Великое посольство было прервано новым стрелецким бунтом: стрельцы хотели посадить на трон Софью Алексеевну. Подавили бунт очень быстро. Начались расследования и казни, в которых проявились все худшие качества натуры Петра: он собственноручно рубил головы ненавистным стрельцам, мстя за пережитый в детстве ужас. Единовременно было казнено около 800 человек, а впоследствии еще несколько тысяч. Царевна Софья, до этого просто находившаяся в монастыре, теперь вынуждена была принять постриг.

В 1686 году Петр учредил Преображенский приказ – орган политического сыска, который возглавлял жестокий, но верный Петру князь-кесарь Фёдор Ромодановский. Вторым подобным органом стала Тайная канцелярия. В первые годы она существовала параллельно с Преображенским приказом. После смерти Петра она была упразднена, спустя несколько лет – восстановлена под названием Канцелярия тайных и розыскных дел.