Первым делом митрополит Иона начал перестраивать свою резиденцию – Архиерейский двор Ростова Великого. Строительство нового Архиерейского двора началось в 1660-х годах. Святые врата с надвратным Воскресенским храмом возведены в 1670-х годах с северной стороны проектируемого ансамбля. Надвратный комплекс представляет собой сложную пространственную композицию из ворот в три большие арки, над которыми возвышается пятиглавый храм. А по двум сторонам ворота обрамляют две круглые сторожевые башни, глядящие на Успенский собор.

Воскресенский храм выполнен в духе церковного зодчества XVI–XVII веков. Фасад четверика делится на три части лопатками, сверху завершёнными закомарами. Широко посажено пятиглавие с покрытием лемехом, барабаны декорированы аркатурно-колончатым поясом. Над тремя арочными пролётами ворот обходная галерея, украшенная фризом с изразцовыми вставками. Над вратами – фреска, образ Спасителя. Внутренние стены богато расписаны. Некоторые исследования дают возможность предположить, что в росписи стен участвовал замечательный костромской иконописец Гурий Никитин.