После отделения западнорусской церкви от восточнорусской первая осталась зоной влияния патриарха Константинопольского, который, однако, не мог в полной мере ни руководить ею, ни защищать ее интересы, поскольку в результате гибели Византийской империи оказался в весьма унизительном положении. А надо сказать, что православная церковь в Польше и Литве нуждалась и в руководстве, и в защите, так как она существовала в рамках двух государств, в которых римско-католическая церковь занимала привилегированное положение. Ситуация для православных, составлявших значительное большинство русского населения, стала еще хуже, когда после Люблинской унии украинские области Великого княжества Литовского были переданы под владычество польской короны.

Король Польши вмешивался в жизнь западнорусской церкви самыми разными способами. Он мог (а иногда так и делал) выдвигать кандидата и даже назначать православного митрополита Западной Руси, никоим образом не советуясь с патриархом Константинопольским. Руки короля были практически развязаны, тогда как назначение католического епископа в Польше становилось, как правило, результатом взаимопонимания между королем и папой; в 1589 году папа официально признал право короля назначать епископов.

Король обладал обширными полномочиями в церковной администрации благодаря праву патронажа, которое существовало в практике всех римско-католических государств в Европе, включая Польшу. Однако в данном случае право королевского патронажа осуществлялось католическим сувереном в отношении православной церкви, что приводило к разнообразным злоупотреблениям.

Право патронажа включало в себя заботу не только о приходских церквях и монастырях, но также и о епископах. Первоначально западнорусские православные епископы избирались собранием священнослужителей и мирян. Со временем эта практика прекратилась, и король стал распоряжаться епархиями по своей воле. Некоторые епархии были богатыми и давали хороший доход. В таких случаях получение епархии являлось столь хорошей наградой, как и владение мирской «державой». Король одаривал тех, кто заслужил его милость, не считаясь с духовной чистотой потенциального церковного лидера. Причем епископами обычно назначались дворяне, не имевшие непосредственного отношения к церкви. Такого мирянина спешно делали монахом, а затем посвящали в сан епископа. Но бывало и так, что назначенец короля не испытывал желания принимать монашеский постриг, оставался мирянином и управлял епархией как светский управляющий. Большинство же тех, кто становился священнослужителем, не хотели отказываться от мирских утех и продолжали развеселую жизнь, отнюдь не стесняясь епископским саном. Подобно мирским владыкам, они держали в своих замках большую свиту, вооруженную охрану и даже пушки.

Патронаж над церковными приходами и монастырями осуществлялся не только королем, но также дворянами и городами. Первоначально право патронажа, включавшее право выбора священника (настоятеля), принадлежало феодалу (или городу), который выстроил церковь (или монастырь) и даровал ей земельные угодья. Частные основатели православных монастырей и церквей, как правило, сами были православными. Чтобы поддержать колонизацию малонаселенных земель Галиции, короли основали там ряд православных монастырей. Однако пользование земельными угодьями, которыми наделялись монастырь или церковь, было подчинено общим законам страны. Угодье, в том числе расположенный на его территории храм, могло быть заложено, продано или обменяно на другое, и новый владелец приобретал вместе с землей право патронажа. Таким путем патроном православного монастыря или церкви мог стать человек, не имеющий к православию никакого отношения.

Все это привело к упадку православных приходов в Западной Руси. Показателен случай с епископом Холма — Феодосием Лозовским, дворянином по происхождению. Он добивался прибыльной епархии во Владимире-Волынском, хотя еще был жив старый епископ. Ранее король назначил преемником этого епископа дворянина Иону Красенского и выдал ему соответствующую грамоту. Однако после смерти в 1563 году владимирского епископа король переменил свое мнение и назначил во Владимир-Волынский епископом Феодосия (видимо, тот заплатил некую сумму в королевскую казну). Иона Красенский не мог допустить, чтобы Владимирская епархия выскользнула у него из рук. Взяв с собой прежнюю королевскую грамоту, он поспешил во Владимир и расположился в епископском замке, а затем, оставив на месте сына Василия, отправился искать справедливости к королю. Тем временем Феодосий во главе настоящей армии (примерно 2500 солдат и девять пушек) тоже отправился во Владимир, прогнал Василия Красенского и утвердился на епископской кафедре. Когда же ему было приказано явиться на королевский суд, Феодосий приказ проигнорировал и оставался епископом Владимирским вплоть до своей смерти в 1589 году.

Что же до Ионы Красенского, то ему пришлось довольствоваться епархией в Луцке, которую он получил в 1567 году; он тут же обложил большими налогами приходских священников, оказавшихся под его властью, а те приходы, где священники отказались платить, закрыл. Василий Красенский и двое других его сыновей тоже наживались за счет угодий, принадлежавших епархии, забирая из церквей все, что им нравилось, — в том числе колокола, иконы и книги. Помимо Луцкой епархии король даровал Ионе монастырь в Жидачеве, и тот постепенно довел монастырь до нищеты. В 1580 году король Стефан Баторий приказал князю Константину Острожскому, воеводе Киева и судебному исполнителю в Волыни, отобрать монастырь у Ионы и сделать настоятелем епископа Феофана. Иона отказался подчиниться Острожскому; тогда князь захватил монастырь силой и водворил туда Феофана. Позже король сместил Феофана и назначил настоятелем монастыря в Жидачеве луцкого старосту князя Александра Пронского. Но не успел тот вступить в свои права, как в 1583 году Иона вновь завладел монастырем. Первая попытка Пронского изгнать его потерпела неудачу. Но на следующий год Пронский с отрядом в 300 солдат и пушками монастырь все-таки отвоевал. Затем настоятелем опять стал Феофан, но ненадолго, поскольку в 1585 году монастырь взял приступом брат львовского епископа Гедеона Балабана, и было объявлено, что отныне монастырь находится под властью Гедеона. Феофан пожаловался королю, но тот в конце концов решил вопрос в пользу Гедеона.

Назначение королем высших должностных лиц западнорусской православной церкви — митрополитов — происходило по той же методе. Из пяти митрополитов в период между 1534 и 1585 годом один получил епархию благодаря королеве Боне; другой был почти неграмотным; еще один был двоеженцем. Во многих случаях митрополиты ссорились с епископами, и обе стороны, жалуясь королю, давали ему повод вмешиваться в дела церкви. Из всех митрополитов этого периода лишь один был хорошим администратором и достаточно умело руководил церковью, однако никому из них не удалось стать духовным лидером верующих.

Загнивание западнорусской православной иерархии не означало, что умирала сама западнорусская церковь. Среди приходских священников, монахов и прихожан было множество добросовестных христиан и честных людей. Количество членов общины постоянно росло, а процентное отношение приходов к количеству верующих, особенно в сельских районах, было выше, чем в Восточной Руси в этот период. Михаил Грушевский составил длинный список монастырей, основанных в Галиции, Волыни и в районе Киева в XV и XVI веках. На основании списков налогообложения подсчитано, что только в сельских районах Галиции в 1560-х годах было 1270 приходских церквей; они обслуживали 2491 деревню; 190 церквей было в 125 городах.

Православие в Западной Руси поддерживалось преимущественно мирянами, стремившимися защитить свою веру. Активными его поборниками были некоторые вельможи — такие, например, как князья Острожские и Ходкевичи.