Вначале первого совместного заседания посланники польской шляхты потребовали, чтобы во всех дискуссиях участвовали обе стороны и никто не проводил отдельных совещаний. Поляки на опыте прежних сеймов опасались, что литовские вельможи, собираясь отдельно, смогут подавить оппозицию со стороны своей шляхты. Литовцы отказались принять польское требование, и в итоге каждая из сторон представила на рассмотрение совместных заседаний собственный проект унии.

Поляки настаивали на полном включении Великого княжества Литовского в состав Польши. Даже само слово «Литва» должно было исчезнуть из названия государства, а монарх носить единственный титул — «король Польши». Литовцы же предлагали создать федерацию Польши и Литвы под единым управлением. Общего правителя, по их замыслу, следовало выбирать на совместном сейме, который должен был проходить на границе между двумя странами; причем в Кракове этот монарх будет коронован королем Польши, а в Вильно — великим князем Литовским. Для решения вопросов внешней политики, войны и других важных дел, касающихся интересов обеих стран, литовцы предлагали собирать по очереди в Польше и Литве польско-литовский сейм, а местные дела каждого из государств вершить отдельно на польских и литовских сеймах. Литва должна была сохранить собственные законы и систему правосудия, причем на официальные должности в великокняжеском правительстве и администрации могли быть назначены только коренные жители Великого княжества. Предполагалось, однако, что поляки и литовцы будут иметь в обеих странах равные права землевладения.

Литовский план вызвал у польских депутатов негодование. Они вспоминали, что во времена первой унии, принятой в 1385 году, Литва фактически входила в состав Польши. Польский делегат Иероним Оссолинский заявил, что «уния Великого княжества Литовского (с Польшей) была установлена и скреплена клятвой давным-давно. Польские короли на этом основании правили Литвой и даровали ей различные свободы. Нам остается только внести такие коррективы, которые представляются необходимыми, а затем провести в жизнь все положения прежней унии».

Двумя главными ораторами от литовской делегации были воевода Вильно Николай Радзивилл Рудый и Ян Ходкевич. Радзивилл, обращаясь к Оссолинскому, сказал: «Ваша честь, вы сказали, что польские короли долгое время правили Литвой. Я не думаю, что... Литва получила свободы только тогда, когда король Польши начал править ею». Ходкевич, в свою очередь, заявил польским сенаторам: «...Наши народы (то есть литовцы и русские) и мы (то есть члены совета вельмож) — честные и достойные люди, а что касается наших свобод, то мы равны любому другому народу, включая и вас, господа поляки. Нам бы не хотелось заключать унию, прежде чем мы установим добрый порядок в нашем содружестве и покажем вам, что вы заключаете союз с друзьями, равными вам по достоинствам и внутреннему устройству. В первую очередь мы должны решить этот вопрос с нашим собственным государем (то есть Сигизмундом-Августом как великим князем Литовским). Только после этого мы будем рады обсудить унию с вами. Король (то есть Сигизмунд-Август как король Польши) ничего в вопросе об унии не решает. Это исключительно наше дело, поскольку мы свободные люди и христиане. Никто не может вести наших дел, кроме нас самих, как это делали наши предки».

Эти речи вызвали у поляков сильное раздражение и ни в коей мере не подвигли их на уступки. В феврале ситуация окончательно зашла в тупик: литовские вельможи решили бойкотировать дальнейшие собрания и один за другим начали уезжать домой. К 1 марта на сейме остались одни поляки.

Вскоре, однако, выяснилось, что литовцы недооценили возникшую ситуацию. Поляки так просто дела оставлять не собирались. Тем более что делегаты шляхты Волыни и Поднятья выразили готовность отделиться от Великого княжества. Возможно, что, пока шли заседания сейма, между ними и поляками велись тайные переговоры. Во всяком случае, поляки были хорошо осведомлены о теплом отношении к унии делегатов Волыни и Подляшья и решили воспользоваться этим.

5 марта Сигизмунд-Август выпустил эдикт о «возвращении» Польше Волыни и Подляшья и немедленном включении этих двух областей в состав Польши. Еще через три дня, 8 марта, он отдал приказ вельможам и делегатам Волыни и Подляшья явиться на сейм и присягнуть на верность польской короне.

Первой реакцией литовцев было желание оказать вооруженное сопротивление. Совет вельмож даже разослал приказы о мобилизации. Но вскоре литовцы поняли, что сил у них недостаточно; к тому же шляхта Подляшья и Волыни отказалась сотрудничать с ними.

Утрата Волыни и Подляшья стала для Литвы суровым ударом; Великое княжество лишилось значительной части военных и финансовых ресурсов. Более того, многие литовские вельможи владели в этих областях земельными угодьями и занимали административные должности. От них потребовали незамедлительно принести клятву верности Польше на основании указа Сигизмунда-Августа от 8 марта.

Показателен случай с Остафием Воловичем, помощником канцлера Великого княжества. Когда литовцы в феврале покинули сейм, они оставили Воловича и помощника казначея Великого княжества Николая Нарушевича в Вильно в качестве наблюдателей. Волович не владел наследственными поместьями в Подляшье, но ему было даровано там три бенефиция (земельных владения) в качестве награды за заслуги перед Великим княжеством. Сразу же после указа от 8 марта король приказал Воловичу принести присягу верности Польше. Волович умолял Сигизмунда «открыть свое второе ухо» (то есть выступить в качестве великого князя Литовского) и позволить ему посоветоваться с другими литовскими вельможами. Но Сигизмунд остался глух к его просьбам, а когда Волович отказался принести присягу, его бенефиции в Подляшье были конфискованы.

В последней попытке защитить права Великого княжества литовские вельможи отправили в польский сенат делегацию, которая натолкнулась на новые требования: поляки пожелали «возвращения» еще двух областей — Киева и Брас-лава, и 6 июня Сигизмунд-Август издал указ о включении Киевской земли в состав Польши. Что же касается Браслава, то король решил, что специально предпринимать что-либо не имеет смысла, поскольку раньше Браслав был частью Волыни и должен войти в состав Польши в административном порядке.

Таким образом, к 6 июня Великое княжество Литовское лишилось всех своих украинских владений и примерно трети населения. Дальнейшее сопротивление Польше было невозможно. Литовским вельможам оставалось только сожалеть, по словам Николая Радзивилла, о «похоронах и уничтожении навсегда ранее свободного и независимого государства, известного как Великое княжество Литовское».

1 июля 1569 года был подписан договор об унии. 4 июля Сигизмунд-Август утвердил его. В его основу лег польский проект. Пожелания литовцев были приняты в расчет только в некоторых деталях. Основные принципы унии были следующими:

1. Польша и Литва должны составить единое содружество, единое государство, единый народ.

2. Они должны иметь единого суверена, с титулом «король Польский, Великий князь Литовский».

3. Суверен должен избираться сенатом и шляхтой объединенного народа.

4. Избирательный сейм должен собираться в Польше.

5. Вновь избранный король, приняв корону, должен дать клятву защищать свободы обоих народов.

6. Король должен короноваться в Кракове. Отдельной церемонии возведения на великое княжение литовское не будет.

7. Будет существовать лишь один сенат и один сейм; и тот и другой будут установлениями польской короны («коронными»).

8. Внешняя политика будет одной и той же для обоих народов.

9. Земельные угодья могут приобретаться поляками в Литве и литовцами в Польше.

Легче было провозгласить эти принципы, чем воплотить их в реальную действительность. Полностью Литва в состав Польши так и не вошла — она сохранила свою автономию даже после Люблинской унии.

Хотя слияние двух народов — поляков и литовцев и было провозглашено, в договоре все-таки упоминались «два народа», пусть и объединенные. Все еще продолжал использоваться титул «Великий князь Литовский». Все должности в правительстве и высшей администрации Великого княжества остались в прежнем виде. Великое княжество сохраняло государственный герб. Литве было позволено пользоваться собственным сводом законов (статутом), хотя и были даны указания пересмотреть его в соответствии с польским законодательством.

В дальнейшем автономия Литвы подтверждалась часто и во многих аспектах. Договор об унии запрещал деятельность литовского сейма. Фактически же сейм действовал как предварительное совещание литовских депутатов перед поездкой на совместный сейм в Польше. Хотя, согласно Люблинской унии, литовский свод законов следовало пересмотреть, чтобы приспособить литовские законы к польским, он и после ревизии продолжил традиции первых двух статутов. Новый статут — третий — был одобрен королем Сигизмундом III в 1588 году. Характерно, что о существовании унии в нем даже не упомянуто. Как и первые два, третий статут был написан по-русски. В предисловии к первому его изданию говорилось: «Из всех народов нам было бы особенно стыдно не знать своих законов, поскольку они написаны нами на нашем собственном, а не на иностранном языке». Русский язык оставался официальным языком правительства, администрации и законотворчества Великого княжества Литовского на протяжении более чем столетия после Люблинской унии. Только в 1697 году литовское правительство заменило его на польский.

Как ни странно, сильнейший удар уния нанесла по русским. Теперь вся Западная Русь оказалась разделена на две части: украинские области отошли Польше, белорусские остались за Литвой. Белоруссия и Украина в политическом отношении оказались отделены друг от друга, что неминуемо должно было привести к культурному отдалению. Постепенно полякам удалось распространить свое влияние на основную часть украинского дворянства, но они не смогли добиться того же в отношении украинских казаков и крестьян. Вскоре стало очевидным, что в Люблине Польша «проглотила» больше, чем могла «переварить».