Хотя на подъеме протестантского движения в Литве православные одинаково спорили и с протестантами, и с католиками, отношение православных к протестантизму значительно переменилось, когда в Литве началась католическая контрреформация. Православные и протестанты вынуждены были теперь защищаться от нападок со стороны иезуитов. Всем было ясно, что главное наступление католиков на инакомыслящие конфессии еще впереди, и вполне естественными были попытки скоординировать действия православных и протестантов ради противостояния иезуитам. Среди православных, которые намеревались вступить в сотрудничество с протестантами, был князь Константин Острожский. Он пригласил нескольких протестантских писателей к своему двору в Остроге и поручил одному из них. Мотовиле, написать по-русски опровержение трактатов иезуита Петра Скарги. Когда Курбский узнал о сотрудничестве Острожского с протестантами, он сурово раскритиковал его действия. На это Острожский отвечал, что в схватках с иезуитами поддержка протестантов может оказаться полезной.

Особенно сотрудничеством с протестантами были недовольны иерархи западнорусской православной церкви. Это было связано еще и с тем, что, будучи не в состоянии обеспечить себе духовное лидерство среди верующих, они возражали против все возрастающего вмешательства мирян в церковные дела. Особенно они были возмущены деятельностью братств. Расхождения их с паствой становились все серьезнее, и довольно быстро западнорусские православные иерархи оказались в весьма трудной ситуации — с одной стороны, на них все сильнее давило католическое правительство, а с другой — усугублялась враждебность их собственной паствы. Это готовило почву для того, чтобы некоторые иерархи стали склоняться к принятию унии с Римом.

При таком положении дел патриарх Константинопольский Иеремия II решил лично проинспектировать западнорусскую церковь, которая, о чем следует вспомнить, была митрополией Константинопольского патриаршества, и исправить наиболее явные дефекты в ее организации. Кроме того, он решил посетить Москву. Московская церковь, как мы знаем, стала автокефальной в 1448 году и канонически более не была подчинена патриарху Константинопольскому. Однако патриарх Константинопольский и три других восточных патриарха почитались в Москве как высшие прелаты православной церкви. Мотивов, побудивших Иеремию посетить Москву, было много. Наряду со всем прочим он ожидал получить в Москве большие пожертвования от царя и русской церкви на нужды константинопольского престола, который находился в плачевном состоянии.

Иеремия достиг польской границы в мае 1588 года и был принят в Польше с почтением, соответствующим его должности. По совету канцлера Яна Замойского король Сигизмунд III выдал Иеремии грамоту, позволяющую ему путешествовать по Польше и Литве; следует заметить, что Замойский, как и многие поляки в то время, выступал против иезуитов, чью деятельность он считал вредоносной для католицизма и Польши. 3 июня Иеремия прибыл в Вильно, где был торжественно встречен паствой. Он благословил недавно созданное православное братство в Вильно, затем проследовал в Смоленск, а оттуда — в Москву, где провел целый год. Возвратившись в Литву в июле 1589 года, Иеремия обсудил с местными прелатами, собравшимися в Вильно, неустройство в западнорусской церкви. Узнав, что некоторые священнослужители являются двоеженцами, он лишил всех их сана. По этой же причине 21 июля 1589 года был отлучен от церкви митрополит Онисифор.

Шесть дней спустя король Сигизмунд назначил новым митрополитом монаха Михаила Рогозу. Патриарх посвятил его в духовный сан, хотя у него были сомнения по поводу соответствия Рогозы этой должности. Из Вильно Иеремия направился в Брест, где назначил своим экзархом в Западной Руси епископа Кирилла Терлецкого. Этим патриарх, по всей видимости, показал, что будет наблюдать за митрополитом Михаилом, который, что вполне понятно, этим весьма возмутился. Затем патриарх заехал в Тернополь, где утвердил привилегии львовского братства и провозгласил, что оно освобождается от власти львовского епископа Гедеона Балабана. Епископ — как и митрополит Михаил — был оскорблен постановлением патриарха.