Вавилонское пленение аммонитян сблизило их с теми иудеями, которые были уведены туда за несколько лет до них. Есть косвенные свидетельства того, что за почти полвека совместного пребывания в Вавилонии часть аммонитян приняла иудейский монотеизм и породнилась с иудеями. Это был естественный процесс, учитывая, что древние евреи и аммонитяне изначально представляли собой один и тот же народ. Аммонитяне, как и иудеи, смогли вернуться на родину только после разгрома персами Нововавилонского царства в 539 г. до н. э. Сближение между аммонитянами и иудеями происходило не только в Вавилонии, но и в самом Аммоне, где появилось много беженцев из Иудеи. Как следует из Книги Нехемии, после разрушения Иерусалима немало иудеев оказалось в Аммоне, да и сам аммонитянский правитель Товия был связан родственными узами с иудеями: его жена и жена его сына происходили из знатных иудейских родов. Как признавал сам Нехемия, «в те дни знатные люди Иудеи писали много писем, которые шли к Товии, а (письма) Товии шли к ним, потому что многие в Иудее были связаны с ним клятвой» (Неем. 6: 17–18). Интересно, что даже такой противник аммонитян, как Нехемия, признавал наличие «хорошей части сынов Аммона», под которой он подразумевал тех, кто был иудаизирован во время вавилонского плена или после него. В те времена многие иудеи, включая знать, породнились с аммонитянами. С Товией породнился даже иудейский первосвященник Эльяшив. Мало того, он предоставил для наместника аммонитян одну из лучших комнат Иерусалимского храма, чем вызвал крайнее возмущение Нехемии (Неем. 13: 4–9). Чтобы остановить нараставший поток браков между иудеями и аммонитянами, Нехемия и Эзра были вынуждены постоянно напоминать своему народу о запрете Торы на смешение с аммонитянами (Неем. 13: 1–3). Впрочем, отношения между иудеями и аммонитянами стали портиться больше по другой причине. Аммонитян насторожило усиление Иудеи, строительство нового, Второго храма, но еще больше – восстановление крепостных стен Иерусалима. Хотя в V–IV вв. до н. э. Иудея и Аммон были одинаково подвластны Персидской державе, память о былой зависимости аммонитян от евреев и быстрое возрождение Иудеи внушала аммонитянам тревогу. Нехемия сообщает, что «когда Товия узнал, что началось восстановление стен Иерусалима, то это его очень рассердило» и аммонитяне сговорились с самаритянами, ашдодцами и арабами «идти воевать с Иерусалимом» (Неем. 4: 1–2). С этого времени аммонитяне становятся одним из главных врагов Иудеи.

Двухвековое персидское владычество над Левантом (539–332 гг. до н. э.) не оставило нам почти никаких упоминаний об Аммоне. Немногим больше дала эпоха эллинизма, начавшаяся с приходом армии Александра Македонского на Восток (332 г. до н. э.). После долгих войн между полководцами Александра – Птолемеем и Селевком – аммонитяне оказались под властью Селевкидов. В угоду эллинам была переименована столица Аммона – Рабба или Раббат-Аммон. С середины III в. до н. э. она стала называться Филадельфией.

В отличие от своих южных соседей – идумеев и моавитян, вынужденных уступить свои земли набатейским племенам, аммонитяне выдержали натиск пришельцев из Аравии и отстояли территорию исторического Аммона. Правда, сделать это удалось только с помощью Селевкидского царства, частью которого стал Аммон. Военная мощь Селевкидов стала для аммонитян тем заслоном, о который разбились все волны наступавших набатейских племен. Если бы Селевкидская держава появилась бы на два столетия раньше, то, возможно, и идумеи, и моавитяне смогли бы сохранить свои земли в Южном Заиорданье. Ничего удивительного, что в период Маккавейских войн за свободу Иудеи (167–142 гг. до и. э.) аммонитяне выступили на стороне врагов иудеев – сирийских Селевкидов. Вождь еврейских повстанцев Иехуда Маккавей был вынужден тогда совершить несколько походов в Заиорданье, чтобы защитить еврейских жителей этих областей от нападений аммонитян.

Согласно Первой книге Маккавеев, аммонитяне представляли тогда «воинственный и многочисленный народ», а ими командовал некий Тимофей. Был ли этот Тимофей эллинизированным аммонитянским правителем, назначенным Селевкидами, или военачальником, присланным из сирийской Антиохии, неизвестно. Книга лишь сообщает, что «Иехуда Маккавей много раз вступал с ними (аммонитянами) в сражение, и они были сокрушены перед ним. Он разбил их, взял Иазер и его селения, а затем вернулся в Иудею» (1 Макк. 5: 6–8). Правда, на этом война с аммонитянами не закончилась. В следующий раз с ними пришлось столкнуться уже севернее, в Гиладе, на который аммонитяне претендовали еще со времен их царя Нахаша. Еврейские жители этого района опять попросили о помощи: «Собрались на нас окрестные язычники, чтобы уничтожить нас. Они готовятся прийти и напасть на крепость, куда мы бежали. Их войсками командует Тимофей. Поэтому приди немедля и спаси нас от рук их, потому что много нас пало!» (1 Макк. 5: 11–12). Новый поход Иехуды оказался еще более успешным. Он разбил армию Тимофея и подчинил все города и крепости Гилада. Однако позднее сражения с аммонитянами и их правителем Тимофеем вспыхнули в Гиладе с новой силой. Как сообщает Первая книга Маккавеев, «Тимофей собрал другую армию и разбил стан напротив Рафона, на другой стороне потока. Тогда Йехуда послал людей на разведку в стан врага, и ему сообщили: „К нему собрались все язычники из нашей округи, многочисленнейшее войско. Он также нанял себе в подмогу арабов. Они разбивают стан на той стороне потока и готовы пойти сражаться с тобой“. Тогда Йехуда выступил им навстречу… Он первым переправился к врагам, а за ним весь народ, и все язычники были сокрушены перед ними, побросали свое оружие и бежали в святилище (языческое капище) Карнаим. Тогда они взяли город и спалили святилище со всеми, кто в нем был. Карнаим был покорен, и они не смогли уже противостоять Йехуде» (1 Макк. 5: 37–44). Правда, аммонитяне воевали не по своей воле, ими руководили и натравливали на иудеев сирийские Селевкиды, а Аммон являлся всего лишь частью их громадного царства.

Последнее упоминание об аммонитянах относится уже ко II в. и. э., когда раннехристианский богослов Юстин (Иустин) Мученик (100–165 гг.) отметил в «Диалоге с Трифоном Иудеем», что этот народ еще присутствует в Заиорданье в немалом числе. (St. Justin Martyr. Dialogue with Trypho, 119). Очевидно, те аммонитяне, что не ассимилировались с иудеями, составили значительную часть эллинизированного населения в городах Декаполиса в Заиорданье.