С начала VI в. до н. э. весь Южный Левант оказывается под властью Нововавилонской державы. В период правления царя Навуходоносора II вавилоняне захватывают в 586 г. до н. э. Иудею – самое мощное в военном отношении царство этого региона, а позднее, в 582 г. до н. э., и все три более мелких заиорданских царства: Аммон, Моав и Эдом. Мало того, месопотамские завоеватели разрушают практически все филистимские и часть финикийских городов на Средиземноморском побережье. Разгрому подверглись и города Южной и Центральной Сирии – Дамаск, Хамат и Арпад. Не удовлетворившись этим, вавилоняне двинулись на юг, в Мидьян, где сожгли кочевья местных племен, захватив массу пленных и весь скот мидьянитян. Вавилоняне не только разорили весь Южный Левант, они увели на поселение в Месопотамию и часть населения тех стран, которые оказали наиболее упорное сопротивление, а именно: иудеев, моавитян, аммонитян, филистимлян, финикийцев и арамейцев Сирии. Навуходоносор II приказал разрушить столицу Иудеи – Иерусалим – и увести его жителей в Вавилонию. Он сровнял с землей филистимские города, депортировав оттуда всех жителей в Месопотамию. Точно такая же участь постигла финикийские города Сидон и Тир, а также сирийские Дамаск и Хамат. Только полвека спустя персидский царь Кир, разгромив Нововавилонское царство, отпустил все плененные народы обратно на родину. Однако в течение этого времени Южный Левант лежал в развалинах, чем не замедлили воспользоваться пришельцы с юга, из Аравии – племена набатеев.