Первым султаном из бурджитов был Баркук (1382), при котором государство тюрков сменилось государством черкесов. В хрониках его так и называют – Черкес (джаркас). После семи лет правления он потерял власть, проиграв сражение с сирийскими мамлюками под Каиром, и попал в тюрьму, но вскоре бежал, собрал войско, снова захватил трон и правил еще 9 лет. Преемником он назначил своего сына Фараджа, заставив присягнуть ему других мамлюков и очередного египетского халифа, аль-Мутаваккила I. Но тут монгольские беженцы из Ирака известили Египет о нашествии Тамерлана.

Мамлюкское государство, давно уже не знавшее внешних врагов, погрязло в междоусобных распрях и не обращало внимания на надвигавшуюся опасность. Баркук принял бежавшего из Багдада джалараидского правителя и отказался отдавать его Тимуру, а присланных им послов приказал убить. Он отверг предложение о союзе османского султана Баязида, считая, что мамлюки непобедимы и разгромят какого угодно врага без посторонней помощи.

В 1400 году Тимур захватил крупнейшие сирийские города Алеппо, Химс и Дамаск. Дамаск он наполовину сжег и разрушил мечеть Омейядов. Жители Сирии были частично перебиты, частично угнаны в Самарканд, где Тимур занимался грандиозным строительством.

Но Египту опять повезло. Тимур решил сначала расправиться с Османами и в битве при Анкаре разбил Баязида (1402). Турция подверглась бойне и разрушениям, армия готовилась к походу на Каир. Но через два года Тимур вернулся в Самарканд, чтобы разобраться с местными делами, и умер. Египет так и остался не завоеванным.

Несмотря на это, в стране было неспокойно. Султан Фарадж вел беспрерывную борьбу с соперниками внутри страны и в соседней Сирии. Мамлюки воевали с мамлюками. Фарадж пытался завоевать Дамаск, сирийские мамлюки – Каир. Очередной, пятый или шестой поход против сирийцев закончился тем, что Фарадж был разбит и заключен в тюрьму. В это время каирского халифа аль-Мустаина на время сделали султаном, но его власть была фиктивной. Настоящим султаном вскоре стал сирийский мамлюк Шайх аль-Муайад.

Мамлюкское государство катилось к закату. Занятые борьбой за власть, мамлюки почти не обращали внимания на управление государством. Оросительные системы пришли в упадок, начались неурожаи, казна не пополнялась. Падала дисциплина в некогда безупречном мамлюкском войске. Многие солдаты начали откупаться от военной службы, предпочитая проводить время в праздности и разгульной жизни. В Средиземном море расплодились пираты, совершавшие набеги на прибрежные районы.

Все эти проблемы пришлось решать султану Барсбаю (1422–1438). Он сделал все, что мог: разбил пиратов, захватил богатый Кипр и ввел монополию на торговлю многими продуктами, чем поправил финансовые дела в государстве, но нанес болезненный удар по купечеству и торговле в целом. По характеру это был жадный, вспыльчивый и жестокий человек, отличавшийся религиозной нетерпимостью. В его царствование снова были введены жесткие законы против иноверцев – иудеев и христиан.