После этого патриарх Никон предпринимает более решительные меры. В начале 1654 года состоялась передача печатного двора в ведение патриарха; Никон с этих пор стал полновластным распорядителем на этом дворе за все время своего управления русскою Церковью; все указы, направлявшие деятельность печатного двора, с этого времени исходили исключительно от имена патриарха. Еще осенью 1652 года Арсений Грек ездил по поручению патриарха в Новгород для покупки находившихся в тамошних библиотеках греческих книг. Теперь известный Арсений Суханов, получив богатую «казну», отправился на Восток «в старожитныя места» для приобретения древних греческих книг. 4 февраля (1654 г.) он был уже в Яссах. В том же году состоялся и собор по делу об исправлении книг. Собора желали и противники патриарха. Об этом Неронов просил царя в послании от 27 февраля 1654 г. Собор же состоялся не раньше второй половины марта и не позже первой половины апреля того же 1654 года. На нем, как и желал Неронов, присутствовали, кроме архиереев, другие духовные лица – архимандриты, игумены и протопопы. Собор происходил в царских палатах под председательством самого царя. Патриарх открыл собор речью. Выходя из той мысли, что нет ничего богоугоднее, как поучаться в заповедях Господних, соблюдать постановления соборов – вселенских и поместных, он указал на деяние Константинопольского собора 1593 года о правах и обязанностях русского патриарха, которое истолковал так, что русская Церковь должна быть во всем – и в догматах, и в уставе – согласна с Церковью греческою. Подлинное деяние было найдено Никоном в патриаршей библиотеке и в 1652 году переведено на славянский язык. Когда чтение грамоты кончилось, Никон стал указывать русские «нововводные чины церковные»: священник пред началом литургии читает сам себе разрешительные молитвы; после часов пред обедней говорит отпуст на всю церковь; праздничную литургию начинает пополудни; при освящении храмов не полагают под престол мощей и пр. Замечая, что все это не согласно как с греческими, так и с нашими старыми славянскими книгами, патр. Никон спрашивал: «новым ли нашим печатным книгам последовать, или греческим и славянским старым, которые согласно один чин и устав показывают»? Ответ собора был такой: «достойно и праведно исправить против старых – харатейных и греческих». Но когда Никон заметил, что уставы московской печати несогласны с греческими и нашими старыми относительно великопостных поклонов, последовало возражение и именно со стороны Павла, епископа коломенского; он защищал существовавший тогда обычай. Собор и относительно этого положил: «быть согласно с древними уставами». Соборное уложение было написано, как указание и основание, чтобы впредь исправлять наши книги по древним харатейным и греческим, и скреплено подписями. Подписался и Павел коломенский, но с оговоркой относительно поклонов, причем в свое оправдание сослался на два устава – харатейный и письменный. Единоличный протест Павла, который, может быть, в пылу спора несочувственно отозвался и вообще об исправлении книг, не прошел для него без последствий: патриарх низверг Коломенского епископа с кафедры, снял с него мантию и сослал в заточение; Павел сошел с ума и никто не видел, как погиб несчастный.
«Да не едина их воля, но и да совет вселенских патриархов о исправлении книг будет вкупе» царь и патриарх решили снестись с восточными иерархами. Поэтому вскоре после собора Никон составил грамоту к константинопольскому патриарху Паисию I с вопросами касательно чинов церковных, погрешностей в книгах, а так же – правил христианской жизни; грамота отправлена была с греком Мануилом Константиновым, который выбыл из Москвы не ранее 15 мая 1654 г.; ему поручалось выждать соборного ответа на вопросы и привести его в Москву. По прибытии Мануила в Константинополь, Паисию было предложено 28 вопросов. Патриарх созвал собор; соборно составлены были ответы; к 20 числу декабря (1654) соборные заседания вполне были закончены, а 27 того же декабря Мануил выехал из Константинополя в обратный путь.
Между тем начался приток книг в Москву с Востока. К июню (1654 г.) прибыл сюда сербский патриарх Гавриил: он поднес Никону книгу, в которой были напечатаны три литургии. 2 февраля 1655 г. прибыл в Москву антиохийский патриарх Макарий и также привез некоторые богослужебные книги. О том, что в Москве нуждаются в книгах, на Востоке узнали от Арсения Суханова. Последний, посетив Афон и Царьград, возвращался в Москву (в сентябре 1654 г.), затем снова ездил в Иерусалим и обратно вернулся, вероятно, в феврале следующего (1655) года. Он привез 498 книг, взяв их главным образом из монастырей Св. горы – Ватопедского, Лаврского, Пантократорова, Дохериа и др., а больше всего – из Иверского. Тут были книги библейские, святоотеческие, канонические и собственно богослужебные, восходившие по своей древности от XVII до VIII–VII века. Халкидонский митрополит Гавриил прислал древнюю рукописную Псалтирь, принадлежавшую императору Алексею Комнину (1081–1118). Из афонских монастырей Хиландарского, Павловского и Иверского доставлено было до 50 книг. От иерархов Александрийского, Иерусалимского и др. – не менее 200. Диакон Мелетий грек, нарочито по поручению правительства ездивший (1656–7 г.) за покупкой книг, привез более 10 названий богослужебных книг. Наконец, были случаи привоза некоторых книг и другими лицами.
Собрание греческих и славянских книг было первым средством для осуществления дела исправления наших богослужебных книг. Вторым таким средством должен был служить подбор книжных справщиков. Он, действительно, заметно отразился на ходе книжной справы при Никоне – в характере и числе изданных при нем книг. Состав книжных справщиков никоновского времени не отличался ни устойчивостью, ни многочисленностью. Справщикам предъявлялись особые требования: от них требовалось знание греческого языка, полная готовность следовать указаниям патриарха и не наружное, только официальное, отношение к своему делу, но внутреннее и искреннее убеждение в необходимости и пользе его. Вследствие этого большинство иосифовских справщиков должно было оставить службу на печатном дворе, – именно из них выбыло шесть и остался только один. В тоже время было большое затруднение в приискании и новых справщиков. Никоном было назначено семь справщиков, именно в таком хронологическом порядке: старец Чудова монастыря Евфимий, старец Новоспасского монастыря Матвей, ученик Ртищевской школы и Киевской академии Иван Озеров, приезжий старец Арсений Грек, Рождественский, что у царицы на сенях, протопоп Адриан, патриарший архидиакон Евфимий и Чудовский старец Иосиф. Некоторые из них служили очень недолго. В конце патриаршества Никона оставалось только четыре справщика. Из них более видное место занимали Чудовский старец Евфимий и старец Арсений Грек. Евфимий, ученик Епифания Славинецкого, прекрасно знал язык греческий, также латинский, польский, еврейский; жизнь в Чудовом монастыре, видном центре монастырской жизни в столице, бывшем тогда и выдающимся проводником духовного просвещения, сделала инока человеком образованным, должность уставщика в монастыре дала возможность весьма близко ознакомиться с составом и характером тогдашних богослужебных книг, не только печатных, но и рукописных. Арсений Грек прибыл в Москву в свите патриарха Паисия иерусалимского (1649 г.). Как ученый, он был оставлен здесь в качестве учителя в греческой Чудовской школе; но скоро был предан суду за прежние свои отступления в латинство и мусульманство и сослан в Соловецкий монастырь «для исправления веры». В 1652 г. Никон взял оттуда Арсения, причислил его к составу попов своей крестовой, сделал библиотекарем патриаршей библиотеки и, наконец, главным справщиком и переводчиком книг (март, 1654 г.). Много помогал нуждам печатного двора иеромонах Епифаний Славинецкий, по поручению патриарха составлявший церковные каноны и предисловия к богослужебным книгам.
Никон взялся за дело теперь тем решительнее, что мог найти поддержку у двух восточных патриархов Макария и Гавриила. Он приглашал их на свои богослужения и просил делать нужные замечания о русском церковном чине, чтобы неисправное можно было исправить. И патриархи, действительно, сделали много таких Никону замечаний; между прочим замечали и о неправильности двуперстия. И вот, когда настала неделя православия (1655 г.), Никон, пригласив служить обоих патриархов, несколько архиереев и множество прочего духовенства, в присутствии царя и всех молящихся сказал проповедь, в которой сначала говорил против икон латинского письма, а потом против двуперстия; он «говорил с жаром», причем открыто обращался к п. Макарию с просьбою подать свое мнение по указанным вопросам. Макарий соглашался с русским патриархом. Несколько спустя Никон пригласил Макария и Гавриила на собор. Собор происходил на пятой неделе великого поста (25–31 марта). Кроме трех патриархов, здесь присутствовали русские митрополиты, архиепископы, архимандриты и игумены. Рассуждали по вопросам, возбужденным п. Макарием, о некоторых русских церковных чинах и обрядах, а также – о богослужебных книгах. Справщики успели к этому времени исправить Служебник и сделать сличение других московской печати книг со старыми славянскими и греческими; при их указаниях отцы собора убедились, что новопечатные славянские книги во многом не согласны ни с древними славянскими, ни с греческими, и что, наоборот, новоисправленный Служебник во всем сходен с этими подлинниками. Поэтому собор одобрил этот Служебник и определил напечатать его, а относительно исправления прочих книг повторил определение собора 1654 года.
Месяца через полтора после собора п. Никон получил новое побуждение к продолжению своего дела. Возвратился грек Мануил Константинов и привез ответную грамоту п. Паисия. Её подписали, кроме патриарха, 24 митрополита, 1 архиепископ, 3 епископа и несколько других лиц, занимавших главные церковные должности при патриархе. Мудрые советы давал цареградский святитель. Прежде всего он счел за нужное разъяснить, как следует смотреть на различие церковной обрядности в поместных церквах. Он писал, что православные христиане должны иметь единение в исповедании веры; а если случится, что какая-нибудь Церковь будет отличаться от другой какими либо порядками не существенными для веры, каковы напр.: время совершения литургии или форма сложения перстов для священнического благословения, то это не должно производить никакого разделения; потому что Церковь не с самого начала получила полный устав чинопоследований, какой содержит в настоящее время, а вырабатывала его мало-помалу. Указав затем на книгу «Православное Исповедание», из которой можно узнать, какие суть нужные и существенные члены православной веры, Паисий в ответе на первый вопрос кратко изъяснил состав и таинственное знаменование того чина божественной литургии, какой содержался тогда на Востоке. Другие ответы, более краткие, следуя в порядке вопросов, касались тех или других церковных обычаев и правил благочестивой жизни. Из них наиболее важное, по тому времени, значение имели ответы: 24, 25, 27. Патр. Никон спрашивал: какими перстами подобает христианину изображать на себе крестное знамение? Паисий отвечал: мы все имеем древнее обыкновение по преданию слагать вместе три первых перста во образ св. Троицы. Никон опрашивал: какими перстами следует архиерею или иерею начертывать благословение, преподаваемое ими верующим? Паисий отвечал: Церковь благословляет всех, изображая иерейскою рукою имя Мессии: Iс. Хс., – именно: первый палец и четвертый, будучи соединены вместе, изображают Iс, а второй и третий стоймя с небольшим наклонением одного из них – х, мизинец – с = Хс; впрочем при том же знаменовании, можно слагать персты и иначе. Никон спрашивал: сколько поклонов должно быть при чтении молитвы Ефрема Сирина и каких? Паисий отвечал: устав о поклонах содержим такой, что сначала делаем три больших поклона и, потом, после двенадцати малых, еще один большой, всего – 16. Согласно с высказанным взглядом на обряды, Паисий «умолял» прекратить распрю о чине церковного «тайноводства», считая её признаком раскола, и просил Никона убедить раздорников принять чин восточной Церкви. В заключение патриарх выражал благопожелание, чтобы Господь даровал Никону «успех в исправлении». Грамота Паисия I послужила для Никона в его деле церковных исправлений важною опорою; впоследствии в нужных случаях он прямо ссылался на неё в свое оправдание.