К концу 2000-х Васильев утвердился в роли чуть ли не самого активного и энергичного военного священника. Он побывал во всех возможных горячих точках, объездил военные части по всей России и действительно пользовался уважением в армии. Он с нуля отреставрировал храм Благовещения Пресвятой Богородицы в Сокольниках и превратил его в современный собор ВДВ, которому помогали командующий ВДВ Владимир Шаманов и Сергей Шойгу (новый министр обороны, по словам Васильева, выделил на строительство 20 миллионов рублей). Чтобы десантникам было интересно приходить в церковь со своими семьями, Васильев построил при ней детскую площадку с бесплатным вайфаем. Любой желающий мог выйти в сеть, введя пароль IamChristian.

За десятилетие службы Васильев выработал свою собственную манеру общения и подходы к военным, которыми охотно делился с коллегами на сборах и конференциях. Он хорошо понимал, как важно не напугать новобранцев непонятными словами или слишком серьезными разговорами о Боге. «Многие ребята не знают самых простых вещей. Например, что такое благодать Божия. Как это объяснить? Поверьте, гораздо проще это сделать, когда батюшка ему либо шоколад дает, либо в горы, в Чечню, привозит спутниковый телефон и солдат может позвонить своей девчонке», — объяснял Васильев.

Андрей Кураев вспоминал, как Васильев делился с ним своим главным правилом общения с солдатами: «Если я вижу, что мои слушатели в течение десяти минут ни разу не рассмеялись, [то понимаю], что я их потерял». Ему вполне удавалось добиваться этого эффекта — одно из его выступлений солдаты выложили в сеть с названием «Веселый священник напутствует десантников». От неоднократного повторения многие его фразы превратились в мемы. «Попал в ВДВ — гордись, не попал — радуйся»; «У каждого десантника есть девушка, но не у каждой девушки есть десантник»; «Подождите вы хлопать, я не поп-звезда, просто поп», — говорил он под одобрительный смех аудитории.

Одной из своих задач Васильев называл гуманизацию отношений между людьми на войне: «Чтобы душа человека во всяких военных конфликтах не оскотинилась, моя задача — помочь человеку остаться человеком, когда у него в руках оружие, а рядом много в разной степени беззащитных людей и всяких бесовских искушений».

Во время большого интервью на главном православном телеканале «Спас» Васильев рассказал, как у солдата, с которым он говорил, обращение к вере произошло буквально за несколько минут. Этот солдат рос без родителей, а его воспитанием занималась старшая сестра — она и водила его в храм. Но сестра внезапно умерла от болезни, и солдат обиделся на Бога. Когда он увидел Васильева в своей части, то обматерил его. «Я его просто обнял, и я не знаю, почему это я сделал, потому что он небольшого росточка был, и так уж он матерился заковыристо. И говорю: „Успокойся“. Я его поцеловал в лобик, хотя он был ну совсем, как это сказать, он очень грязный был. И он просто растаял. <…> Я был в камуфляже, его рукой накрыл, прочитал молитву и поцеловал <…>, и я увидел, что отпустило его как-то». Всего, судя по рассказам Васильева, за время своей работы он крестил и причащал тысячи военнослужащих. Многие из них потом вспоминали его с благодарностью.

Гуманизация по Васильеву почти ничем не напоминала либеральный гуманизм с его интересом к правам человека, зато она вписывалась в широкую консервативную повестку, становившуюся все более популярной в российских силовых ведомствах. Самый важный вопрос, с которым сталкиваются военные: «Ради чего стоит жертвовать своей жизнью?» РПЦ считала, что у нее есть очень хороший ответ. Военные священники раз за разом повторяли фразу из Евангелия от Иоанна: «Нет больше той любви, как если кто положит душу за друзей своих».

Васильев убеждал своих прихожан: главное, что объединяет настоящего воина и христианина — это готовность выполнить долг и принести себя в жертву. Главным злом, с которым он боролся, было нежелание жертвовать жизнью ради абстрактных идеалов. С ним он в конечном итоге связывал все беды современной российской армии — дедовщину, коррупцию и самоубийства. «Проблема сейчас основная с ростом преступлений и происшествий <…> — это, к сожалению, офицеры из поколения „Пепси“, Next, индиго, которые долго слушали какие-нибудь группы „Ногу свело“ и так дальше, и как результат — не очень заточены под жертвенность. Они очень хорошо знают свои права и очень плохо — обязанности. Они не готовы к самопожертвованию».

Для Васильева армия, церковь и семья все вместе становились опорами, без которых невозможно существование родины, почти всегда у него совпадавшей с государством. «В Чечне, в палатке, у одного из наших лейтенантов ВДВ я увидел плакат, напечатанный на машинке: „Жене и Родине не изменять“. Это вещи одного порядка, вот и все», — говорил он. В картине мира Васильева настоящий солдат не мог быть ни контрактником, ни неверным мужем, ни атеистом.

Еще одной важной идеей, на борьбу с которой Васильев потратил много сил, стала толстовская мысль о непротивлении злу насилием. На протяжении десятилетий представителям РПЦ приходилось много раз объяснять, что заповедь «не убий» не распространяется на военных. Главный редактор влиятельного православного журнала «Фома» Владимир Легойда еще в 1999 году писал: «Если для Льва Толстого или Махатмы Ганди неучастие в войне является императивным требованием, то с христианской точки зрения участие или неучастие в войне не имеет сотериологического (спасительного) смысла. Война не является неким абсолютным злом, неучастие в котором способно обеспечить человеку спасение, а участие — непременно обречь на погибель, или наоборот». Васильев сформулировал эту мысль более определенно: «В древнеарамейском языке слово „убить“ выражалось двумя глаголами, имеющими весьма разное смысловое значение. Эти глаголы — „ракса“ и „харак“. В заповеди, если не ошибаюсь, использован глагол „ракса“. И в данном случае „не убий“ — это запрет кровной мести и, соответственно, убийства ради наживы, тогда как „харак“ — это запрет убийства вообще. Вот об этом запрете на „убийство вообще“ не сказано».

И Легойда, и Васильев по сути повторяли основные положения российского религиозного философа и идеолога русского фашизма Ивана Ильина. Его статья «Основное нравственное противоречие войны» неоднократно переиздавалась в сборниках для военного духовенства и до сих пор висит на сайте Синодального отдела по взаимоотношениям с Вооруженными силами. В этой статье Ильин последовательно разбирает, почему убийство на войне порождает непреодолимое противоречие. Он признает и то, что в мире нет ни одной причины, которая могла бы сделать убийство нравственно обоснованным, и даже то, что отказ от насилия мог бы быть достойным выходом. Но дальше делает резкий разворот и говорит, что если человек не будет сопротивляться тому, кто принуждает его к низости, а народ не будет бороться с теми, кто захочет насадить чуждые ему формы жизни, то они совершат духовное самоубийство. В результате Ильин приходит к парадоксальному выводу, что настоящий героизм возможен только как сознательное участие в нравственной трагедии: «Участие в войне заставляет душу <…> осуществить свой, может быть, единственный и лучший, духовный взлет в форме участия в организованном убиении людей».