Караимизм — это иудейское вероисповедание, во многих отношениях отличающееся от раввинского иудаизма. Караимы не признают авторитет Талмуда. Ныне караимов очень мало, и их вероисповедание умирает. Но в VIII–XII веках караимизм представлял собой мощное религиозное течение и в XVI веке еще сохранял жизнеспособность.
Литовская ветвь караимов с исторической точки зрения представляет собой осколок экспансии караимского прозелитизма среди тюркских народов в Центральной Азии и Южной Руси, особенно среди хазар и позднее половцев. Новообращенные в караимизм принимали в качестве основного религиозного языка древнееврейский, но в быту говорили на родном тюркском и лишь иногда использовали его в религиозных ритуалах. Разговорный язык литовских караимов близок к половецкому диалекту.
Обычно считают, что караимы пришли в Литву из Южной Руси в конце XIV века. Однако существуют свидетельства, что некоторые караимские переселенцы обосновались в русских областях Великого княжества значительно раньше, до литовской экспансии. Вероятно, они пришли из Крыма и с Северного Кавказа.
Поскольку караимизм — разновидность иудаизма и религиозным языком караимов был древнееврейский, в документах Великого княжества Литовского не проводилось различия между раввинскими евреями и караимами. Это затрудняет изучение истории караимов, поскольку во многих случаях неясно, кого в каждом конкретном случае подразумевают под «евреями». Довольно большое количество исследователей вследствие этого вообще упустили караимов из поля своего зрения. Мы не обнаруживаем упоминаний о них в работах о Великом княжестве таких выдающихся историков, как М. К. Любарский, М. Грушевский и С. Кутжеба. Литовское правительство, однако, имело ясное представление о некоторых отличительных чертах караимов, в том числе об их воинской доблести, и старалось использовать этих тюрков по крови и речи в качестве ратников.
В конце XIV века многих караимов поселили в крепостях, расположенных цепочкой вдоль северной и северо-западной границы Литвы и территории Ливонского ордена. Караимам была доверена и охрана моста, соединявшего крепость Тра-кай (расположенную на острове посреди озера) с берегом.
Следует еще раз напомнить, что караимы единственные из нехристиан в Великом княжестве пользовались всеми выгодами Магдебургского права. Однако они не смешивались с христианами Тракая, а были организованы в отдельную общину. Тракайским караимам было дано право избирать войта, должность которого подтверждалась великим князем и который был подчинен великому князю. Войт действовал как судья в тяжбах между караимами. В тяжбе между караимом и христианином вопрос рассматривался объединенным судом войта и тракайского воеводы.
Помимо Тракая караимские поселения существовали в Гродно, Луцке, Смоленске, Стародубе, Житомире, Киеве и ряде других городов Великого княжества. В XVI и XVII веках караимы оказали литовскому и польскому правительству неоценимую помощь в войнах с крымскими татарами и оттоманскими турками. Тяжелые потери, которые они несли в боевых сражениях, должно быть, серьезно воспрепятствовали увеличению числа литовских караимов. Шведский историк Густав Перингер, который изучал караимов в 1690 году, отмечал, что их численность мала, потому что у них заведено уходить на войну в очень раннем возрасте.
В своем «Трактате о двух сарматиях» (1517 год) польский писатель Мацей из Мехова (Матвей Меховский) говорит, что на Руси (то есть в Западной Руси) евреи (он имеет в виду караимов) «не являются ростовщиками, как евреи в христианских (то есть католических) землях, но ремесленниками, земледельцами и оптовыми купцами, которым часто дается откуп на собирание таможенных пошлин и государственных налогов». Некоторые караимы служили в администрации Великого княжества. Они принимали активное участие в восточной торговле, а некоторые из них имели деловые отношения с Варшавой, Данцигом (Гданьском), Ригой и Смоленском.
Несмотря на военную службу караимов и большую пользу, которую они приносили литовскому государству, указ о выселении 1495 года коснулся их в той же степени, что и раввинских евреев. Обычно предполагается что большинство караимов отправились в Крым и возвратились в Литву в 1503 году. Однако в финансовом докладе о положении дел в великокняжеском замке в Тракае за 1498–1502 годы упоминаются чиновники, привратники, мушкетеры и «казаки» с типично караимскими именами. Это говорит о том, что на многих караимов указ о выселении не распространился.