Шаджар ад-Дурр процарствовала всего три месяца. Багдадскому халифу не понравилось, что женщина, некогда жившая в его гареме, встала во главе Египта. Он поддержал сирийский клан айюбидов, которые потребовали низложить Шаджар ад-Дурр. Вообще, избрание в султаны женщины было слишком скандальным и ставило под удар престиж бахридов, которые поставили ее на престол. В конце концов, Шаджар ад-Дурр пришлось отказаться от власти, и султаном стал один из военачальников мамлюков Айбег, взошедший на престол под именем аль-Муизза. Разумеется, он тут же создал свою личную гвардию «муиззию».

Но избрание Айбега одобрили не все. Другие мамлюкские лидеры, Актай и Бейбарс, призвали на трон малолетнего айюбида аль-Ашраф Мусу, правнука аль-Камила, который как законный наследник Айюбидов должен был придать легитимность мамлюкской власти. Однако Айбег сумел и это обстоятельство повернуть в свою пользу. Он стал воспитателем маленького султана – атабегом – и женился на Шаджар ад-Дурр, что сделало его реальным правителем Египта. В конце концов, он убил своего соперника Актая, а через два года избавился и от аль-Ашраф Мусы, изгнав его в Византию. Другой его конкурент, Бейбарс, сбежал вместе со своими сторонниками в Сирию.

Однако и Айбег правил недолго. Шаджар ад-Дурр, мечтавшая вернуть себе трон, устроила заговор против собственного мужа и убила его в бане. Против нее выступила гвардия убитого, муиззия, провозгласив султаном пятнадцатилетнего аль-Мансура Али, ее пасынка и сына Айбега от другой жены. Шаджар ад-Дурр была убита (тоже в бане: ее забили деревянными башмаками служанки первой жены Айбега). Но реальной властью в стране обладал не аль-Мансур Али, а глава мамлюков Кутуз. Через два года он низложил султана и занял его место. В это время к Египту уже подходила армия монголов.

В 1260 году монголы захватили Алеппо и Дамаск. Сирия пала. Местные христиане приветствовали завоевателей и стали притеснять мусульман, оказавшихся вместо большинства меньшинством. Вообще, монголы покровительствовали иудеям и христианам, видя в них врагов ислама. Так же смотрели на монголов и христианские государства, считая их своими союзниками против мусульман: враг моего врага – мой друг. Христианский правитель Боэмунд присоединился к монголам, а армяне заключили с ними союз.

Захватив Сирию, монгольский ильхан Хулагу двинулся на Египет. Лидер мамлюков Кутуз демонстративно убил присланных им послов и выступил с армией против монголов. В это время Хулагу узнал о смерти своего брата, хана Мунке, и срочно вернулся в Монголию, захватив с собой две трети армии. В Сирии осталось только десять тысяч монголов во главе с тюрком-несторианином Кетбука Нойян. К Кутузу, наоборот, присоединился примирившийся с ним Бейбарс.

В битве при Наблусе мамлюки полностью разбили монголов, а Кетбука Нойан погиб (1260). Сирия перешла к мамлюкам. Мусульмане, уже не верившие, что монголов можно победить, с восторгом приветствовали Кутуза и стали снова притеснять христиан.

Союз Кутуз с Бейбарсом оказался коротким. Кутуз обещал отдать ему Алеппо, но вместо этого подарил его родственнику свой жены. Бейбарс был оскорблен. В том же году, спустя всего полтора месяца, он и его люди напали на Кутуза во время охоты и изрубили его саблями.

Опираясь на бахритов, Бейбарс захватил власть в Каире и стал новым мамлюкским султаном.