Следующий альмохадский халиф, ан-Насир, пришел к власти в 18 лет. Это был молчаливый и скрытный молодой человек, ходивший с опущенными глазами и очень мало говоривший, поскольку страдал дефектом речи. Первым делом он нанес удар по Яхье Ганиду, который после ряда поражений бежал в пустыню и тут же собрал новую армию из берберских и арабских кочевых племен.
Власть в Ифрикии халиф передал своему полководцу Абу Мухаммеду, сыну соратника Ибн Тумарта Абу Хафса, о чем вскоре пожалел. Очень скоро тот стал фактически самостоятельным правителем Ифрикии, основавшим новую династию Хафсидов. Абу Мухаммед оттеснил Яхью Ганида в Триполитанию и разбил его в битве в Джебель-Нефусе. Неунывающий Яхья бежал еще дальше в пустыню, где захватил несколько оазисов, отняв его у того самого Каракуша, вместе с которым когда-то боролся с альмохадами. Каракуш был им схвачен и распят на кресте (1212).
Тем временем христиане в Испании оправились от поражения при Аларкосе и собрали огромную армию, в которую вошли представители всех испанских королевств, кроме Леона (Кастилия, Наварра, Арагон, Португалия). Папа Иннокентий III объявил крестовый поход против мавров и пригрозил отлучением тем, кто откажется поддерживать священную войну. В битве при аль-Окабе (более известной как битва при Лас-Навас-де-Толоса) мусульманские войска, которыми командовал сам халиф, потерпели сокрушительное поражение. Решающим моментом стал прорыв кастильцев к лагерю халифа и захват его знамени, после чего среди альмохадов началось беспорядочное отступление. Ан-Насир бежал в Марокко и отрекся от власти в пользу своего сына, шестнадцатилетнего аль-Мустансира.
Юный халиф, очередной любитель развлечений, отстранил Хафсидов от управления Ифрикией, чем тут же воспользовался Яхья Ганид. Во главе армии кочевников, больше похожей на банду, он в течении десяти лет разорял страну и пытался вытеснить из нее альмохадов.
В самом Марокко власть халифов все больше слабела под давлением арабских и берберских шейхов. В 1224 году заговорщики задушили альмохадского халифа аль-Вахида, а через три года утопили в бассейне его преемника аль-Адиля. После этого началась гражданская война между двумя претендентами на трон – аль-Мамуном и Ибн ан-Насиром. Аль-Мамун победил, захватив Марракеш с помощью короля Кастилии и Леона Фернандо III, ссудившего ему 12 тысяч всадников. В благодарность за эту помощь халиф позволил учредить в Марракеше христианское епископство. Сам аль-Мамун отрекся от учения Ибн Тумарта, предав его проклятию, и принял правоверный суннизм.
В Испании христиане в 1236 году взяли Кордову. Остатки альмохадской империи распались на отдельные королевства, из которых самым крупным была Мурсия со столицей в Севилье. После того, как король Фернандо III захватил и Севилью, во всей Испании осталось только одно мусульманское государство – Гранадский эмират.
Развал альмохадской империи продолжался уже в самом Магрибе. Тлемсен, город и область между Ифрикией и Марокко, отделился от альмохадов и создал самостоятельное государство во главе с династией Абдальвадидов. В Ифрикии к власти снова пришли Хафсиды, сделавшие своей столицей Тунис. На юге Марокко начался расцвет новой династии – Маринидов, созданной бедуинскими кочевниками у границ Сахары.
Несмотря на все эти бедствия, Альмохады продолжали упорно сопротивляться. Халиф ас-Саид попытался договориться с Маринидами и разбить Абдальвадидов, чтобы снова объединить Магриб. Он почти сумел выполнить свой план, но во время мелкой стычки попал в засаду и был убит. После его смерти Мариниды почти полностью уничтожили армию альмохадов и захватили их вторую столицу, Фес.
В руках у альмохадов остался только Марракеш. Чтобы сохранить династию, новый халиф аль-Муртада согласился платить дань Маринидам, но во время осады Марракеша был свергнут своим двоюродным братом Абу Даббусом: тот перешел на сторону Маринидов в обмен на обещание сделать его халифом. Однако через три года Мариниды передумали ставить его на трон и сами взяли Марракеш. Абу Даббус был убит, и династия альмохадов перестала существовать (1269).