Результаты войны 1471 года оказались ужасны для Новгорода. Многие его провинции были опустошены. Новгородцы признали зависимость от Москвы. При этом Новгород оставался полуавтономным государством, и, если бы новгородцы объединились вокруг защиты своих древних институтов, они могли бы попытаться противостоять дальнейшему давлению Москвы. Но разногласия внутри новгородского общества были слишком велики.
Бояре по-прежнему искали пути избавления от московской зависимости, но их престиж значительно упал после ужасного провала в 1470–1471 годах. Тогда житьи люди поддерживали бояр, и лишь молодшие люди противились соглашению с Литвой. Теперь же в Новгороде за союз с Москвой выступало большинство житьих людей, и даже некоторые бояре готовы были начать ориентироваться на Москву.
Боярская партия более не решалась открыто демонстрировать свою враждебность Москве на собраниях веча, но делала все, чтобы получить контроль над «уличанскими» коммунами. Там, где увещевание или взятка не срабатывали, бояре применяли силу. Осенью 1475 года посадник Василий Ананьин в сопровождении восемнадцати других бояр и их слуг организовал нападение на жителей улиц Славковой и Никитиной. Многих избили, некоторых убили и разграбили все, что смогли; ущерб составил очень серьезную по тем временам сумму — 1000 рублей. Приблизительно в это же время староста Федоровской «уличанской» коммуны Памфил при участии двух бояр, близких к посаднику Ананьину, напал на дом непокорных бояр братьев Полинарьиных и разграбил его. Ущерб насчитали в 500 рублей. Мотив в каждом случае очевиден — запугивание противников боярской партии. Однако на примере бояр Полинарьиных мы видим, что некоторые из бояр отказались следовать за своими предводителями. С другой стороны, можно заключить, что староста коммуны Федоровской улицы был на стороне бояр. Эта коммуна, судя по всему, управлялась боярской партией, как, возможно, и некоторые другие. Бояре, конечно, играли в опасную игру, поскольку их противники теперь могли в поисках справедливости обратиться к Ивану III; так в конце концов и случилось: житьи и молодшие люди послали жалобщиков в Москву.
22 октября 1475 года Иван III отправился из Москвы в Новгород с большой свитой. В Вышнем Волочке его приветствовал с дарами посланец архиепископа Феофила. Здесь же великий князь принял жалобы от новгородских граждан, оскорбленных боярами. На дальнейшем пути ему передавали все новые жалобы на бояр. Разумеется, существовало множество разных обид, нанесенных боярами, кроме двух, зафиксированных летописями и описанных выше.
За сорок верст до Новгорода Ивана III встретили архиепископ Феофил, служилый князь Василий Гребенка Шуйский, посадник Ананьин и многие другие знатные люди. 21 ноября они вместе достигли Новгорода, и, в соответствии с древними договорами, Иван III остановился на Городище. 23 ноября он посетил город, присутствовал на службе в соборе Святой Софии, затем отобедал у архиепископа и получил щедрые дары.
26 ноября на Городище было устроено заседание верховного суда для рассмотрения двух упомянутых выше случаев боярского насилия. Как потерпевшие, так и обвиняемые получили возможность высказаться, и суд признал справедливость иска потерпевших. Предводители боярской партии, включая Ананьина, были арестованы, и несколько человек были выпущены под залог. Все это никак не посягало на новгородское представление о «старине». Однако после заседания суда Иван III приказал взять под стражу двух бояр, Олферия Офонасова и его сына, не бывших среди обвиняемых, за связь с Казимиром, и это уже не имело со «стариной» ничего общего. Однако великий князь считал, что договоры 1456 и 1471 годов дают ему полную власть действовать таким образом, поскольку налицо факт предательства. Только теперь новгородцы осознали полное значение ряда пунктов тех судьбоносных договоров.
Три дня спустя архиепископ Феофил и городские главы попросили Ивана простить арестованных бояр и освободить их. Иван III не только отказался удовлетворить их просьбу, но и приказал перевезти посадника Ананьина и трех его сообщников в Москву. Это было, конечно же, нарушение «старины», но новгородцы не посмели противиться этому. Через несколько дней Иван III согласился простить наименее провинившихся — тех, что были выпущены под залог. Однако они должны были возместить убытки пострадавшим и выплатить Ивану III судебные штрафы. Вместо Ананьина был избран новый посадник. После этого новгородские бояре устроили в честь Ивана III несколько щедрых пиров, на каждом из которых ему преподносили богатые дары, и 26 января 1476 года он покинул Новгород.
Пребывание великого князя Московского в Новгороде значительно увеличило его популярность среди средних и низших классов, и даже многие бояре, кажется, были под благоприятным впечатлением от его действий. Новгородцы, представившие жалобы после отъезда Ивана, просили его вновь прибыть в Новгород, но ясно было, что это вряд ли может произойти в скором будущем; поэтому в феврале 1477 года новгородский глава Захар Овин и некоторые недовольные новгородцы сами явились за справедливостью в Москву. Поступив таким образом, они посягнули на одну из наиболее важных основ «старины». «Того не бывало от начала, как и земля их стала», — отмечал летописец. Вскоре после этого еще несколько бояр, житьих людей и мелких землевладельцев преступили древнее установление и тоже приехали в Москву.
В марте произошел эпизод, который до сих пор остается до некоторой степени покрытым тайной. Два мелких новгородских служилых лица, Назар Подвойский и некто по имени Захария (не следует путать его с посадником Захаром Овином), который называл себя вечевым дьяком (хотя очевидно, что он был лишь мелким чиновником), прибыли в Москву и подали Ивану петицию, в которой обращались к нему как к новгородскому господарю (государю) вместо традиционной формы «господин». В Никоновской летописи говорится, что Назар и Захария были официально посланы в Москву «архиепископом Феофилом и всем Великим Новгородом», но этого нельзя принять, учитывая низкое положение как Назара, так и Захарии в новгородской администрации. Конечно, для миссии такого порядка должны были быть выбраны более значимые люди. Скорее всего, поездка Назара и Захарии была подготовлена каким-либо московским агентом в Новгороде, возможно, по заданию Москвы.
Как и следовало ожидать, в Москве миссия Назара и Захарии была воспринята как официальная. 24 апреля Иван III послал в Новгород посольство, состоявшее из двух московских бояр и дьяка Василия Долматова. Они появились на вече и, ссылаясь на новгородское принятие Ивана III как господаря, объявили его новые условия: великий князь желает иметь полную судебную власть в Новгороде и новгородские официальные лица не должны вмешиваться в осуществление его судебных решений; представительство великого князя в Новгороде должно быть на Ярославовом дворище, а не на Городище. Новгородцев это ошеломило. Архиепископ Феофил «и весь Великий Новгород» немедленно заявили, что Назар и Захария не имели поручения предлагать Ивану суверенное господство над Новгородом, и открыто назвали версию московских послов о миссии Назара и Захария ложью.
Весь город был в смятении. Друзья Москвы были обвинены в предательстве Новгорода. Боярин Василий Никифоров, пошедший на службу к Ивану III, был вызван на собрание веча, приговорен к смерти и немедленно убит. Городской голова Захар Овин был убит во дворе архиепископа. Многие новгородцы выступали за то, чтобы просить защиты у Казимира. Предложение Пскова о посредничестве было отвергнуто. Посланцы Ивана III, однако, после шестинедельной задержки получили разрешение вернуться в Москву с официальным ответом Ивану III: Новгород признает его как господина, но не как господаря.
Оскорбленный Иван тут же объявил Новгороду войну, и 9 октября выступил в поход, в котором к нему присоединились татарская кавалерия и тверское войско. Когда Иван достиг Торжка, его встретили два новгородских боярина, братья Клементьевы, которые попросились к нему на службу, что является прямым указанием на отсутствие единства и растерянность новгородцев.
Иван достиг окраин Новгорода 27 ноября. Укрепив город, новгородцы отказались сдаться сразу. Со своей обычной осторожностью Иван не пошел на штурм, а плотно окружил Новгород, надеясь, что отсутствие продовольствия сломит дух его защитников. Несколько раз новгородцы посылали к нему парламентеров, каждый раз предлагая все больше уступок. Иван отвергал все предложения и настаивал на признании абсолютной своей власти. Он требовал роспуска веча и ликвидации вечевого колокола, уничтожения поста посадника. 29 декабря изнемогающий в осаде город принял условия Ивана, и 13 января 1478 года новгородские знатные люди дали ему клятву верности.
Для управления Новгородом Иван назначил двух наместников. Это были князья из рода Оболенских Иван Васильевич Стрига, известный полководец, и его брат Ярослав, — которые немедленно разместились на Ярославовом дворище. Новгород лишился своих юго-восточных владений и всех сельских районов Торжокской (Новоторжской) волости; архиепископ также передал великому князю десять сельских районов, принадлежавших епархии. Население сельских районов, оставшихся в юрисдикции Новгорода, отныне должно было платить великому князю налог. Иван, правда, согласился, что новгородцы будут собирать деньги сами и передавать ему оговоренную часть.
Перед тем как покинуть Новгород Иван III приказал взять под стражу и отправить в Москву несколько новгородских бояр, конфисковав всю их собственность. Среди них были Марфа Борецкая и один из ее внуков. 17 февраля Иван покинул город и прибыл 5 марта в Москву. Новгородский вечевой колокол привезли в Москву и повесили на одной из колоколен.
Согласно Длугошу, Иван III привез из Новгорода множество трофеев: серебро, золото, драгоценные камни, шелковые ткани, одежду и меха. Часть этих богатств составила архиепископская казна, часть — конфискованная собственность тех, кого сочли предателями. Для их перевозки в Москву понадобилось триста телег. Следует отметить, что почти вся добыча пошла в великокняжескую казну, а не лично Ивану III. Архиепископская казна была привезена лишь для сохранения и возвращена в Новгород в 1524 году.