Имя строителя этого древнейшего храма города веками считалось утраченным, было лишь известно, что Василий III направил для возведения собора «московских мастеров». Не так давно открылось, кто был этот мастер. Им оказался итальянец Иван Фрязин.
С этого храма началась Спасо-Преображенская обитель, он не раз претерпевал бедствия и перестройки. О зодчем, который возводил его после очередного крупного пожара, известно немного, к тому же на Руси даже при дворе у него было много «однофамильцев» с весьма неоднозначной репутацией. Почти всех заезжих итальянцев здесь привычно именовали «фряжскими гостями», фрязинами (как и всех западноевропейцев – немцами). Со временем прозвище становилось чем-то вроде фамилии. Запутаться в этой мешанине проще простого. Тем более по роду занятий почти все они были архитекторами, учёными, инженерами, художниками…
В облике собора и впрямь очевиден «итальянский след» – он напоминает храмы Московского Кремля, созданные другими мастерами с Апеннин в эпоху Ивана III и его сына Василия III, – именно тогда появились первые итальянцы на русской службе. Конечно, для того, чтобы расстаться с Европой и уехать в далёкую полуфантастическую Московию, требовался особый характер – сочетающий авантюризм, мужество, талант и, конечно же, веру. Именно такими, вероятно, и были эти люди, один из которых создал грандиозный собор, поражавший изяществом и совершенством форм.
Почти полвека в этом храме не было росписей: фрески – дело трудоёмкое и дорогое, настоящая диковинка. Однако Иоанн Грозный, любивший бывать в Спасо-Преображенском монастыре и пожаловавший ему большие средства, сделал ещё один подарок – собор был искусно расписан лучшими московскими и ярославскими мастерами. Художники трудились в течение двух лет – так начертано на клеймах храма, оставленных самими иконописцами. Там же они оставили и свои имена – уникальный случай для древнерусской живописи. Этим фрескам более пятисот лет, и на них невольно смотришь с благоговением, как на мудрых старцев, одним своим видом заставляющих задуматься о чем-то главном, обратиться к собственной душе… Они молчат, и молчанием своим говорят больше, чем могут сказать словами иные люди… Видели они юного Михаила Феодоровича Романова, который молился здесь, пережидая в обители весеннюю распутицу по дороге в Москву, – в те дни он только что решился принять царский венец. Помнят они скорбные лица братии, отпевавшей новопреставленного патриарха Никона, который умер, возвращаясь из ссылки в столицу. И, конечно, помнят, как служил здесь будущий исповедник владыка Агафангел, митрополит Ярославский.
Храм претерпевал много переделок, далеко не всегда удачных. В 1918 году стены собора сотрясали звуки орудийных выстрелов – 16 дней обстреливался монастырь, ставший главным очагом сопротивления большевикам. Но, что удивительно, беда вновь промыслительно послужила во благо: после жесточайших обстрелов, в разгар голода и Гражданской войны здесь была организована одна из первых в стране реставрационных комиссий под руководством самого Петра Барановского, спасшего сотни памятников русской старины. У специалистов появился повод восстановить исторический облик храма – облик, который сложился в ХVI веке, и они делали это бережно и профессионально.
До нас дошла одна из самых интересных поздних пристроек – церковь во имя благоверных князей Феодора Смоленского и чад его Давида и Константина, ярославских чудотворцев, возведённая у южного фасада собора в начале ХIХ века на фундаменте древнего храма, который вёл свою историю с ХIII века. Именно здесь была обретена одна из величайших святынь Ярославля – мощи святых благоверных князей.