Маркиан унаследовал от своего предшественника Феодосия весьма сложное состояние дел в церкви. Стоя на точке зрения первых двух Вселенских соборов, он не мог примириться торжеством монофизитов и созвал в 451 году в Халкидоне Четвертый Вселенский собор, весьма многочисленный, имевший первостепенное значение для всей последующей истории.

Осудив деяния Эфесского «разбойничьего» собора и лишив Диоскора епископского сана, собор выработал формулу, совершенно отвергавшую монофизитство и вполне согласную с воззрением римского папы. Собор признал «Христа, Сына Господа единородного, в двух естествах неслитно, неизменно, нераздельно, неразлучно познаваемого». Определение веры Халкидонского собора, торжественно подтвердившее определения первых двух Вселенских соборов, сделалось одним из главнейших устоев вероучения православной церкви.

Постановления Халкидонского собора имели для истории Византии также крупное политическое значение. Византийское правительство и константинопольская церковь, выступив в середине V века решительно против монофизитства, оттолкнули от себя восточные провинции — Египет и Сирию, где население было по преимуществу монофизитским. Египетские и сирийские монофизиты остались и после собора 451 года верны своим религиозным взглядам и ни на какие уступки не соглашались. Египетская церковь отказалась от употребления греческого в качестве языка богослужения и ввела в использование египетский (коптский). Религиозные смуты, происшедшие вскоре после этого в Иерусалиме, Александрии и Антиохии на почве насильственного введения соборных решений, были подавлены с большим кровопролитием, но это ничего не изменило. Египетское и сирийское туземное население постепенно приходило к мысли о желательности отпадения от Византии. Это создало к VII веку условия, которые облегчили переход этих областей сначала в руки персов, а потом арабов.

Имеет также немалое значение 28-й канон Халкидонского собора, вызвавший переписку между императором и папой, не признанный последним, но принятый на Востоке. Этот канон предоставил «равные преимущества святейшему престолу нового Рима, справедливо рассудив, чтобы город, почтенный царским правительством и синклитом и имеющий равные преимущества с древним царственным Римом, был возвеличен, подобно ему, и в церковных делах, будучи вторым по нем»[22]. Далее, в том же 28-м каноне, константинопольскому патриарху предоставлялось право посвящать епископов в областях Понта, Азии и Фракии, заселенных иноплеменниками. «Достаточно припомнить, — говорит Ф. И. Успенский, — что сюда могли относиться все христианские миссии на Востоке, в Южной России и на Балканском полуострове, и все те приобретения восточного духовенства, которые с течением времени могли быть сделаны в указанных областях... Вот в кратких словах всемирно-историческое значение 28-го канона».