Возмужавший Петр объявил, что Софья собирается лишить его власти и хочет сама венчаться на царство. Противостояние брата и сестры продолжалось в течение месяца. Они по очереди издавали «грамоты», призывая войска к себе, те колебались, не зная, чью сторону взять. В итоге большая часть войск все же повиновалось царю Петру: ведь он был мужчиной.

Софье пришлось признать поражение. Вскоре она была заключена в Новодевичий монастырь под строгий присмотр. Старший брат царя, Иоанн, встретил Петра в Успенском соборе и официально передал ему всю власть. С тех пор он жил тихой семейной жизнью и умер в возрасте тридцати лет. К этому возрасту он почти ослеп и был частично парализован. Сыновей он не оставил, зато оставил трех дочерей – Екатерину, Анну и Прасковью, которые были совершенно здоровы.