Вполне вероятно, что усилия католиков подчинить западнорусскую церковь папе привели бы к навязыванию церковной унии гораздо раньше, чем это случилось на самом деле, если бы в середине XVI века власть католической церкви в Польше и Литве не оказалась под угрозой из-за быстрого распространения протестантизма.

Еще до Реформации, начатой Лютером в Германии, протестантские течения проникли в Польшу и Литву из Богемии через гуситское и постгуситское движения, особенно через евангелическую общину, известную как «чешские братья» (или «богемские братья»), основанную Петром Хелчицким в 1467 году. «Братья» подготовили почву для восприятия протестантских идей, которые спустя пятьдесят лет хлынули в Польшу и Литву из Германии.

Польские и литовские дворяне имели обыкновение посылать своих сыновей в немецкие школы и университеты, и студиозусы жадно внимали новым веяниям. Важным политическим фактором, который помог распространению протестантизма в Польше и Литве, стала секуляризация Тевтонского ордена в Пруссии (1525 год), а затем и его «филиала» в Ливонии. Когда великий магистр Альбрехт отказался подчиняться папе и стал светским герцогом Пруссии, он оказался в вассальной зависимости от польского короля.

В Литве после 1550 года нашлось много последователей течения протестантизма — кальвинизма, в котором активно участвовали многие литовские и русские вельможи — и среди них могущественный Николай Радзивилл Черный. Его обращение придало кальвинизму значительный вес в совете вельмож. В 1558 году православный вельможа Остафий Волович отправил конфиденциальное послание московскому думному дьяку Ивану Михайловичу Висковатому, в котором сообщал, что «лютеранство» (так в Москве называли все протестантские конфессии) прочно укрепилось в правительстве Сигизмунда-Августа.

В 1564 году был обращен в кальвинизм католик Николай Радзивилл Рудый. Примерно в то же самое время стал кальвинистом прежде православный Ян Ходкевич. Выходец из рязанской ветви Рюриковичей князь Семен Пронский также был обращен в кальвинизм в 1564 году и изменил свое имя на Фредерик.

Под патронажем вельмож протестанты Великого княжества Литовского открывали церкви и молельные дома, основывали школы, издавали книги. Примечательно, что первой книгой, выпущенной на литовском языке, был перевод «Катехизиса» Лютера (изданный в Кенигсберге в 1547 году). Николай Черный способствовал переводу на русский язык кальвинистского катехизиса Симона Будного, который был издан в 1562 году в Несвиже под названием «Катехизис для простых людей языка русского». Протестанты открыли несколько средних и начальных школ в Новогрудке, Несвиже, Ковно, Витебске и других городах. Среди социнианских (еще одно ответвление в протестантизме) учебных заведений была средняя школа, открытая братьями Гойскими в Гоще (Волынь). Именно в этой школе позднее (1602–1603 годы) Лжедмитрий изучал латынь.

В 1500 году в Великом княжестве Литовском было 700 римско-католических приходов. В 1566 году, согласно иезуиту Циховиусу, лишь одна тысячная прежних прихожан оставалась в лоне католической церкви, хотя, вероятно, это риторическое преувеличение. Во всей Жемайтии в 1566 году было всего шесть католических священников. Когда происходило полное обращение римско-католических прихожан в протестантство, те часто превращали католические церкви в свои молельные дома, выкидывая прочь статуи святых, а иногда и разрушая церковные здания.

Протестантство распространялось среди православных так же, как и среди католиков. Считается, что только в Новогрудском повете было приспособлено к нуждам протестантов или разрушено 650 православных церквей. В этом районе из 600 православных дворянских семей лишь 16 сохранили прежнюю веру. Князь Андрей Курбский писал Константину Острожскому, что «почти вся Волынь заражена язвой (протестантизма)».

Случилось так, что новомодные идеи нашли поддержку не только у западных проповедников, но и у немногих религиозных радикалов, которые переехали в Литву из Восточной Руси. В 1555 году из Москвы бежал с некоторыми сотоварищами русский монах Феодосий Косой, отошедший от православия, после того как его идеи были признаны еретическими на церковном соборе. В Литве он заехал сначала в Витебск, а затем направился в Полоцк и в обоих городах организовал протестантские общины. После этого со своим компаньоном Игнатием он последовал дальше на запад в район Новогрудка, оставив еще одного своего соратника, Фому, священником протестантской общины в Полоцке.

Как мы знаем, московиты заняли Полоцк в 1563 году, после чего русская протестантская община там была распущена. В своих толкованиях славянской религиозной истории, составленных в 1650 году, Андреас Венгерский рассказывает, что царь Иван IV повелел казнить священника Фому и того утопили в реке. Правда, рассказ А. Венгерского содержит хронологические и иные ошибки, и мы не можем быть уверены в том, что казнь Фомы действительно имела место. Если бы Фома был убит по царскому приказу, официальная русская летопись отметила бы это событие, но казнь Фомы там не упомянута.

Феодосий и Игнатий поселились в Волыни и продолжали там свою религиозную деятельность, по всей видимости, достаточно успешно. Новгородский монах Зиновий Отенский в своем полемическом трактате против протестантизма называл Феодосия предшественником Антихриста. Зиновий писал, что «дьявол совратил Восток через Мухаммеда, Запад — через Мартина Немца (Лютера), а Литву — через Косого (Феодосия)».

Нет статистических данных о западных русских, обращенных в разные протестантские конфессии, но несомненно, что наибольший процент обращения приходится на высшее русское дворянство. Очевидно, что молодое поколение Ходкевичей, Воловичей, Сапег, князей Вишневецких и многих других выдающихся родов отреклось от православия.

Об отношении к протестантизму крестьян мы можем только догадываться. Когда Курбский говорил, что Волынь стала протестантской, он, вероятно, имел в виду только дворянство. Судя по последующим событиям — например, противостоянию крестьян Брестской унии, — мы можем думать, что крестьяне были менее, нежели дворянство, расположены менять свою религиозную принадлежность. Нет также свидетельств о том, что православные приходские священники были сколько-нибудь глубоко затронуты протестантизмом. Большинство из них, во всяком случае, осталось православными.

Укоренение протестантизма в Польше, Литве и Западной Руси можно в какой-то степени приписать высокому интеллектуальному уровню и честности как его иностранных лидеров, так и выходцев из коренного населения. Главной же слабостью протестантского движения было отсутствие единства среди его последователей. Каждое из его основных направлений распадалось на большое количество малых общин. В одном только Вильно в 1592 году было 72 протестантских общины.