в Месопотамии. У молодого царя хватило ума проявить милость к отпавшим областям. Напротив, Гермий, верный своему суровому нраву, обвинил жителей Селевкии в пособничестве Молону. На город был наложен огромный штраф в тысячу талантов. Но Антиох не хотел доводить побежденных до отчаяния. Царь аннулировал приказы Гермия и ограничил контрибуцию с жителей Селевкии полутора сотнями талантов, которые заплатили богатейшие жители. Это, несомненно, подняло популярность базилевса среди бедноты и усилило неприязнь к Гермию.

Наконец, Антиох привел к покорности Приморье — побережье Персидского залива в устье Тигра и Евфрата. Наместником этой области стал Тихон, бывший секретарь царя.

Вскоре молодой базилевс узнал, что стал отцом. Его жена Лаодика, дочь понтийского Митридата, родила наследника. Младенца назвали Антиохом. У него будет еще много детей — мальчиков и девочек — от разных женщин. Некоторые из них станут орудиями политики отца, особенно девочки, которых царь будет выдавать замуж по политическим соображениям. Это обычно для царей, и упоминания о таких браках разбросаны на страницах исторических сочинений об Антиохе III.

Наслаждаться покоем и счастьем отцовства «царю Азии» пришлось недолго. Он мечтал полностью восстановить восточные границы империи. Для этого надо было расправиться с тремя царствами — Атурпатканом, Парфией, Бактрией. Первое из них значительно расширило границы во время смут между Селевкидами. Им правил старый царь Артавазд (Артабазан), принадлежавший к аристократическому роду одного из Семи персов, когда-то создавших Древний Иран. Правители Атурпаткана претендовали на персидское наследство Ахеменидов. Судя по словам Полибия, атурпатканские цари расширили владения на севере, захватив Кавказскую Албанию (сейчас это Азербайджан; в описываемые времена эту территорию населяли армяне), Иберию (Центральную Грузию) и доходили чуть ли не до Черного моря в современной Абхазии. Главной силой Артавазда была конница, в которой служили потомки иранцев.

Антиох выступил против него, причем царя неожиданно поддержал Гермий. Официальная версия гласит, что Гермий почувствовал, как молодой царь выходит из-под контроля, и задумал ответный ход. Впоследствии говорили, что временщик хотел убить Антиоха во время похода, а затем стать регентом при малолетнем наследнике.

Поход в Азербайджан-Атурпаткан Полибий описывает крайне сжато. Армия Антиоха III перевалила через хребет Загрос и через Мидию вторглась во владения Артавазда. Крупных сражений не было. Может быть, воины Антиоха захватили несколько крепостей и отбросили врага к северу. После этого Артавазд «покорился обстоятельствам и принял договор на предложенных Антиохом условиях», как выражается Полибий. Но что это за договор и каковы эти условия, мы не знаем. Вероятно, Антиох получил несколько приграничных городов, отодвинув границу от Экбатан обратно к озеру Урмия и обезопасив таким образом мидийский рубеж. Царь Атурапаткана признал себя подданным Антиоха. Этот успех поднял авторитет молодого царя и позволил ему обрести самостоятельность. Никому из Селевкидов не удавалось покорить Атурпаткан, эта страна отделилась сразу после смерти Александра Великого. Казалось, «Азиатское царство» постепенно восстанавливает древние границы.