Самым важным вопросом внутренней жизни при Зеноне был вопрос церковный; религиозное разномыслие поддерживало смуту в государстве. В Египте, Сирии, частью в Палестине и Малой Азии население твердо держалось монофизитства. Строгая религиозная политика двух предшественников Зенона тяжело отражалась на восточных провинциях. Желая найти примирительный выход из создавшегося положения, константинопольский патриарх Акакий предложил Зенону вступить на путь примирения при помощи взаимных уступок. Согласившийся с патриархом император издал в 482 году Акт единения, или Энотикон, адресованный к церквам, подведомственным александрийскому патриарху. Главной задачей этого акта было не задеть ни православных, ни монофизитов в учении о соединении в Иисусе Христе двух природ — Божественной и человеческой. Энотикон, признавая незыблемыми основания веры, выработанные на Первом и Втором Вселенских соборах и подтвержденные на Третьем, называл Иисуса Христа «единосущным Отцу по Божеству и единосущным нам по человечеству»; но вместе с тем он избегал выражений «одна природа» и «две природы». О Халкидонском соборе в Энотиконе упоминается лишь один раз в таких выражениях: «Всякого, кто думал или думает иначе, будет ли то теперь или в другое время, в Халкидоне или на каком другом соборе, того мы предаем анафеме».

Однако Энотикон, после первого видимого успеха в Александрии, не удовлетворил ни православных, ни монофизитов: первые не могли примириться со сделанными монофизитам уступками; вторые, ввиду неопределенности выражений Энотикона, считали уступки недостаточными. Энотикон Зенона лишь внес новые осложнения в церковную жизнь Византии, увеличив число партий. Часть духовенства стояла за идею примирения и поддерживала единение. Но было немало людей непримиримых, не шедших ни на какие уступки; такие строго православные назывались акимитами, то есть неусыпающими (так как в их монастыре служба совершалась непрерывно в течение целых суток, для чего они были разделены на три смены); строгие монофизиты назывались акефалитами, то есть безглавыми, так как они не признавали принявшего Энотикон александрийского патриарха. Восстал против Энотикона и римский папа, который, разобрав жалобы восточного духовенства, не согласного с указом, и, ознакомившись с самим Актом единения, отлучил на соборе в Риме от Церкви и предал анафеме константинопольского патриарха Акакия. Последний вычеркнул имя папы из церковных диптихов, то есть перестал поминать. Таким образом, произошел первый разрыв между Восточной и Западной церковью. Существовавшее уже политическое отчуждение между восточной и западной частями империи, особенно в связи с основанием в V веке на западе варварских германских государств, еще более обострилось благодаря отчуждению церковному. Раскол продолжался до 518 года, когда на константинопольский престол вступил Юстин I.