Ивану постоянно чудились измены и заговоры, причем со стороны уже не отдельных лиц, а целых городов. В декабре 1569 года он с опричниками предпринял поход на север. Он шел как на войну, осудив на кару все попадавшиеся ему на пути города: Клин, Тверь, Торжок, Вышний Волочек, Валдай, Яжелбицы. Эти «победы» давались легко: города не оказывали никакого сопротивления собственному государю. Новгородского архиепископа Леонида царь приказал зашить в медвежью шкуру и затравить собаками. Его преемник тоже был обвинен в измене. Все их многочисленное добро – лошади, деньги, сокровища – было взято в царскую казну.

Жертвой Ивана Грозного стал и митрополит Филипп Колычев. Он открыто обвинил царя-убийцу. Иван не мог терпеть такое. Он устроил инсценировку суда над Филиппом, обвинив того в колдовстве. С митрополита сорвали облачение, одели его в рваную монашескую рясу, вывели из церкви, заметая за ним след метлами, посадили на дровни и повезли в ссылку. Народ бежал за ним следом и плакал, митрополит осенял его на все стороны крестным знамением. Спустя несколько лет Малюта Скуратов собственноручно задушил его. Впоследствии Филипп был канонизирован.