Стабильность, достигнутая Барсбаем, длилась недолго. Основы государства рушились. Мамлюки разделились на кланы, которые непрерывно дрались друг с другом за власть. Военные банды грабили население, даже высокопоставленных чиновников, чувствуя себя безнаказанными. Авторитет султана упал до нуля: один из поздних правителей, Инал, не решался выходить из собственного дворца, боясь, что его убьют враждебные ему мамлюки. Султан Хушкадам был уже полной марионеткой в руках мамлюкской гвардии и даже не пытался управлять страной. После него за год сменилось трое султанов, поднимавшихся на трон и слетавших с него по воле гвардейцев.

Почувствовав слабость государства, на него все смелей стали нападать кочевники-бедуины, доходившие порой до самой столицы. В это же время разразилась эпидемия чумы, сократившая население страны почти наполовину. Крестьяне вымирали или бежали от налогов, оставляя пустующие поля. Армия деградировала, ее боеспособность падала. Мамлюки больше не думали о военной карьере: вместо того, чтобы предаваться непрерывным тренировкам, как это было раньше, они предпочитали пировать во дворцах. Большой ипподром в Каире, на котором они упражнялись в конной езде и стрельбе из лука, зарос травой.

Начиная с Каит-бая, мамлюкские султаны менялись с интервалом примерно в один год. Некоторые из них пытались реформировать армию, введя в нее огнестрельное оружие. До сих пор мамлюки использовали только пушки для осады, ружьями пользовалась лишь пехота, набранная из суданцев и бедных горожан. Эта реформа встретила сопротивление мамлюкских гвардейцев-кавалеристов, которые держались за свои копья и луки так же, как самураи – за боевые мечи. Холодное оружие – для настоящего воина, его гордость и честь: не будут же они палить из аркебуз, как какие-то чернокожие рабы! Мамлюки сбросили с трона султана ан-Насира, который попытался перевооружить их на европейский манер.

Предпоследним мамлюкским султаном стал 60-летний Кансух аль-Гаури. Понимая, что нужно как-то противостоять внешним угрозам, он, не трогая мамлюков, стал усиливать вспомогательные войска огнестрельным вооружением и наращивать артиллерию.

Еще больше внимания он уделял сильному флоту. В XV–XVI веках в Средиземном море безраздельно властвовали пираты. Португальцы, создав морскую империю, обогнули Африку и нашли путь в Индию, минуя традиционные торговые пути, которые контролировались мусульманами. Они захватили Аден и Ормуз, тем самым лишив египтян выхода в Индийский океан. Началась морская война за порты в Красном море, без которых Египет был бы отрезан от Востока.

В 1508 году египтяне вместе с индийцами разгромили португальцев, но уже через год потерпели сокрушительное поражение и отступили в Египет. Только с помощью османов, снабдивших мамлюков порохом и лесом и пославших 2000 своих моряков, им удалось закрепиться в Йемене. Но взять Аден они так и не смогли.