На первых порах ни католики, ни православные в Великом княжестве Литовском не смогли противостоять протестантам. Но уже в 1557 году король Сигизмунд-Август издал указ, запрещающий превращение католических церквей в протестантские молельные дома. Семью годами позже король обнародовал еще два указа. В первом объявлялось об изгнании из страны всех иностранцев, проповедующих отказ от католицизма; второй убеждал поляков поддерживать католическую веру. Эти меры оказались тщетными, да и сам король не заботился о проведении в жизнь своих указов. Оба Радзивилла — Черный и Рудый — имели на него огромное влияние, а сестра Радзивилла Рудого — Барбара, как мы знаем, была второй женой Сигизмунда-Августа.
Римский католицизм в Польше следовало спасать не путем подавления еретиков (по крайней мере, не только подобными мерами), а с помощью энергичных духовных усилий и интеллектуального лидерства. Такое лидерство обеспечили иезуиты. Они впервые появились в Польше в 1564 году, а в Литве — в 1569 году. Основной упор они делали на образовании. В течение двадцати лет иезуиты создали целый ряд превосходных школ и университетов, куда стремились отправить своих детей даже их религиозные противники. Первое иезуитское училище в Литве было основано в 1570 году; восемью годами позже оно разрослось до университета (называвшегося «академией»).
Выдающуюся роль в католическом движении этого периода играл талантливый польский писатель и оратор Петр Скарга, который стал иезуитом в Риме в 1569 году, а четырьмя годами позже возвратился в Польшу. Помимо создания школ иезуиты организовывали католические общины и братства, устраивали публичные церемонии, которые привлекали тысячи участников и зрителей, проводили открытые религиозные дискуссии, вызывая на спор как православных, так и протестантов. В результате их умелой пропаганды дворянство, особенно молодое поколение, начало склоняться к католическому вероисповеданию. В 1574 году П. Скарге удалось обратить в католицизм старшего сына Радзивилла Черного — Николая Криштофа. Затем примеру старшего брата последовал другой сын Черного — Юрий. На следующий год папа назначил Юрия заместителем епископа, а в 1579 году — епископом Вильно. Новоявленный епископ организовал в Вильно аутодафе, подвергнув публичному сожжению антикатолические книги, многие из которых были изданы его покойным отцом. В католицизм были обращены и некоторые представители наиболее видных православных семей — в том числе старший сын князя Константина Острожского — Януш и единственный сын князя Андрея Курбского — Дмитрий.
Сигизмунд-Август умер в 1572 году. Через четыре года междуцарствия на трон был приглашен венгр Стефан Бато-рий — при условии, что он женится на сестре прежнего короля Анне. Талантливый военачальник и сильный правитель, Баторий оказывал полную поддержку контрреформации. Заняв в 1579 году Полоцк, он немедленно основал там иезуитский колледж, отдав иезуитам все, кроме одной, православные церкви и все полоцкие православные монастыри с принадлежащими им земельными угодьями. Варшавский сейм 1585 года одобрил действия короля.
В своей антиправославной пропаганде иезуиты уделяли значительное внимание проведению в жизнь идеи церковной унии. В 1577 году в католической типографии, основанной в Вильно Николаем Криштофом Радзивиллом, была издана на польском языке книга Петра Скарги «О единстве Церкви Божьей». В этом же году иезуит Антонио Поссевино основал в Риме Русскую семинарию, чтобы воспитывать молодых русских в католическом духе. В 1583 году в Риме был опубликован русский перевод католического христианского устава Петра Канизиуса, а в Вильно в 1585 году вышел в переводе на русский язык католический катехизис.
После смерти Батория в 1586 году в Польше наступил новый период междуцарствия. На пустующий трон были выдвинуты три потенциальных кандидата: Сигизмунд Шведский, Максимилиан Австрийский и царь Федор (сын царя Ивана Грозного) Московский. У последнего было много сторонников среди шляхты. Поссевино, бывший в период между 1581 и 1587 годом главным римским поверенным в русских делах, всячески возражал против избрания в Польше некатолического короля, и особенно — против избрания на польский трон Федора. В конце концов возобладали сторонники Сигизмунда Шведского, и он стал королем Польши под именем Сигизмунда III.
Сын шведского короля Юхана III и польской принцессы Катерины, к которой царь Иван IV неудачно сватался в 1560 году, Сигизмунд III правил в Польше с 1587 по 1632 год и проявил себя еще более верным сторонником иезуитов, чем даже Стефан Баторий.