Вступив на патриарший престол, Никон немедленно обратил особенное внимание на дела печатного двора. Двор оставался в ведении дворцового приказа, но уже в 1652 году новые справщики были назначены по выбору и указу патриарха. В самом начале следующего (1653) года Никон делает одно очень важное распоряжение. Опись печатного двора, произведенная в конце 1649 года, обнаружила, что состав «правильных» и «кавычных» книг, по которым исправлялись книги в печать, был крайне неудовлетворителен: книги были исключительно славянские и в большинстве «печатные», – харатейных оказалось только 23, письменных 11; причем почти все они были «ветхи, гнилы, неполны и разбиты». В виду этого по указу патриарха 11 января составлена была опись славянским книгам, находившимся в степенных русских монастырях, для того, чтобы знать, где и какие книги взять для исправления вновь печатающихся; всех книг предназначено было взять 2672. Самое печатание книг производится в это время в духе новых воззрений. Особенно важны были те отличия которые были допущены при издании Псалтири, печатавшейся с 9 октября 1652 по 11 февраля 1653 г.; в ней, между прочим, были опущены две статьи – о двуперстии и о поклонах. Статьи эти занимали видное место в иосифовских Псалтирях. Поэтому уничтожение их вызвало недовольство и прежде всего среди самих справщиков. Старцы Иосиф Наседка и Савватий сразу же оставили должность справщиков. Вслед затем, пред наступлением великого поста (в 1653 г.), Никон разослал по московским церквам «Память» относительно тех же самых предметов: патриарх требовал, чтобы число земных поклонов при чтении молитвы Ефрема Сирина было сокращено, с заменою их поясными, и чтобы крестились тремя перстами. Указал ли Никон в самой «Памяти» мотивы для своего распоряжения – неизвестно; но известно то, что сразу же нашлись ему открытые противники. То были протопопы: московского Казанского собора Иоанн Неронов, Юрьевца Повольского Аввакум, костромской Даниил, муромский Логгин, Павел епископ коломенский и некоторые другие. Лица эти были не безызвестны Никону. Все они были друзья между собою, другом себе считали и Никона. Во главе кружка стоял Стефан Вонифатьев, первым членом был Неронов. В последние годы патриаршества Иосифа кружок фактически заведовал делами Церкви. Вследствие этого Аввакум, с согласия, конечно, братии, просил царя, чтобы быть в патриархах духовнику Стефану, и, затем, когда это не удалось, ничего не видел плохого в том, что на престол вступил Никон. Поддерживать старые церковные порядки – такова была надежда кружка, когда Никон вступил на патриаршество; но она не оправдалась, потому что Никон изменил взгляды на греческое православие и прежние связи «друзей» порвались. Обманутые в надеждах затаили мщение к патриарху и таким образом оставаясь на принципиальной почве протест в самом своем начале осложнялся личными счетами. Аввакум так рассказывает об этом: «мы же, сошедшись, задумались, – видим, что зима хочет быть: сердце озябло, ноги задрожали». Неронов поручил свою церковь Аввакуму, а сам пошел в Чудов монастырь, где в келье молился целую седмицу. «И там ему от образа глас был: приспело время страдания! Подобает вам неослабно страдать»; или, по сказанию самого Неронова: «дерзай, Иоанне, и не убойся до смерти: подобает тебе укрепить царя о имени моем, да не постраждет днесь Русь, как прежде униаты». Неронов «плачучи» рассказал об этом Аввакуму, епископу коломенскому Павлу, Даниилу, а также и «всей братии». Немедленно, конечно по совету всей братии, Аввакум и Даниил составили челобитную, где привели свидетельства от книг о сложении перст и о поклонах – «много писано было» – и подали её царю. Царь не дал решения по этой челобитной – «не знаю, где скрыл» её, добавляет Аввакум: «мнится Никону отдал». Патриарх на этот раз благоразумно оставил своих противников в покое.

Издание «памяти» было вскоре после отъезда из Москвы ученого грека Гавриила Власия, митрополита Навпакта и Арты, приезжавшего сюда с полномочиями от восточных патриархов отвечать об «изыскании церковном». Вероятно и он вел беседы с Никоном в духе «зазираний» Паисия. Затем, 16 апреля (1653 г.) прибыл в Москву бывший константинопольский патриарх Афанасий Пателар. Он пробыл здесь до конца года и пользовался знаками царского внимания. Между прочим, ездил в Троицко-Сергиеву лавру. Ознакомившись, насколько возможно, с русскими церковными чинами и обрядами, Афанасий «зазирал» Никону в «неисправлении» оных, – в несогласии с восточными; он даже написал для Никона сочинение: «чин архиерейского совершения литургии на востоке», которое тогда же, по распоряжению Никона, было переведено на славянский язык и из которого можно было видеть, какие отступления от того чина допущены были у нас. 7 июня (1653 г.) возвратился из поездки на Восток старец Арсении Суханов. Он был в Константинополе, посетил острова Архипелага, заезжал в Египет, где беседовал с александрийским патриархом Иоанникием, довольно долго прожил в Иерусалиме. Свои путевые заметки, а также описание чинов и обрядов греческой Церкви Суханов изложил в сочинении – «Проскинитарий», которое и представил московскому правительству. Теперь в Москве могли убедиться, что на православном Востоке действительно многое в церковных службах, обрядах и обычаях совершается не так, как в России, что там, в частности, троят аллилуиа; употребляют на проскомидии пять просфор, а не семь; из третьей просфоры вынимают девять частиц, а не одну; творят крестные ходы вокруг церкви против солнца, а не посолонь; допускают крещение чрез обливание, в случае болезни крещаемых, и, по выздоровлении, не перекрещивают их. В том же 1653 г. вселенский патриарх Паисий, по просьбе Никона, прислал ему книгу «Скрижаль», содержащую в себе изъяснение литургии и других «тайн церковных», – конечно, в том виде, как содержала и разумела их тогда восточная Церковь; книга скоро была переведена на славянский язык. Таким образом вопрос о несогласии русских богослужебных чинов и обрядов с греческими выяснялся для п. Никона все более и более. А между тем оказавшие ранее сопротивление распоряжению патриарха и теперь не хотели слушаться; некоторые из них держали себя по отношению к Никону прямо вызывающим образом. Тут случилось вот что.

Никон принял от муромского воеводы жалобу на протопопа Логгина и созвал (в июле 1653 г.) по этому делу собор. Логгина обвиняли в похулении образа Спасителя, Богородицы и святых. Обвиняемый дал объяснение. Был однажды он у воеводы на дому и, когда жена воеводы подошла к протопопу за благословением, он спросил её: «не белена ли ты»? «И то слово подхватили» бывшие тут гости: «ты, протопоп, хулишь белила, а без белил не пишутся и образа». Логгин на это заметил: «какими составами пишутся образа, такие и составляют писцы: а если на ваши рожи такие составы положить, то и не захотите. Сам Спас, Богородица и святые честнее своих образов». Никон не оправдал Логгина и велел отдать его «за жестокого пристава». Защитником муромского протопопа выступил Неронов и между ним и патр. Никоном, как в этот раз, так и в другое собрание чрез несколько дней, произошла очень бурная сцена в присутствии целого собора. «За что отдавать Логгина жестокому приставу»? – возразил Неронов Никону. Нужно прежде произвести розыск. «Тут дело великое, Божие и царево». Никон будто бы ответил: «не нужен мне царский совет, – я на него плюю и сморкаю». Тогда Неронов завопил: «патриарх Никон! взбесился ты, что такие слова говоришь на государское величество». При этом Неронов резко порицал не одного только Никона, но и весь собор. «Таковы соборы, говорил он, были на Златоустого и Стефана Сурожского». «За великое бесчиние» Неронов был лишен скуфьи и сослан «под крепкое начало» в Спасокаменский монастырь на Кубенском озере, где и велено было держать его «в черных службах». Друзья Неронова стали было ходатайствовать за него пред царем; но и их скоро постигла та же печальная участь. Проводив Неронова в ссылку, Аввакум 13 августа пошел ко всенощной в Казанский собор, намереваясь, как бывало прежде, читать в положенное время, вместо Неронова, поучение к народу из Толкового Евангелия. Но там не дали ему читать. Долго не думая, Аввакум пошел на двор к Неронову и там в сушиле стал петь всенощную. Некоторые из прихожан Казанской церкви пошли, вместо собора, молиться с Аввакумом. Но не успел протопоп кончить службу, как явились стрельцы, окружили сушило и забрали богомольцев в тюрьму. Чрез неделю все участники Аввакумова самочинного сборища приведены были в храм и преданы отлучению от Церкви. Суд над Аввакумом был отложен. Между тем, по словам Аввакума, Никон «остриг» Логгина в «соборной церкви» в обедню во время великого выхода. «Остригше, сняли с него однорядку и кафтан. Логгин же, разжегся ревностью божественного огня, Никона порицая, чрез порог в алтарь в глаза Никону плевал. Распоясался, схватя с себя рубашку, в алтарь в глаза Никону бросил. И – о чудо! – растопорилась рубашка и покрыла на престоле дискос будь то воздух». Так бесчинствовал Логгин! Он был выслан в Муром. Несколько ранее был расстрижен протопоп Даниил и сослан в Астрахань, где и умер в «земляной тюрьме». 15 сентября патр. Никон хотел «стричь» Аввакума; но заступничество государя спасло протопопа и он был сослан, с женой и детьми, в Тобольск.