Заведовать Палестинской комиссией, сферой деятельности которой в период ее существования (1864–1889) являлось управление русскими учреждениями в Палестине и обеспечение их бесперебойного функционирования, поставили Бориса Петровича Мансурова и графа Николая Павловича Игнатьева (1832-1908), занимавшего на тот момент должность директора Азиатского департамента МИД (25).

В письме поверенному в делах в Константинополе Евгению Павловичу Новикову от 13.04.1864 г. Николай Павлович Игнатьев сообщал, что Государь Император высочайше повелел, чтобы «состоящий под председательством тайного советника Головина Палестинский комитет ныне же упразднить. Вместо оного учредить при Азиатском департаменте, для заведования богоугодными заведениями нашими в Палестине, особую Комиссию, в которую и передать все дела и суммы бывшего Палестинского комитета» (26).

Палестинскую комиссию упразднили 24 марта 1889 г. после основания Императорского Палестинского Православного Общества, в распоряжение которого перешли все обязанности, дела и капиталы Палестинской комиссии.