Религиозное брожение на Руси не окончилось после церковных соборов 1503 и 1504 годов, и конфессиональные проблемы продолжали играть важную роль в политике Василия III. Правда, голос еретиков был теперь почти не слышен, но заволжских отшельников нельзя было заставить замолчать так быстро. Они протестовали против казней еретиков, заявляя, что истинно христианский способ борьбы с инакомыслием — молитва и убеждение, а не огонь и тюрьма, и с горечью упрекали Иосифа Волоцкого в жестокости.
Со своей стороны Иосиф адресовал несколько посланий Василию III, убеждая его не ослаблять усилий по подавлению ереси с помощью самых суровых мер. Нет свидетельств о каких-либо массовых преследованиях еретиков в первые годы царствования Василия III, но представляется, что на Василия слова Иосифа производили должное впечатление.
Примерно в это же время Иосиф оказался в затруднительном положении из-за враждебного отношения к нему Федора, князя Волоцкого, на чьих землях был расположен основанный в 1479 году монастырь Иосифа. Церковное управление Волоком осуществлял архиепископ Новгородский. Пока новгородский престол занимал Геннадий, Иосиф всегда мог рассчитывать на его поддержку. Смещение Геннадия в 1503 году серьезно повлияло на положение Иосифа в Волоке, поскольку новый архиепископ Новгородский Серапион питал к нему неприязнь.
Князь Федор Волоцкий относился к монастырю Иосифа как к источнику потенциальных доходов. Он «занимал» деньги у монастыря, часто навешал его со своей свитой и злоупотреблял гостеприимством Иосифа. Однажды, сообщая Иосифу о предстоящем визите, он попросил его выставить в качестве угощения не квас, а мед, который стоил значительно дороже. Федор рассчитывал также на богатые дары, такие, как лошади лучших пород, оружие и драгоценные камни. Вскоре он действительно стал угрожать Иосифу изгнанием с Волоцкой земли.
В отчаянии Иосиф обратился через своего друга — боярина Кутузова к Василию III с просьбой освободить его монастырь из-под власти князя Федора. Одновременно Иосиф попросил санкции на это у митрополита Симона. Симон согласился поддержать прошение Иосифа, и Василий взял монастырь Иосифа под свою защиту. Однако здесь было препятствие. С точки зрения канонического права никакое решение подобного характера не могло быть проведено в жизнь без одобрения архиепископа Серапиона Новгородского. Во всяком случае, его следовало поставить в известность. Согласно биографу Иосифа, монаху Савве Черному, Иосиф намеревался это сделать, но не смог из-за эпидемии чумы в Новгороде.
Когда князь Федор узнал, что лишился богатейшего монастыря в княжестве, он направил жалобу архиепископу Се-рапиону. Последний ожидал, что Иосиф, по крайней мере, объяснится. Не получив извинений от Иосифа, Серапион направил ему суровое послание, запрещая отправлять священные обряды и принимать святое причастие. Иосиф немедленно пожаловался митрополиту Симону, который после консультации с советом епископов отменил Серапионово отлучение Иосифа и вызвал новгородского архиепископа в Москву для объяснений. Серапиона судили, признали виновным, сместили с новгородского престола и заключили в Андрониковом монастыре в Москве (1509 год). С тех пор новгородский епископский престол оставался вакантным на протяжении семнадцати лет. Вероятно, действия Серапиона были истолкованы как нечто вроде восстания Новгорода против Москвы.
Князь Федор Волоцкий умер в 1513 году, после чего его удел вошел в состав Великого княжества Московского.
Иосиф одержал верх в споре с Серапионом, но средства, с помощью которых он достиг победы, вызвали негодование многих священнослужителей и смутили даже некоторых последователей его учения. Кое-кто из учеников умолял Иосифа извиниться перед Серапионом, но он отказался делать это.
Даже самого Василия III обеспокоили методы Иосифа и суровость наказания Серапиона. Узнав о том, что митрополит Симон жестоко обращается с Серапионом в тюремной камере Андроникова монастыря, Василий III приказал перевести Серапиона в монастырь Святой Троицы (где он раньше был настоятелем). Он жил здесь скорее как гость, нежели как заключенный вплоть до своей смерти в 1516 году.
Еще одним свидетельством ослабления влияния Иосифа на Василия III явилось изменение отношения великого князя к Вассиану Патрикееву. Около 1509 года Вассиану было позволено вернуться в Москву, и он был помещен на жительство в Симонов монастырь. Постепенно Вассиан снискал благосклонность Василия. Однажды Василий даже назвал его своим «наставником в человеколюбии». После смерти в 1511 году Симона митрополитом стал Варлаам, к которому благожелательно относились «заволжские старцы», и произошло это, вероятно, под влиянием Вассиана.
Бурная полемика между Иосифом Волоцким и его оппонентами, наиболее видным из которых был теперь Вассиан Патрикеев (Нил Сорский умер в 1508 году), продолжалась. Возобновились споры по поводу прав монастырей на земельные угодья. Василий III здесь следовал политике отца. Требовалось наращивать армию, поскольку отношения Москвы с соседями стали еще хуже, чем при Иване III, а без реализации поместного плана сделать это было невозможно.
Как мы знаем, краеугольным камнем евразийской политики Ивана III был его союз с крымским ханом Менгли-Гиреем. Для хана главная ценность этого союза заключалась в возможности единым фронтом с Москвой противостоять Золотой Орде. Но к концу царствования Ивана III Золотая Орда распалась, и ее место частично было занято слабым Астраханским ханством, которое не представляло серьезной угрозы ни для Москвы, ни для Крыма. После этого Менгли-Гирей оказался куда в меньшей степени заинтересован в соглашении с Москвой. Москве же союз с Крымом был нужен не только для сдерживания Золотой Орды и Казани, но и для борьбы с Литвой. Однако распространение контроля Москвы на район Северской земли Менгли-Гирея в восторг не привело, поскольку московские войска теперь подошли слишком близко к его собственным владениям. Более того, теперь он уже не мог грабить Северскую землю, а именно это — возможность поживиться на украинских землях как к востоку, так и к западу от Днепра — во многом делало для него привлекательным союз с Москвой. Наконец, Василий III, будучи скупым по складу характера, с большой неохотой, в отличие от своего предусмотрительного отца, тратился на «подарки» крымскому хану, его родне и вельможам. Крымская верхушка, естественно, обижалась.
Все это вместе значительно охладило отношения между Москвой и Крымом в первые годы царствования Василия III, а в 1512 году Менгли-Гирей расторг договор с Василием и перешел на литовскую сторону. Поскольку теперь крымские татары вынуждены были воздерживаться от набегов на украинские земли, принадлежащие великому князю Литовскому, они направили свои алчные взоры в сторону Северской земли и приграничных областей Великого княжества Московского. Это стало началом затяжной войны между Русью и крымскими татарами, в которой на стороне последних позднее приняли участие оттоманские турки. Разорительные набеги крымских татар на южные приграничные земли России продолжались вплоть до царствования Екатерины II.
Летом 1521 года сыну и наследнику Менгли-Гирея — хану Мухаммед-Гирею при поддержке великого князя Литовского удалось добраться до окраин самой Москвы. При этом украинские казаки, находившихся у него на службе, совершили набег на Северскую землю. Когда Василий III получил известия о вторжении татар, он, чтобы собрать побольше войск, отступил в Волок, оставив Москву на православного татарского князя Петра, мужа сестры Василия Евдокии (она умерла в 1513 году). Москва была переполнена беженцами из близлежащих районов, из-за чего началась эпидемия. Петр отправил Мухаммед-Гирею богатые дары, и тот снял осаду. Герберштейн утверждает, что Петр согласился дать Мухаммед-Гирею от имени московского правительства письменную клятву платить ежегодную дань и что позднее начальник русского гарнизона в Рязани хитростью заполучил эту бумагу и уничтожил; но эта история не выглядит правдоподобной.
Как крымский хан, так и великий князь Литовский старались помешать Москве в ее столкновениях с Казанским ханством. Как мы знаем, казанский хан Мухаммед-Эмин выступил против Москвы вскоре после смерти Ивана III. Весной 1506 года Василий III послал на Казань русские войска, но поход не удался — русские потерпели два серьезных поражения. Два года спустя Мухаммед-Эмин вернул Москве пленников и подписал с Василием дружественный договор. После смерти Мухаммед-Эмина Василий III направил в Казань касимовского царевича Шах-Али (1519 год). Казанцы сначала приняли его как своего хана, но вскоре, под влиянием крымских агентов, восстали и пригласили на казанский трон Сахиб-Гирея, брата крымского хана (1521 год). Шах-Али было позволено со всеми его женами и имуществом возвратиться в Москву. Как только Сахиб-Гирей воссел в Казани, он устроил русский погром: одних бывших в городе русских убили, других обратили в рабство.
Разрыв с Крымом и постоянные проблемы с Казанью заставили великороссов срочно укреплять оборонительную систему. Каждую весну на «берег», то есть на главную оборонительную линию по течению Оки, посылались войска. Вдоль этой линии и к югу от нее были возведены крепости в Зарайске, Туле, Калуге. В приграничных районах (украинах) к югу от окской линии были расселены группы «украинников» (приграничных жителей или казаков). На дипломатическом фронте правительство Василия III старалось поддерживать дружественные отношения с Ногайской ордой и с Астраханским ханством.
Ухудшение отношений Москвы с татарами осложнило для Василия решение литовских проблем. Тем не менее он продолжал политику отца в отношении западнорусских земель. Великий князь Литовский Александр умер в 1506 году; после этого королем Польши и великим князем Литовским стал его младший брат Сигизмунд. Великая княгиня Елена (вдова Александра и сестра Василия) вынуждена была остаться в Литве. После смерти мужа ее жизнь стала значительно печальней. «Жертва политических расчетов», по выражению Н. Бестужева-Рюмина, она умерла в 1513 году.
Еще до истечения шестилетнего перемирия с Литвой (заключенного в 1503 году) война вспыхнула снова в связи с переходом Михаила Глинского на русскую сторону. Было заключено новое перемирие, но затем военные действия все равно возобновились. В 1514 году русские войска под командованием князя Даниила Щени после яростного артиллерийского обстрела захватили Смоленск. Именно тогда Василий III обидел Глинского, назначив своим наместником в Смоленске не его, а князя Василия Васильевича Шуйского.
Захват Смоленска был серьезным успехом великороссов, но примерно месяц спустя армия московитов потерпела суровое поражение под Оршей. Князь Константин Иванович Острожский, тот самый, что четырнадцать лет назад потерпел поражение при Ведроше, теперь привел литовские войска к победе. Однако все попытки литовцев отвоевать Смоленск окончились неудачей. Положение было точно противоположным тому, что сложилось во время войны 1500–1503 годов. Тогда великороссы выиграли наиболее важное сражение, но оказались не в состоянии захватить Смоленск. Теперь, хотя битва и была проиграна, они прочно Смоленск удерживали. Император Максимилиан I попытался обратить все это себе на пользу, посредничая между Москвой и Литвой, и именно с этой целью Герберштейн был первый раз отправлен в Москву (1517 год). Но из этого ничего не вышло. Лишь в 1522 году Москва и Литва заключили новое перемирие сроком на пять лет. Москва удержала за собой Смоленск и сохранила все завоевания Ивана III.
Братья Василия III попытались использовать конфликт с Литвой в своих интересах. В 1511 году Василию донесли, что князь Семен Калужский намеревается присоединиться к великому князю Литовскому Сигизмунду. Василий приказал Семену немедленно явиться в Москву. Семен испугался и попросил митрополита и епископов вымолить у Василия ему прощение. Василий снизошел к просьбам сановных священников, но Семену пришлось распустить своих бояр и слуг и принять новую свиту, посланную ему Василием. Отношения между Василием и другим его братом, Дмитрием Углиц-ким, тоже время от времени становились натянутыми. Василий упрекал своего брата в неподчинении власти великого князя. Однако открытого конфликта между ними не произошло.
Около 1514 года против Василия III организовал заговор Юрий Дмитровский (по старшинству следующий после него брат). Василий, узнав о планах Юрия, распорядился схватить его, а Юрий обратился к Иосифу Волоцкому, умоляя престарелого настоятеля вступиться за него. Тут следует вспомнить, что в 1513 году князь Федор Волоцкий умер, и Волоцкий удел был присоединен к Москве. Теперь Василий часто ездил в Волок охотиться, и их ношения с Иосифом восстановились. Иосиф был болен, когда Юрий попросил его о помощи, не мог самостоятельно отправиться в Москву и послал к Василию двух монахов. После бурной беседы с преподобными Василий III согласился простить Юрия. Вскоре после этого Иосиф умер. Ему было семьдесят шесть лет (1515 год).
Незадолго до смерти Иосиф отправил Василию III послание, в котором просил великого князя взять Волоцкий монастырь под свое особое покровительство. Также Иосиф попросил братьев монастыря выбрать ему подходящего преемника. Они выдвинули Даниила, уроженца Рязани. С согласия Иосифа митрополит Варлаам посвятил Даниила в настоятели. Василий III сдержал обещание, данное Иосифу, и часто наезжал в Волоцкий монастырь. Он сблизился с Даниилом, тогда как его отношения с митрополитом Варлаамом постепенно ухудшались. Последним важным делом Варлаама, одобренным Василием, было приглашение с горы Афон ученого греческого монаха для перевода на русский язык некоторых греческих религиозных рукописных книг, имевшихся в московских библиотеках. Правда, монах, которого москвичи хотели заполучить, был стар и немощен и не отважился на путешествие в Москву. Вместо него старейшины Афона направили в Москву молодого греческого ученого, Михаила Триволиса, чье монашеское имя было Максим и который стал известен на Руси как Максим Грек. Он прибыл в Москву в 1518 году. В последующие годы Василий III стал избегать Варлаама, в том числе из-за его постоянного заступничества за тех, кто попадал к Василию в немилость. 17 декабря 1521 года Варлаам был смещен. Два месяца спустя, 27 февраля 1522 года, Василий назначил новым митрополитом настоятеля Волоцкого монастыря Даниила.
Примерно в это время Рязанское княжество или, скорее, оставшаяся его половина была присоединена к Москве. Последний независимый рязанский князь Иван был обвинен в 1520 году в сговоре с крымским ханом Мухаммед-Гиреем и арестован Василием III. Во время набега Мухаммед-Гирея на Москву в 1521 году Ивану Рязанскому удалось бежать в Литву, где он получил земельный надел. Он умер в 1534 году. Как и в случае с Новгородом и Псковом, тысячи рязанцев были высланы в Московию и заменены московитами.