Хотя во второй половине правления Ивана III и произошел глубокий социальный переворот, который должен был выдвинуть класс средней аристократии (дворянство), правительство и органы центральной администрации еще находились в руках бояр. Однако в среде этого социального класса произошли серьезные перемены. Наряду с древними родами московского боярства трон теперь окружали служилые князья. Одни являлись потомками Рюрика, другие — Гедимина.
Вскоре две аристократические группы — служилые князья и нетитулованные бояре — слились, образовав единую правящую группу, в целом называемую боярство. Процесс урегулирования отношений между ними протекал не всегда гладко, поскольку некоторые представители древних боярских фамилий не желали уступать новичкам и продолжали требовать себе высших постов в армии и органах управления. В 1500 году, во время литовской кампании, боярин Юрий Захарьевич Кошкин отказался принять на себя командование сторожевым полком, когда князь Данила Щеня (потомок Гедимина) был назначен командующим главным полком. Кошкин заявил, что не пристало ему подчиняться Щене — «охранять князя Данилу», как он выразился. Иван III ответил, что Кошкин должен охранять не князя Данилу, а самого великого князя (другими словами, что каждый военачальник служит государству, а не непосредственному начальнику). Кошкин в этом случае подчинился приказу великого князя, но в целом Ивану III не удалось разрушить аристократические традиции в армии и правительстве. В конце концов была разработана сложная система чинов и соответствующая ей табель о старшинстве княжеских и боярских родов — местничество (буквально «порядок мест»), законность которой вынуждены были признавать и великий князь, и боярство.
Боярство совместно с великим князем правило Русью через государственный совет, известный в современной историографии как Боярская дума. Членов этого органа великий князь назначал из ведущих княжеских и боярских фамилий; в своем выборе он был связан традицией. Как мы знаем, в 1471 году при подготовке к походу против Новгорода великий князь советовался с боярам и с дворянством. Это собрание можно рассматривать как прототип Земского собора, введенного внуком Ивана III — Иваном IV Грозным. В правление Ивана III подобный эксперимент, насколько нам известно, не повторялся. Бояре были еще могущественны, а дворянство недостаточно сильно.
Не имея возможности ввести постоянный дворянский совет в противовес влиянию Боярской думы, Иван III использовал другие средства для контроля за боярской администрацией. Он все более и более полагался на дьяков, обычно назначаемых из людей незнатного происхождения. Некоторые из них, например Федор Курицын, были учеными людьми, многие получили по русским стандартам того времени хорошее образование. Великий князь мог назначить и сместить дьяка без консультаций с Боярской думой; успех дьяка по службе, таким образом, зависел от его собственных способностей и лояльности к великому князю. Большинство дьяков были людьми весьма одаренными, а некоторых со всей ответственностью можно назвать выдающимися государственными деятелями. Они служили в качестве секретарей как великого князя, так и Боярской думы. Думные дьяки при Иване III признавались полноправными членами думы. Им обычно поручалось управление великокняжеской казной и приказом иностранных дел, а также, как можно видеть из судебника 1497 года (статья 1), они участвовали в деятельности верховного суда.
Высшим правительственным органом Великороссии была Боярская дума. Она служила законодательным советом, руководила внутренними и внешними делами, занималась армией. Великий князь председательствовал на заседаниях думы, когда считал это необходимым, — обычно если предполагалось утверждение и обнародование важных решений. Рядовыми заседаниями руководил один из бояр, называемый первосоветником. Мы можем назвать его председателем и главой думы. Большую часть правления Ивана, до 1499 года, этот пост занимал князь Иван Юрьевич Патрикеев.
Мы бы ошиблись, если бы посчитали, что бояре думали только о своих классовых интересах. Московские бояре явились в свое время важнейшим фактором построения Великого княжества Московского, а теперь они, вместе со служилыми князьями, превращали его в великорусское государство. Бояре искренне поддерживали великого князя в его политике объединения. Они также оказались готовы сотрудничать с великим князем в деле увеличения дворянского ополчения и снабжения дворянства землей, пока не были затронуты их права на собственные земли.
Каким бы значительным ни казался земельный фонд, полученный от Новгорода, его не хватало для полной реализации поместного плана. Кроме того, весь новгородский земельный фонд находился в одном регионе — Северной Руси. Он мог служить базой для защиты Новгородской и Псковской областей от балтийских немцев и шведов. Однако другие потенциальные театры войны — литовский на западе и татарский на юге и юго-востоке — тоже требовали внимания. Необходимо было более пропорциональное распределение поместных землевладений по территории Великороссии, чтобы в случае необходимости обеспечить готовность дворянской армии защищать все ее рубежи. Следовательно, требовалось больше земель для дворянства в центральной части Великороссии, а также в ее западных и юго-восточных пограничных районах.
Успех секуляризации церковных и монастырских земель в Новгородской области вдохновил Ивана и его советников на рассмотрение возможности изъятия хотя бы части церковных земель на изначальной территории Великого княжества Московского.
Следует отметить, что в течение правления Ивана III церковь Московии, хотя и стала независимой от патриарха Константинопольского и превратилась в национальную Русскую церковь, не смогла четко определить свои взаимоотношения с растущим Русским государством. Великий князь Московский считался ее защитником. Более того, во многих случаях, а особенно при выборе митрополита, Иван III вел себя как глава церковной администрации. Митрополита избирал епископский собор, но только с одобрения великого князя. Однажды (в случае с митрополитом Симоном в 1494 году) Иван торжественно провел вновь посвященного прелата к митрополичьей кафедре в Успенском соборе, таким образом подчеркнув прерогативы великого князя.
Принимая во внимание большую роль Ивана III в руководстве Русской церковью, достижение по крайней мере частичной секуляризации церковных земель в Московии казалось вполне вероятным. Огромное значение имел тот факт, что право монастырей владеть землей и другими богатствами подвергалось по моральным и религиозным соображениям сомнению целой группой священников. Наиболее известными среди них были так называемые «заволжские старцы», представлявшие мистическое течение в русском православии. Они испытали влияние учений видного византийского богослова XIV века св. Григория Паламы и его последователей.
Проблему церковных земель широко обсуждали и миряне, и духовенство. Многие миряне, включая некоторых бояр, одобрительно относились к деятельности «заволжских старцев», направленной на духовное возрождение и очищение церкви. Сын Ивана Патрикеева — Василий, постриженный в монахи в 1499 году, стал известным старцем под именем Вассиан. Возможно, что весь род Патрикеевых сочувствовал этому течению.
Право монастырей владеть землей ставило под вопрос и другое религиозное движение, которое фактически отрицало весь институт православной церкви, — «ересь жидовствующих». Начало ему положил ученый иудей (возможно, караим) Захария, появившийся в Новгороде в 1470 году. В этой ереси существовало несколько ответвлений, варьирующихся от караизма до рационалистического отрицания церковных догматов и обрядов. Несколько высших чиновников в Москве, включая дьяка Федора Курицына, тайно «жидовствующих» поддерживали.
Маловероятно, что Иван III лично сочувствовал ереси по религиозным соображениям. Но он, несомненно, считал полезным для своей политики по меньшей мере один из ее принципов отрицание права церкви владеть землей. Как защитник православной церкви Иван III не имел возможности открыто поддерживать «жидовствующих» и, более того, согласно общепринятым понятиям своего времени, должен был подавить его жестокими мерами. В 1375 году новгородское правительство, не колеблясь, применило высшую меру наказания к трем лидерам более раннего еретического движения — так называемым стригольникам. Иван III же, напротив, пока было возможно, избегал применения крутых мер против еретиков.
Судя по всему, архиепископ Геннадий Новгородский узнал о существовании «жидовствующих» в конце 70-х годов XV века. Однако только в 1487 году, собрав больше информации, он взял под стражу по обвинению в богохульстве и отправил в Москву двух священников и двух дьяков, прося великого князя и митрополита наказать их. В Москве троих обвиняемых признали виновными в хулении святых икон и наказали кнутом, а одного оправдали. Но вопрос о ереси не поднимался. В 1488 году всех четверых отослали обратно в Новгород, причем Геннадий получил указание провести дальнейшее расследование. Дальше события приняли разнонаправленный характер. 26 сентября 1490 года в сан митрополита Московского был посвящен монах Зосима, подозреваемый в тайном сочувствии «жидовствующим». С другой стороны, под давлением архиепископа Геннадия и других консервативных священников, требовавших жестоких мер, в Москве был созван собор для обсуждения мер по прекращению дальнейшего распространения ереси.
Собор допросил нескольких новгородских священников и дьяков, обвиненных архиепископом Геннадием во время следствия. Сам Иван III не стал участвовать в заседаниях и представлять великокняжескую власть послал трех бояр (включая князя Патрикеева) и одного дьяка. Всех обвиняемых признали виновными, а священников лишили сана. Всех приговорили к телесным наказаниям и для исполнения приговора отправили обратно в Новгород. В самой Москве в это время никто из приверженцев ереси не был ни схвачен, ни допрошен.
Геннадий и его последователи не удовлетворились такими мерами и организовали травлю митрополита Зосимы, обвинив его не только в еретических взглядах, но и в пьянстве. В 1494 году Иван III позволил Зосиме тихо оставить пост, а затем, как уже говорилось, назначил его преемником Симона. Симон был убежденным православным, однако человеком робким, готовым подчиняться приказам Ивана III. Все понимали, что в основе своей терпимое отношение к ереси не изменится, пока у власти будет находиться Иван III.