Фактическим руководителем политической полиции был Степан Иванович Шешковский. Его называли самым опасным человеком из окружения Екатерины. Сын полицмейстера, он почти не получил образования, но с юности находился «при делах в тайной канцелярии». Постепенно Екатерина поручала ему все более крупные сыски, даже такие важные, как дело Пугачева. Она считала, что Шешковский «особливый дар имеет с простыми людьми и всегда весьма удачно разбирал и до точности доводил трудные разбирательства». Он создал целую систему допроса с пристрастием, о которой шли леденящие душу сплетни. Говорили, что даже великосветские дамы за свои длинные языки пробовали кнут из рук Шешковского. Сплетничали, что он лично сечет подозреваемых в комнате, уставленной иконами, а во время стонов и раздирающих душу криков читает акафист.