8 мая 2006 года Путин встретился в Кремле с ветеранами Великой Отечественной войны. Ветераны благодарили его за то, что День Победы наконец-то начали отмечать достойно, и призывали восстановить былое могущество и процветание России. Речь зашла и про священников в армии. Привычно имитируя демократизм, Путин сказал: «Что касается религиозных убеждений, государство никому из своих граждан, в том числе и гражданам, которые носят военную форму, не должно навязывать никаких убеждений, в том числе религиозных. В то же время государство должно обеспечить условия для отправления религиозных культов тем, кто хочет это делать».

Это означало, что митрополит Кирилл добился своей цели: под видом соблюдения конституционных прав на свободу вероисповедания в армии должна была появиться официальная должность полковых священников. То, что другие конфессии будут представлены только номинально, в РПЦ почти и не скрывали: «Вопреки расхожему мнению о многоконфессиональности России у нас намного больше половины населения православные, а это значит, что страна у нас по международным нормам должна считаться моноконфессиональной», — объяснял заместитель председателя синодального отдела по взаимодействию с Вооруженными силами генерал-майор Шаталов.

РПЦ все нулевые годы занималась развитием идеи военного духовенства. Главной задачей церкви было сделать так, чтобы священники не просто по своей воле окормляли военных, а стали официальными служащими — с должностями и зарплатой. Руководил этим процессом Дмитрий Смирнов, которого еще в 2001 году назначили главой отдела Московского патриархата по взаимодействию с Вооруженными силами и правоохранительными учреждениями. В январе 2005 года Смирнов провел сразу два важных мероприятия: рождественские чтения «Армия и Церковь: соработничество во имя жизни», где встретились высшее духовенство и генералы из Военной академии Генштаба, и сборы во Власихе для священников, работавших среди военных. На этих встречах Смирнов и приглашенные им спикеры заявили глобальную идеологическую рамку, в которой должно было развиваться армейское духовенство.

Дмитрий Смирнов обращался к генералам из Генштаба: «Беда это наша или счастье <…>, но каждый нормальный, психически здоровый русский человек имеет имперское сознание. <…> Любой русский человек не может органично принять существование парламента».

«Со стороны западных стран во главе с Соединенными Штатами Америки происходит целенаправленное стимулирование деструктивных явлений религиозной жизни. <…> [Их] стремление к построению однополярного мира <…> невозможно без ослабления России путем ее разделения на три части: европейскую, сибирскую и дальневосточную республики», — отвечал полковник Васильев из Главного управления воспитательной работы.

«Нам придется найти цивилизованный способ объяснить всем, что у нас есть не только ядерная кнопка, но и палец, способный нажать эту кнопку», — убеждал военных священников телеведущий Михаил Леонтьев.

«Мы как апостолы две тысячи лет назад. Нас мало, а перед нами лежит языческий мир, ведь Христос потерпел фиаско в современной Европе», — подводил итоги Смирнов.

Вместе этот набор идей сложился в конструкцию, которую исследователь Александр Верховский назвал «цивилизационным национализмом»: Россия — православная империя, призванная выполнить свою уникальную миссию — не дать враждебному Западу разрушить веру Христову. Военным в этой конструкции отводилась особая роль: противостояние с Западом оказывалось неизбежным, но у России было свое «сверхоружие» — армия, живущая по заветам Христа, «христолюбивое воинство». Кроме того, армия обладала ядерным оружием, созданным «под покровом преподобного Серафима Саровского». Так православные интеллектуалы переосмыслили историю создания советской ядерной бомбы в закрытом городе Саров, или Арзамас–16, основанном на месте разоренного большевиками Саровского монастыря.

Еще одним элементом, который придавал конструкции прочность, была советская героика, связанная с победой во Второй мировой войне. С середины 1990-х патриарх говорил о том, что победа не случилась бы без духовного возрождения России. В речи накануне 9 мая 1999 года он заявил, что Великая Отечественная война — это духовная битва, в которой «диавол боролся с Богом», а победа стала возможной, потому что она была не в силе, а в правде. С течением времени эта мысль трансформировалась в то, что советские защитники родины оказались почти приравнены к православным святым — и те и другие совершали подвиг за веру. «Я считаю, что являюсь военным священником в том числе и потому, что играл в игру „Зарница“, с детства был воспитан на примерах подвигов героев Великой Отечественной войны. <…> Идеология в данном случае вторична, а подвиг — первичен», — объяснял Васильев. А в другом интервью вспоминал пионеров-партизан Марата Казея и Валю Котика.

Несмотря на мощный публичный резонанс и поддержку Путина, указа о создании института полковых священников РПЦ пришлось ждать еще три года. В 2009 году его подписал выступавший тогда в роли президента Дмитрий Медведев. И почти сразу реформа снова забуксовала — выяснилось, что несмотря на формальное согласие, министр обороны Анатолий Сердюков не был готов мириться с ростом влияния РПЦ у себя в ведомстве. Больше всего трудностей вызвал вопрос, кто должен назначать и утверждать военных священников: Сердюков хотел, чтобы этим занимались его люди, патриархия — чтобы ее.

Осенью 2010 года конфликт перешел в открытую фазу. Сердюков прилетел на вертолете в учебный центр «Сельцы» Рязанского высшего командного училища ВДВ, увидел построенный на территории центра храм Ильи Пророка и заподозрил нецелевое расходование бюджетных средств. Министр назвал командира училища полковника Красова «долбоебом» и распорядился храм убрать, центр лишить финансирования, а Красова снять с должности.

Десантников особенно покоробило, что не служивший Сердюков оскорбил боевого полковника и Героя России. Они решили протестовать. Одним из координаторов протеста, судя по всему, был Михаил Васильев: он отвечал за церковное взаимодействие с ВДВ и сам неоднократно бывал в церкви в Сельцах. В результате ее судьба решалась на самом высоком уровне. Патриарх Кирилл (он стал патриархом в 2009-м) лично встретился с Сердюковым и договорился, что храм останется на месте. Но конфликт министра и церкви на этом не закончился.

В 2012 году уже самому Кириллу пришлось писать президенту — на этот раз вернувшемуся в кресло Владимиру Путину: «В текущем году руководством Минобороны России дано разрешение назначить на соответствующую должность только одного священника. В настоящее время из 242 должностей военного духовенства Вооруженных Сил Российской Федерации укомплектовано лишь 22, то есть менее 10 процентов».

В РПЦ вздохнули спокойно, только когда через два месяца Путин назначил на место Сердюкова Сергея Шойгу. «День начинался пасмурно. Но вдруг выглянуло солнышко: армия России наконец-то свободна от Сердюкова! Вот он — день истинного национального единства!» — написал богослов и в тот момент один из самых заметных церковных спикеров Андрей Кураев.

Видя, что основное дело сделано, Дмитрий Смирнов в 2013 году перестал заниматься армией и возглавил патриаршую комиссию по делам семьи, защиты материнства и детства. Следующей целью в церковной экспансии стало возрождение «нравственности» и борьба за криминализацию абортов.