Вернувшись из «Юбилейной» экспедиции, Арсеньев в апреле 1910 года сделал доклад в Географическом обществе. Об этом отчетном докладе газета «Приамурье» поместила заметку, на которую обратил внимание еще Азадовский. В заметке говорилось, что, хотя «нет пророка в своем отечестве» и на Арсеньева «смотрят пока, как на отличного офицера, как на усердного и умелого исполнителя велений начальства», его последнее путешествие дает «ему право на признание в нем не только «отличного офицера», но и истинного путешественника, которого уже пора оценить так, как в свое время оценил Пржевальский Козлова».

Время такой оценки, действительно, вскоре настало.

Когда в ноябре 1910 года Арсеньев приехал в Петербург и выступал там с сообщениями, демонстрируя свои коллекции, ими заинтересовались видные ученые и путешественники: П. П. Семенов-Тян-Шанский, А. А. Радлов, С. Ф. Ольденбург, Ю. М. Шокальский, П. К. Козлов и другие. Общероссийскую этнографическую выставку, куда Арсеньев привез коллекции, посетил Николай II, побывавший в свое время на Дальнем Востоке, и есть сведения, что Арсеньев был царю представлен.

За коллекции, пожертвованные на выставку, Арсеньев получил тогда большую серебряную медаль, а Географическое общество наградило его за экспедиционную деятельность малой серебряной медалью.

Казалось бы, мечте Арсеньева — «года два-три специализироваться в Петербурге», пополнять свой научный багаж, работать над собранным материалом для Академии наук, к чему он так стремился, — нет теперь никаких препятствий. Однако в столице он не остался, быстро почувствовав себя здесь не в своей тарелке.

Объясняя свое поведение, Арсеньев писал в связи с этим Л. Я. Штернбергу, с которым он познакомился летом 1910 года: «Интриг между учеными в Петербурге — хоть отбавляй! В этом отношении у нас в провинции лучше. Я всегда идеализировал — мне казалось, что между учеными должна быть полная солидарность и внимание к обоюдным интересам, — а увидел я другое... Нехороший осадок оставил у меня на душе Питер — карьеризм поглотил хорошие чувства человека! Этот Вавилон закрутил было и меня, да, слава богу, я вовремя очнулся и убежал к себе в Приамурье».

Тем не менее в жизни Арсеньева произошел серьезный поворот. Высочайшим повелением, «в изъятие из закона», Арсеньев был освобожден от службы в войсках и штабах и, сохраняя воинское звание и чинопроизводство, переведен в главное управление землеустройства и земледелия. Еще раньше, после возвращения из «Юбилейной» экспедиции, он был избран директором Хабаровского краеведческого музея и теперь вроде бы получал возможность полностью посвятить себя науке.

На деле все оказалось сложнее.

Осенью 1911 года Арсеньев снова отправился в тайгу и в октябре писал П. К. Козлову, с которым познакомился в Петербурге: «По воле судьбы, а вернее, по воле приамурского генерал-губернатора я вновь попал в дебри Уссурийского края, откуда и пишу Вам это письмо, пользуясь случайной оказией... Административная деятельность мне не по душе. Я с удовольствием променял бы даже губернаторский пост на скромную роль географа-исследователя, хотя бы и в самом малом масштабе. Я мирюсь с новой работой только потому, что она позволяет параллельно с ней вести и свои научные исследования, которые являются только дополнением моих прежних рабочих дневников. Гондатти (генерал-губернатор) именно хочет пристегнуть меня к администрации — а я брыкаюсь...»

Так вместо лямки военной возникла лямка другая — административная, причем взаимоотношения с генерал-губернатором Гондатти вскоре стали обостряться, дойдя до прямых конфликтов.

Всевозможных занятий и обязанностей у Арсеньева появилось теперь еще больше, чем прежде: в ближайшие годы он продолжал совершать короткие экспедиции, много энергии отдавал краеведческому музею, — но уже ничто не могло помешать ему, отвлечь его внимание от накопленных таежных дневников, от мыслей о будущих книгах, от работы литературной, которая потребовала от него полной духовной самоотдачи и немалого старания.