Как по своему происхождению, так и по темпераменту Сергей Шойгу заметно выделялся в ближайшем окружении Путина. Сам Путин и большинство его старых друзей происходили из скромных семей и были обязаны своей социальной мобильностью и карьерным ростом исключительно службе в КГБ. Шойгу же родился в семье провинциальной партийной элиты Республики Тыва на границе с Монголией. Его отец, тувинец по национальности, был редактором газеты, поднявшимся до секретаря обкома партии, а мать, русская, была депутатом Тувинского областного Совета народных депутатов.

Благодаря партийным связям отца Шойгу — инженер-строитель по образованию — в 1990 году был назначен заместителем председателя Государственного комитета РСФСР по архитектуре и строительству, где занимал равный статус с восходящей партийной звездой Борисом Ельциным. В следующем году, когда институты СССР рушились, новоизбранный президент Российской Федерации Ельцин назначил Шойгу главой Российского корпуса спасателей, который был создан взамен старых Войск гражданской обороны Министерства обороны СССР. Корпус — позже переименованный в Министерство по чрезвычайным ситуациям — представлял собой полувоенную структуру, которая со временем стала отвечать за пожаротушение, ликвидацию последствий стихийных бедствий и гражданскую оборону, став третьим по величине военизированным формированием в России. Шойгу, к тому времени уже генерал-майор, в 1992 году координировал неудавшуюся попытку эвакуации из Кабула поддерживаемого Россией президента Афганистана Мухаммеда Наджибуллы. В следующем году ему было поручено распределение оружия со складов гражданской обороны сторонникам Ельцина во время попытки переворота в Москве в октябре 1993 года. В 1999 году Ельцин использовал популярность Шойгу и его репутацию спасителя жизней, сделав его одним из лидеров проправительской партии «Единство», которая поддержала приход премьер-министра Владимира Путина к президентской власти. В знак признания его политических заслуг Шойгу было присвоено звание Героя России.

Шойгу показал себя компетентным, преданным и надежным исполнителем — как на посту министра, так и в качестве политика, — но, что самое важное, он, судя по всему, не питал собственных политических амбиций. Между Путиным и Шойгу завязалась тесная личная дружба, основанная на общей страсти к верховой езде, охоте и стрельбе в глухих уголках России. Для Путина — невысокого, щуплого городского мальчишки, который всю свою карьеру провел в кабинетах, — глубокая связь Шойгу с диким, мужественным и необузданным сибирским миром обладала особым притяжением. Знаменитая фотосессия 2017 года, на которой Путин скачет на лошади с обнаженным торсом, была сделана во время поездки на рыбалку в родную для Шойгу Туву. Да и по-человечески Шойгу отличался от кабинетных Макиавелли, окружавших Путина во время его долгого восхождения по скользкой лестнице бюрократической власти. «Сережа [Сергей Шойгу] — очень прямой, честный парень, — говорил бывший высокопоставленный чиновник ельцинской эпохи, разделявший страсть Шойгу к охоте. — Он не интриган. У него слово с делом не расходится... Он не из тех, кто пытается говорить [Путину] только то, что тот хочет услышать».17

В ноябре 2012 года Путин уволил министра обороны Анатолия Сердюкова после череды громких скандалов, связанных со схемами хищения у государства налогов, уплаченных частными компаниями, которые восходили еще к временам руководства Сердюкова налоговой службой России. Одно из таких мошенничеств закончилось арестом в 2007 году и смертью в тюрьме юриста Сергея Магнитского, предавшего огласке эти схемы, что привело к первому в истории раунду американских и европейских санкций против чиновников, предположительно причастных к этому делу. Основное ядро «петербургской группы» силовиков в окружении Путина лоббировало назначение своего человека преемником Сердюкова, чтобы тем самым вовлечь российскую армию в сеть силовых ведомств, уже подконтрольных клану бывших сотрудников КГБ. Однако Путин выбрал Шойгу — частично из-за его доказанной деловой хватки и практичности, частично из-за личной преданности самому Путину, а также для того, чтобы уравновесить влияние соперничающих кланов.

Шойгу не теряя времени уволил бывших ставленников Сердюкова по Налоговому министерству с руководящих должностей в Министерстве обороны и назначил на их место кадровых военных. Как и Бортников в ФСБ, Шойгу считал, что силовые ведомства России существуют в первую очередь для защиты Родины, а не для того, чтобы служить «дойной коровой» для министров и генералов. Он также ускорил реформы, направленные на увеличение числа профессиональных военнослужащих-контрактников в армии, где до этого преобладали призывники, а также на создание большего числа батальонных тактических групп (БТГ) — нового базового оперативного подразделения мотострелковых войск. Кроме того, он создал Командование сил специальных операций для оперативного вмешательства в конфликты на территории российского «ближнего зарубежья». При Шойгу российские вооруженные силы — которые к 2020 году поглощали колоссальные 7 процентов ВВП страны по сравнению с менее чем 2 процентами у большинства стран НАТО — приводились в состояние высокой организационной готовности к крупному конфликту.