В продолжение большей части правления Ивана III работа московского правительства шла гладко, без каких-либо резких противоречий внутри правящей группы. Но в 90-х годах XV века ситуация изменилась. Во-первых, народ смущали религиозные разногласия. Во-вторых, расправа в 1491 году с братом Ивана Андреем Большим и его смерть в тюрьме сделали его мучеником в глазах многочисленных сторонников прав удельных князей, особенно их бывших слуг. В-третьих, что касается внешней политики, то основная часть нации поддерживала Ивана III в его борьбе против татар, германцев и шведов, однако подобного единства не было в отношении конфликта с Литвой. Все это вместе создавало благоприятную психологическую почву для роста оппозиции. Но оппозиция не объединилась бы и не составила серьезной угрозы Ивану III и его правительству, если бы само это правительство в тот момент не было поражено дворцовыми интригами.
Как мы знаем, в 1470 году Иван III объявил своим соправителем Ивана Молодого, дав ему титул великого князя. Через двадцать лет Иван Молодой умер, и его смерть снова открыла вопрос о наследнике трона. Двор разделился на две группы: одна поддерживала кандидатуру сына Ивана Молодого (внука Ивана III) — Дмитрия, а другая — старшего сына Ивана III от Софьи Палеолог — Василия (родился в 1479 году). За всем этим стояла личная борьба двух женщин: Софьи — матери Василия и Елены — матери Дмитрия.
Несколько лет Иван III не мог решить, кого из двух мальчиков назначить преемником. Главные советники Ивана III — князь Патрикеев и дьяк Федор Курицын склонялись к кандидатуре Дмитрия. С другой стороны, Софья, разумеется, интриговала в пользу своего сына. Некоторые противники Ивана III тоже предпочитали Василия. Среди них были приближенные удельных князей, а также некоторые священники, болезненно воспринимавшие терпимое отношение Ивана III к «жидовствующим». Было известно, что соперница Софьи, княгиня Елена Молдавская, разделяет взгляды этого течения. При подобных обстоятельствах можно было ожидать, что Софья и Василий постараются войти в контакт с политическими и религиозными противниками Ивана.
Связи Софьи с удельными московскими князьями установились задолго до конфликта девяностых годов XV века. В 1480 году ее племянница Мария (дочь брата Софьи Андрея Палеолога) вышла замуж за Василия Михайловича — сына князя Михаила Андреевича Верейского. Этот брак дал неожиданные последствия четыре года спустя, послужив причиной ссоры между Софьей и Иваном III. После свадьбы Иван разрешил Софье носить один из драгоценных камней своей первой жены. Когда в 1483 году родился Дмитрий (сын Ивана Молодого и Елены Молдавской), Иван III попросил Софью вернуть драгоценность, чтобы подарить ее Елене. Софья сочла эту просьбу оскорблением и отказалась возвратить камень. Она объяснила, что у нее самой осталось мало драгоценностей, потому что ей пришлось многое отдать своему брату Андрею (который, напомним, всегда нуждался в деньгах), а остальное племяннице Марии в качестве приданого. Иван III пришел в ярость и послал своих людей в Верею, дабы конфисковать приданое Марии, что и было сделано. А Василий и Мария бежали в Литву под защиту Казимира.
Этот случай возбудил в Софье ненависть к Елене и мальчику Дмитрию. Пока был жив отец Дмитрия, сам мальчик не представлял непосредственной угрозы для Софьи. Однако после смерти Ивана Молодого Дмитрий превратился в серьезное препятствие на пути Софьи и ее сына Василия к трону.
Это препятствие можно было устранить только отчаянными мерами. В 1497 году был раскрыт заговор с целью убийства Дмитрия. По всей вероятности, он зародился после ареста Андрея Большого в 1491 году или после его смерти в заточении в 1493 году. Заговорщики решили действовать, когда в 1497 году узнали, что Иван III наконец принял решение объявить Дмитрия своим соправителем и преемником.
Свидетельства о заговоре в летописях скудны и противоречивы. По понятным причинам составители летописных сводов, созданных во времена правления Василия III и его сына Ивана, по-видимому, получили указание удалить информацию об участии в нем Софьи и Василия. Однако в некоторых манускриптах сохранились фрагменты подлинных записей.
Согласно рассказу в одном подобном фрагменте, Иван III, получив информацию о заговоре и о роли в нем Василия, пришел в бешенство и заключил Василия под домашний арест. Сторонников Василия схватили. Следствие обнаружило следующие факты. Несколько ранее (вероятно, в сентябре или октябре) дьяк Федор Стромилов сообщил Василию, что Иван III решил пожаловать Дмитрию титул великого князя Владимирского и Московского. Тогда по совету боярского сына Афанасия Еропкина Василий собрал совещание своих приверженцев, в основном бывшими боярскими детьми; среди них был и Владимир Гусев (которого до последнего времени ошибочно считали составителем судебника). Они, и некоторые другие, присягнули Василию. Было решено, что Василий со своими людьми отправится в Северную Русь и захватит там великокняжескую казну, хранящуюся в Вологде и Белоозере, а оставшиеся в Москве в это время убьют Дмитрия.
Кроме того, Иван получил донос, что Софья встречалась с «ведьмами», которые снабдили ее ядом. Предполагается, что Софья — по ее роли в заговоре — намеревалась тайно отравить Дмитрия, а возможно, и самого Ивана III. Иван приказал «ведьм» схватить и утопить ночью в Москве-реке. Затем он наложил опалу на Софью и, как говорит летописец, с этого времени принимал особые меры предосторожности.
Что касается руководителей заговора, то решить их судьбу Иван поручил митрополиту Симону и епископскому собору. Всех участников заговора признали виновными. Дьяка Федора Стромилова, Афанасия Еропкина, Владимира Гусева и еще трех заговорщиков приговорили к смертной казни и обезглавили 27 декабря. Это был первый случай применения статьи 9 судебника. Многих сторонников Василия заключили в темницу.
Как убедительно показал Л. В. Черепнин, все лидеры заговора и их семьи были связаны в то или иное время с дворами удельных князей, таких, как Андрей Большой Углицкий, Борис Волоцкий и Михаил Верейский и Белоозерский. Следует также отметить, что предки Гусева и Стромилова поддерживали Дмитрия Шемяку и Ивана Можайского против отца Ивана III. Таким образом, заговор 1497 года представляется следствием возрождения федеративной идеи.
Нет оснований думать, что сын Ивана III Василий поддерживал права удельных князей. Позже, став правителем Московии, он продолжил политику отца. Очевидно, причиной его союза с группой Гусева стала рискованная затея отчаявшегося человека. Заговор казался ему единственным способом получить власть. Он проиграл, но последующие события показали, что не окончательно.
Как только заговор был раскрыт, была совершена коронация Дмитрия. Заранее был разработан сложный ритуал. Церемонию провели в Успенском соборе Кремля 4 февраля 1498 года. Митрополит Симон и епископы совершили богослужение. В центре церкви стояли три трона: для Ивана III, Дмитрия и митрополита. Иван III и митрополит восседали на своих местах, Дмитрий стоял перед своим троном. Иван III, обращаясь к митрополиту, объявил, что согласно древнему обычаю каждый из его предков передавал великое княжение своему первому сыну. Но поскольку первый его сын умер, он благословляет Дмитрия (как первенца своего первого сына) Великим княжеством Владимирским, Московским и Новгородским. Митрополит затем наложил руку на голову Дмитрия и прочел молитву помазания, после чего благословил регалии — бармы и венец (так называемую «шапку Мономаха».). Иван III возложил регалии на плечи и голову Дмитрия, Дмитрий сел на трон, и прозвучал молебен. Затем в краткой речи Иван III дал внуку напутствие быть покорным Богу, любить справедливость и хорошо заботиться о православном народе.
С торжественной коронацией Дмитрия политический кризис, казалось, был преодолен, стабильное положение правительства восстановлено и, более того, благословлено митрополитом и епископским собором. Однако на самом деле рана не затянулась. Раскрытие заговора и особенно участие в нем Софьи и Василия болезненно отразились на физическом и душевном состоянии Ивана III. Если мы решим поверить рассказу Герберштейна о пьянстве Ивана III, то, скорее всего, он пристрастился к вину именно в это время. Герберштейн говорит: «За обедом он обычно пил так много, что засыпал. Все приглашенные сидели тогда в безмолвии, сильно напуганные». Герберштейн во время своих посещений Москвы собрал много ценной информации, но в то же время повторял и просто слухи: некоторые из его рассказов, безусловно, вымысел. Конкретно эта история кажется психологически правдивой, но только в том случае, если мы предположим, что она относится к последним годам жизни Ивана III, ибо нет свидетельств о чрезмерном пьянстве Ивана III в первой половине его правления. Итальянец Амброджио Контарини, трижды побывавший на обедах Ивана III в 1476–1477 годах, говорит об одном из них, что обед «был, конечно, подан в великолепном стиле». Контарини понравились все блюда. Что же касается напитков, то Контарини сообщает, что после того, как он отобедал у Ивана III в третий раз (незадолго до своего отъезда), ему преподнесли «огромный серебряный сосуд полный их напитка, приготовленного из меда». Он смог отпить только четверть. Но Иван настаивал, чтобы он допил до дна, и, пишет Контарини, «приказал освободить сосуд и вернуть его мне».
Хотя Софья и Василий были в опале и, по-видимому, находились под строгим надзором, их невозможно было изолировать полностью. Следующий по старшинству брат Василия — Юрий (родился в 1480 году) опалы избежал (как и младшие дети Софьи). Юрий даже принимал участие в церемонии коронации Дмитрия. Сестра Василия Елена являлась великой княгиней Литовской, и любое открытое насилие над ее матерью могло привести к дипломатическому инциденту. До раскрытия заговора 1497 года Иван и Софья вели с Еленой регулярную переписку. После опалы Софья перестала писать дочери. Иван III, однако, продолжал писать Елене и передавать наилучшие пожелания ей и ее супругу, великому князю Александру. 29 марта 1498 года послу Ивана в Литве, князю Василию Ромодановскому, были даны указания передать приветствия Александру в следующем порядке: от самого Ивана III, от Дмитрия, от Софьи и от Елены Молдавской. Приветствия Елене Литовской должны были быть переданы в том же порядке.
После того как первый шок от опалы прошел, Софья и Василий, судя по всему, попытались возвратить расположение Ивана III, действуя через своих друзей среди придворных и духовенства. Для этого было необходимо возбудить его подозрения в отношении бояр, проводивших расследование заговора 1497 года и посадивших на трон Дмитрия, и прежде всего в отношении князя Ивана Патрикеева. Наиболее убедительным было представить Василия жертвой клеветы. Именно такой линии следуют летописные своды XVI века. В Никоновской летописи мы читаем, что Иван III наложил опалу на Василия и Софью под воздействием «дьявольских чар и советов дурных людей». Можно быть уверенным, что князя Ивана Патрикеева сочли одним из таких людей.
Византийцы являлись непревзойденными мастерами дворцовых интриг, и, судя по всему, это искусство было у Софьи в крови. Можно предположить, что сначала она не пыталась сама доказывать что-либо Ивану III, а подослала какое-то третье лицо, скорее всего не участвовавшее в конфликте, дабы этот человек постепенно подрывал доверие Ивана III к князю Патрикееву. Так случилось, что именно в это время между Иваном III и Патрикеевым возникли разногласия по поводу внешней политики. Как мы знаем, после подчинения Казанского ханства в 1487 году, Иван III поставил своей следующей целью присоединение западнорусских земель. Это предполагало конфликт с Великим княжеством Литовским. Напротив, князь Иван Патрикеев и некоторые другие знатные бояре, такие, как князь Семен Иванович Ряполовский и князь Василий Васильевич Ромодановский, выступали за сближение с Великим княжеством Литовским.
По-видимому, Патрикеев и Ряполовский, которые часто вели переговоры с Литвой, не всегда точно следовали наставлениям Ивана III и придерживались собственной линии. Когда Иван III обнаружил это, он счел их поведение «предательством» (выражение использовано в Устюжской летописи). Развязка наступила, когда в январе 1499 года Иван III приказал взять под стражу Патрикеева, его сына Василия и Семена Ряполовского. 5 февраля Ряполовского казнили, а обоих Патрикеевых постригли в монахи. В апреле был схвачен князь Василий Ромодановский.
Все приказы по этому делу Иван III отдавал лично, без всякого согласования с Боярской думой (главой которой был Патрикеев). Таким образом, в отличие от казней 1497 года убийство князя Ряполовского являлось властным актом, противоречившим духу судебника. Вскоре назначили нового главу думы — князя Василия Даниловича Холмского из тверской ветви Рюриковичей. Год спустя, 13 февраля 1500 года, Иван III отдал Холмскому в жены свою дочь Феодосию (родилась в 1485 году). Следует отметить, что отец Василия Холмского — князь Данила Дмитриевич Холмский — прославил себя как полководец в войнах с казанскими татарами и ливонцами, но, несмотря на это, в 1474 году попал в опалу. Иван III вернул князю Даниле свое расположение только после того, как тот подписал специальное обязательство никогда не покидать московской службы. Князь Данила скончался в 1493 году. Его сын Василий (новый глава думы) тоже был выдающимся военачальником.
Вскоре после ареста Ряполовского и Патрикеевых Иван III вернул ко двору Софью и Василия, а 21 марта Василия объявили великим князем Новгородским и Псковским. Некоторое время спустя Софья снова начала писать Елене Литовской. Однако дух ее писем сильно изменился. Раньше это были интимные письма матери к дочери; теперь послания Софьи имели религиозный и политический тон. Она призывает Елену твердо держаться православной веры: «Не принимай римской веры, даже если они будут запугивать тебя болью и смертью, иначе погибнет душа твоя» (30 мая 1499 года). Очевидно, что в этих письмах Софья следовала официальной линии.
При коронации в 1498 году Дмитрий получил титул «великий князь Всея Руси». Но прошел год, и Иван III объявляет Василия великим князем Новгородским (и Псковским), таким образом нарушая единство «Всея Руси» и лишая Дмитрия одного из Великих княжеств. По всей видимости, этот поступок Ивана III одобрила Боярская дума во главе с новым председателем. В любом случае свидетельств о противодействиях нет. С другой стороны, яростный протест против нового титула Василия пришел от тех, кого он непосредственно касался. Новгород теперь являлся провинцией Московии и политического голоса не имел. Однако Псков еще оставался свободным городом, хотя и под сюзеренитетом Ивана III. Иван отправил в Псков посла со следующим извещением: «Я, великий князь Иван, благоволю моему сыну Василию и жалую ему Новгород и Псков». Псковское вече отказалось признать Василия и послало в Москву делегацию из трех руководителей города и трех бояр с просьбой к великим князьям Ивану и Дмитрию не нарушать древней традиции, по которой сюзереном Пскова является великий князь Московский (и Иван III и Дмитрий были великими князьями Московскими, а Василий нет).
Когда псковская делегация вручила Ивану III петицию, он рассердился и ответствовал: «Не свободен ли я заботиться о своем внуке и моих сыновьях? Я дарую княжескую власть, кому желаю; и я желаю даровать Новгород и Псков Василию». Он взял под стражу двух членов псковской делегации, хотя другим позволил вернуться в Псков. Псковичи тогда послали другую делегацию с новой петицией, адресованной «Ивану, Великому князю Новгородскому и Псковскому». Иван III повелел делегации возвращаться обратно и пообещал прислать в Псков специального посла со своим ответом. Этот посол, боярин Иван Хоботов, прибыл в Псков и объявил на вече, что великий князь будет соблюдать древнюю традицию относительно Пскова. Текст послания, привезенного Хоботовым, в Псковской летописи не приводится. По всей вероятности, Иван объяснил псковичам, что он остается их сюзереном, а титул Василия только номинальный. Следующая псковская делегация в Москву просила великих князей Ивана и Василия освободить из тюрьмы двух членов первой делегации, которые все еще удерживались в Москве. Это было сделано немедленно, и конфликт между Псковом и Москвой, таким образом, разрешился. Василия, однако, глубоко оскорбило столь откровенное нежелание псковичей признать его своим великим князем; чувства Василия повлияли на его политику в отношении Пскова, когда он стал единственным правителем Великой Руси.