Кажется, что РПЦ не могла и мечтать о более деятельном и убежденном миссионере для того, чтобы распространить свое влияние в армии, чем Васильев. Тем удивительнее, что в интервью 2010-х он все больше говорил о том, что у него не получалось стать своим — но не для военных, а для церкви: «Мы, военные священники, продолжаем быть маргиналами. В Церкви на нас смотрят как на каких-то чудиков, которые помимо своей приходской нагрузки еще и в части воинские ездят, и в горячие точки». «Он с точки зрения Моспатриархии всегда оставался чужим, несистемным», — подтверждает Сергей Чапнин.

В 2019 году патриарх Кирилл освободил Васильева от должности настоятеля «Храма ВДВ» в Сокольниках и назначил на это место его коллегу по работе с Вооруженными силами Сергея Привалова. Говорят, что руководство ВДВ попыталось убедить патриарха изменить свое решение, но это ни к чему не привело. Для Привалова этот взлет стал не последним — через полтора месяца он был назначен настоятелем Главного храма Вооруженных сил в парке «Патриот».

Энтузиазм Васильева по поводу института военного духовенства тоже стал иссякать. Если в середине 2000-х его жалобы на маленькие зарплаты и неопределенный статус военных священников были направлены на то, чтобы привлечь внимание к проблеме и изменить положение вещей, то в конце 2010-х в них уже чувствовалась безысходность. «В Главном управлении Минобороны по работе с верующими все должности заняли вчерашние замполиты — распогоненные, получающие оклад по 100 тысяч рублей, мало что понимающие в специфике пастырской работы в армии и похваляющиеся, что они „рулят попами“», — негодовал Васильев. То, что реформа буксует, уже не получалось объяснить злой волей Сердюкова или недостаточным влиянием патриарха на политическое и военное руководство страны.

Неожиданно для РПЦ оказалось, что армия под руководством Шойгу все так же не собиралась целиком отдавать церкви функции морального воспитания военнослужащих. В 2018 году министр обороны добился от Владимира Путина разрешения возродить другой институт нравственного контроля — замполитов. Теперь если в армии и было место для священников, то только позади них, наравне с военными психологами.

Когда в 2022 году Владимир Путин начал полномасштабное вторжение в Украину, Васильев отправился в наступающие войска. Он по-прежнему не имел никакой институциональной поддержки и действовал на голом энтузиазме. «Когда началась спецоперация, первым делом [Главное политическое управление армии] отправило телеграмму — священников на войну не пускать.<…> Священники в нынешнем статусе <…> — гражданский персонал, а гражданский персонал <…> в военное время подлежит увольнению», — говорил Васильев в интервью. Он сетовал, что в российской армии никто до сих пор не понял, что ключ к военному успеху — вера Христова.

Васильев ездил на линию фронта и благодаря знакомству с командирами координировал работу группы священников по причащению российских военных. Хорошо его знавший епископ Сергей Загребельный (Савватий) рассказывал: «Я причащал в защищенной местности в прилегающем лесу — и то беспилотник выслеживал и начинался обстрел, а он [Васильев] шел по открытой местности в Рубежном. Потом рассказывали, что осколки прилетали рядом с ним, а он не кланялся, не пригибался. Он это делал не потому, что не дорожил своей жизнью, а потому что очень важно воинам, которым мы проповедуем жизнь вечную и бессмертие души, свидетельствовать о готовности перейти в эту вечную жизнь».

В октябре 2022 года высказывания Васильева вызвали скандал. В эфире телеканала «Спас» он советовал зрителям, как по-христиански поступать в сложных жизненных ситуациях. Ведущая Алена Кулешова рассказала о своей проблеме — знакомая семьи на последние деньги отправила своего сына на Канарские острова, чтобы спрятать от мобилизации. «Вы понимаете сердце матерей в этот момент?» — спросила Кулешова. «Я понимаю прекрасно, что каждой даме природой Господь в большинстве случаев попустил родить множество деток, — ответил Васильев. — И если дама, исполняя эту заповедь Божью „плодитесь и размножайтесь“, отказалась от искусственных средств прерывания беременности <…>, то <…> ребеночек у нее будет не один, а больше, в большинстве случаев. А значит, ей не так больно и страшно будет с ним расставаться». Немногие оставшиеся независимые русскоязычные медиа восприняли этот комментарий Васильева как призыв к матерям «рожать больше пушечного мяса». Для самого Васильева в этом не было противоречия: необходимость рожать много детей и готовность отдать жизнь на войне за отечество органично соединялись в его представлении о христианстве.

6 ноября 2022 года Васильев попал под обстрел в оккупированной Россией Херсонской области и погиб. В качестве символа он оказался интересен и полезен российским пропагандистам. «По-настоящему героический „десантный батюшка“ прошел множество горячих точек в разных странах, но был сражен американским снарядом HIMARS в исконно русских землях Новороссии», — написал владелец телеканала «Царьград» Константин Малофеев.

Владимир Путин посмертно присвоил Васильеву звание Героя России. Прощание с ним проходило в храме Христа Спасителя в Москве. У гроба, накрытого флагом России, помимо Звезды Героя и других наград были установлены флаги ВДВ, Ракетных войск стратегического назначения и венок «от Президента Российской Федерации». Протоиерея отпевал патриарх Кирилл: «Отец Михаил <…> как бы разделил свое сердце на две части, и одну полностью посвятил Церкви и был верен ей даже до смерти, а вторую часть отдал Вооруженным силам и был верен своей любви к Вооруженным силам так же до смерти».

Через полтора месяца после смерти Васильева The New York Times выпустила расследование о зверствах российских военных в Буче. Журналисты поминутно реконструировали ход событий в марте 2022 года и установили, что ответственность за преступления несут солдаты и офицеры 234-го полка псковской 76-й дивизии ВДВ. Они без суда убивали военнопленных и стреляли на поражение по гражданскому населению, не представлявшему для них никакой угрозы. Никто из них не сделал ничего, чтобы прекратить убийства, даже когда их бессмысленность стала очевидной. Гуманизации отношений на войне, которую Васильев проповедовал десантникам, не случилось.