Одновременно с покорением Сирии отряды арабов вторглись в Египет – житницу Константинополя. Захват Египта открывал арабам путь в Северную Африку, находившуюся также под властью Византии. Внутриэкономическая и религиозная обстановка в Египте во многом была схожа с сирийской, что благоприятствовало арабским планам. Византийская знать в Египте делилась по примеру Константинополя на партии «синих» и «зеленых». Первые придерживались проконстантинопольской ориентации и исповедовали православие, вторые представляли местных землевладельцев, торговцев и ремесленников – монофизитов по вероисповеданию.
Противостояние православия и монофизитства, к которому принадлежали копты, составлявшие большинство населения Египта, достигло к 30–40-м годам VII в. наибольшей остроты. Помещенный на патриарший престол в Александрии Кир попытался внедрить компромиссную (монофелитскую) догму, признававшую наличие у Христа двух природ, но одной воли. Вместо ожидаемого примирения православных и монофизитов начались еще большие раздоры. Коптов заставляли силой подписывать признание официального догмата. Многие монастыри были разгромлены, их владения конфискованы. Коптский патриарх Вениамин, призывавший отстаивать свою веру, скрывался от посланцев Кира в отдаленных монастырях Верхнего Египта. Обстановка в стране складывалась в пользу арабов. Население Египта видело в них освободителей от тирании Византии.
Инициатором похода в Египет стал Амр ибн ал-Ас, не однажды бывавший в этих краях с караванами и хорошо знавший местные условия и порядки. Возможно, Амр ибн ал-Ас преследовал и личные цели. Его военные заслуги в Палестине не были должным образом оценены, халиф не назначил его наместником всей Палестины, отдав предпочтение Му’авийи ибн Абу Суфйану. Амр все же надеялся получить высокий и доходный пост наместника и предложил Омару, когда тот находился в Иерусалиме, начать завоевание Египта. Халиф согласился, но, возвратившись в Медину, изменил первоначальное решение, посчитав предприятие слишком рискованным. К Амру, уже выступившему в поход, был послан гонец с приказом приостановить движение на Египет.
Сведения исторических хроник о дальнейших событиях туманны: то ли гонец настиг Амра, когда он с 4000 всадников уже пересек границу, а в письме говорилось, что нужно вернуться, если войско еще не вошло на территорию Египта, то ли Амр проявил непослушание и, предполагая какой приказ содержится в письме, вскрыл его, только вступив на египетскую землю. Так или иначе, но 8 или 12 декабря 639 г. Амр вторгся в Египет.
В середине марта 640 г. войско Амра, вначале действовавшее в дельте Нила, появилось на правом берегу под крепостью и городом Бабилон (Вавилон). Основанный древними египтянами, город многократно перестраивался персами, греками, римлянами. Остатки форта сохранились на окраине современного Каира.
Мощные крепостные стены толщиной в два с половиной метра возвышались на 18 м – без осадных машин взять город было невозможно. Ответные атаки из осажденного города также не имели успеха. Находившийся в Бабилоне патриарх Кир решился на переговоры, когда стало очевидным, что осада затягивается, городу угрожает голод. Амр предложил патриарху сделать выбор: принять ислам или, уплатив подати, сохранить веру и жизнь горожан. В случае несогласия предстояло биться насмерть.
Мусульманские историки называют в числе парламентариев с арабской стороны негра, одного из первых сподвижников пророка Myхаммада по имени Убада ибн ас-Самит. Возмущенный появлением чернокожего, Кир отказывался продолжать переговоры. Арабам пришлось разъяснить патриарху, что по их вере черные и белые равны, и в войске Амра тысячи таких же, как Убада, воинов ислама. Киру пришлось согласиться на выплату солидной контрибуции и, получив разрешение Амра, он отплыл в Константинополь за деньгами.
Обещанной дани Амр так и не дождался. Кир не только не получил денег, но был объявлен изменником и отправлен в изгнание.
Военные действия возобновились. После семимесячной осады, 6 апреля 641 г. Бабилон был взят штурмом. Гарнизону позволили покинуть город. Перед уходом византийцы расправились с узниками, особенно жестоко с заточенными еретиками. Навстречу мусульманам из крепостных ворот выгнали коптов, жестоко избитых, с отрезанными руками.
Не удивительно, что копты стали оказывать помощь арабам, служили им проводниками, сами нападали на мелкие византийские отряды. Историки сообщают о монахах, покидавших монастыри и вступавших в ряды мусульманского войска. Прибывали также новые отряды из Аравии. Вскоре Амр располагал уже 20-тысячным войском.
Первые успехи арабского оружия еще не привели к полному покорению Египта. В руках византийцев оставалась Александрия – огромный город с населением около 150 тысяч человек и гарнизоном в 50 тысяч солдат.
Тем временем из Константинополя пришли вести о кончине Ираклия (11 февраля 641 г.) и провозглашении императором его сына от первого брака Константина III. В столице назревала борьба за престол между Константином III и сторонниками второй жены Ираклия Мартины и ее сына Ираклиона. Первой жертвой пал новый император, вероятно отравленный соперниками (25 мая 641 г.). Недолго продержался на троне и малолетний Ираклион. В августе, при поддержке армии, на престол был возведен сын Константина III – Констант II. Опальному патриарху Киру было разрешено вернуться в Александрию. Возобновившиеся переговоры патриарха с Амром завершились подписанием соглашения, обязывавшего византийцев в течение 11 месяцев перемирия вывести гарнизон из Александрии, уплатить дань в десятки тысяч динаров за год спокойной жизни. Арабы, со своей стороны, обещали не вмешиваться во внутренние дела христиан, не трогать церквей.
За время действия соглашения арабы без особого труда покорили остальной Египет. 22 сентября 642 г. византийцы покинули Александрию. Резиденцией Амра стал военный лагерь Фустат, позже превратившийся в крупный город, существовавший до Х в. На месте Бабилона и Фустата вырос Каир (Миср ал- Кахира – «город победитель»).
Первая мечеть, построенная Амром в Фустате, не имела крыши, стены ее были глинобитными. В ней впервые установили высокую кафедру (минбар) для чтения проповедей. Халиф Омар не одобрил новшество, расценив его как нескромность и высокомерие по отношению к простым мусульманам. Однако минбар уцелел, и вскоре кафедра стала непременным атрибутом мечетей, предназначенных для общих пятничных молитв.
Мечеть Амра, похожая на хижину, не сохранилась в первозданном виде: ее несколько раз перестраивали, расширяли. Из 200 внутренних колонн едва ли найдется несколько совершенно одинаковых – все они разной толщины, высоты, некоторые поставлены вверх базами. И все потому, что арабы использовали при строительстве наиболее ценные части снесенных городских построек, церквей и монастырей.
Из житницы Византии Египет превратился в житницу Аравии. По рассказам современников, конечно преувеличенным, многочисленные караваны с хлебом, потянувшиеся в Аравию, были так велики, что когда первый верблюд был уже в Медине, последний еще выходил из Египта. По повелению халифа, тысячи рабов восстанавливали канал, соединяющий Нил с Красным морем. Вырытый в XIV в. до н. э., канал пришел в упадок, и был заброшен. Уже в 644 г. первые двадцать судов с египетским хлебом и другими грузами прошли в арабские порты на Красном море.