Спустя несколько лет у Строганова начались разногласия с министром образования С. С. Уваровым. В середине XIX века по Европе прошло несколько революций, и, значит (уверял Уваров), надо отвести студенчество от всяческих поползновений в сторону революционности и, наоборот, воспитывать их в духе строгого подчинения рациональности и пользы Отечеству. Он сформулировал идеологию того времени, учитывая революционные настроения в Европе: подчинить всех триаде – «Православие, самодержавие, народность». Уваров был преданным монархистом и считал: только те, кто будет исповедовать эту формулу, будут верно служить России, и ее не коснется революционная волна. Строганов же считал, что эта идеология будет сковывать, ограничивать свободное развитие студенческой мысли и в конечном итоге российской науки в целом.

В результате в 1849 году Строганов был вынужден уйти из университета. Так кончилась золотая строгановская пора Московского университета. Сергей считал себя правым, не только правым, но и правильным человеком – каждое утро, просыпаясь, он обдумывал свое расписание на весь день и неизменно его выполнял.

После ухода с поста попечителя он вернулся к прежним увлечениям с новой силой. По другую сторону Урала обнаружен в районе Кунгура хрусталь, там целая зала-комната из хрусталя, пещера. Их надо изучать. Коллекция его пополнялась. А еще он вспомнил, что когда-то мечтал об азиатской экспедиции по следам Александра Македонского, его манили Бухара, Самарканд, Хива, Ашхабад…

В нем уживалось и стремление к восстановлению, украшению домов, строительству с увлечением историей, археологией и при этом готовностью в любой момент пойти на войну.