В 1938 году, когда преследования евреев в нацистской Германии усилились, родители Говарда Гарднера покинули родную страну и с маленьким сыном Эриком отправились в США. Сам Говард еще не родился. Они прибыли в Америку 9 ноября, в день, когда в Германии произошло одно из самых ужасающих событий, вошедшее в историю под названием Хрустальная ночь, или Ночь разбитых витрин. В ту ночь нацисты устроили массовые погромы еврейских домов и магазинов. На улицах были тысячи осколков стекла, погиб 91 человек, сотни были тяжело ранены, тысячи подверглись унижениям и насилию. Многие родственники семьи Гарднеров стали жертвами Холокоста. Осев в скромном шахтерском городке Скрантоне, семья часто принимала у себя родственников, которым удалось спастись из лагерей и бежать в Америку.

После смерти семилетнего Эрика на глазах родителей атмосфера в доме была тягостной. В то время мать уже была беременна Говардом. Позже она призналась: «Если бы я не носила тебя под сердцем, возможно, случилось бы самое страшное». Боль от потери первенца была безмерна. В доме запрещалось говорить об Эрике. Даже на вопрос о мальчике на фотографиях родители отвечали: «Это соседский ребенок». Только спустя много лет он понял, что это был его погибший брат.

Говард родился с сильным косоглазием. Кроме того, он был дальтоником и страдал от тяжелой близорукости. Хотя очки немного помогали, лица он все равно не различал, что сделало его очень замкнутым ребенком. Единственным утешением с ранних лет для него стало пианино. В юности он мечтал стать музыкантом, но, поступив в Гарвард в 1961 году, увлекся гуманитарными науками: историей, литературой, искусством. И однажды – психологией.

Под влиянием таких известных ученых, как Эрик Эриксон и Джером Брунер, а также познакомившись с Нельсоном Гудманом, он начал участвовать в «Проекте Zero» – исследовании, посвященном креативности и эстетике. После получения докторской степени он более 20 лет занимался нейропсихологическими исследованиями афазии под руководством невролога Нормана Гешвинда. Постепенно его интерес сместился с фундаментальной науки на практическую область – реформу образования и социальную политику. Особое внимание Гарднер уделял внедрению данных нейронауки в педагогическую практику. Его поразила идея, что мозг – это не единая функция, а совокупность независимых систем. Например, существуют пациенты, которые могут писать, но не могут прочитать написанное. Это объясняется тем, что у них повреждена зрительная кора левого полушария, и, хотя зрительная информация может поступать через правое полушарие, она не передается в зоны обработки речи (например, в область Брока или Вернике). При этом двигательные связи, отвечающие за письмо, остаются нетронутыми. То, что такие функции, как письмо и чтение, не зависят от одного участка мозга, а представляют собой результат взаимодействия разных его областей, произвело на Гарднера сильнейшее впечатление. Это подтолкнуло его к более глубоким исследованиям на стыке нейронауки, психологии и педагогики, которыми он занимался на протяжении десятилетий.