Сложность человеческой сущности оказала на взгляды «Братьев чистоты» настолько сильное влияние, что они считали неверие в отдельное, абстрактное существование души причиной возникновения некоторых неправильных убеждений[665]. По их мнению, пренебрежение душой и неспособность чувствовать её также приводит к следованию еретическим убеждениям и погибели[666]. Тот, кто не знает свою душу, не может постичь духовных вопросов, и потому отрицает духовные истины[667].

Считая необходимым доказать абстрактность души, «Братья чистоты» приводят в своём «Раса’иле» несколько доводов. Они признают, что познание этой алхимической науки очень сложно, так как считают её одной из самых запутанных наук и больших тайн, которая известна только учёным, но всё же не забывают приводить аргументы. Иногда они ссылаются на действия и жития пророков, святых и мудрецов[668], а иногда на довольно слабые высказывания. Например, они говорят:

«Когда кто-то умирает, его родные и близкие плачут. Но совершенно не из-за его тела. Потому что оно все ещё находится среди них. И если они захотят, то смогут сохранить его с помощью мазей. Они также не плачут потому, что он перестал совершать те действия, которые совершал раньше. Потому что и раньше он не совершал их, когда спал, и это никого не огорчало. Следовательно, они плачут из-за его души, которую они утратили»[669].

Мнение богословов по этому вопросу, посещение усыпальниц святых и т. д. также служат «Братьям чистоты» аргументом о существовании абстрактной души[670]. По крайней мере, в двух местах они пишут о том, что проявление чувств и действий при жизни и их непроявление после смерти ясно указывают на то, что тело покинула нефизическая субстанция[671].

Ещё один довод, который приводится ими в этом отношении, это действия, совершаемые без помощи членов тела и органов чувств. Например, размышление. Когда человек углубляется в думы, его органы чувств не ощущают того, что должны. Например, его глаза и уши не видят и не слышат. В то же время «Братья чистоты» приводят контраргумент и говорят, что, возможно, кто-то скажет, что размышление не может осуществляться без помощи органов, так как при этом человек пользуется головным мозгом. Вероятно, они затрудняются опровергнуть этот контраргумент и, не приводя каких-то доказательств, ограничиваются заявлением о том, что душа – это рациональная субстанция, которая пользуется органами тела. Затем, приводя рассказы о том, как душа бывает в далёких местах во сне, утверждают, что сновидение доказывает наличие абстрактной, нефизической субстанции под названием «душа»[672].