Когда ребенок рождается, микробов в его организме почти нет. Но они там очень быстро появляются, потому что во внешней среде много бактерий, которые совсем не против поселиться в организме новорождённого. Сразу после рождения в организме преобладают аэробы: Staphylococcus, Streptococcus, Lactobacillus и Enterobacteriaceae. Затем к ним подселяются анаэробы: Bifidobacterium, Bacteroides и Clostridium.

Интересно, что состав микрофлоры ребенка зависит от того, родился он естественным путем или с помощью кесарева сечения. Если роды были естественными, организм младенца сразу заселяется бактериями, обитающими в половых путях матери: Lactobacillus, Bifidobacterium, Bacteroides, Prevotella и Sneathia spp. Если же родоразрешение проходит с помощью кесарева сечения, организм ребенка первыми колонизируют микробы, которые живут на коже, в окружающей среде и в больнице: Staphylococcus, Corynebacterium и Propionibacterium spp.

Следующим фактором, влияющим на состав микрофлоры в организме малыша, становится грудное молоко. Оно «вливает» в кишечник не только питательные вещества, но и 700 видов бактерий. У детей, которые находятся исключительно на грудном вскармливании, в кишечнике разрастаются Bifidobacterium, доля которой достигает 70 %.

Чем меньше ребенок, тем чаще изменяется состав микрофлоры кишечника. На неё влияет питание, образ жизни, место проживания, антибиотики и многие другие факторы. Но после 2 лет жизни состав микробов постепенно стабилизируется, а также становится более разнообразным.

У взрослых состав микрофлоры существенно не меняется, хотя небольшие изменения в течение жизни происходят: например, у пожилых людей в среднем ниже доля Bifidobacterium. Причем у взрослых преобладают B. longum и B. adolescentis, в то время как у детей в кишечнике чаще обнаруживаются в больших количествах B. longum и B. bifidum. Также в пожилом возрасте уменьшается количество энтерококков. Данные о содержании лактобацилл у пожилых людей противоречивы: одни исследования говорят о повышении их количества, другие – о понижении. Похоже, это зависит от питания человека.

У детей в кишечнике очень мало лактобактерий, особенно у тех, кто питается только молоком матери. На искусственном вскармливании этих микробов становится больше. У взрослых количество лактобактерий увеличивается. Ещё сильнее они разрастаются в кишечнике у вегетарианцев.

Фузобактерии обычно отсутствуют в детстве, но появляются в кишечнике взрослых людей. Бактероиды заселяют кишечник не сразу. У 50 % детей, находящихся на грудном вскармливании, их нет вообще. Но когда они появляются, концентрация в течение жизни существенно не изменяется. Она примерно одинаковая у детей и взрослых. 10 % случаев диареи у детей вызывают энтеротоксигенные штаммы бактероидов, которые способны выделять токсин. Вейлонеллы отсутствуют у детей, но заселяют кишечник у взрослых. Их доля выше на искусственном вскармливании. В любом возрасте слишком большое количество вейлонелл приводит к метеоризму, потому что бактерии образуют слишком много газов.

У разных людей состав микрофлоры разный. По данным исследований Human Microbiome Project (HMP) и Metagenomics of human intestinal tract (MetaHIT) у большинства взрослых преобладают Bacteroidetes и Firmicutes.