За три года до создания Императорского Царскосельского лицея, 29 ноября 1807 г., указом императора был образован Комитет «для усовершенствования духовных училищ и для изыскания способов к улучшению содержания духовенства», куда вошел и Сперанский, прекрасно понимающий плюсы и минусы духовного образования.

К тому времени не было уставов, образовательных программ, четкого управления православным образованием. Разрозненно действовали четыре академии, 36 семинарий и 115 низших училищ[102].

Учитель географии и арифметики Суздальского духовного училища Е. П. Воскресенский так характеризовал положение в духовном образовании того времени: «На все существовавшие в то время духовные школы отпускалась из государственной казны ничтожная сумма (180 тыс. руб.); по необходимости, духовенство должно было содержать свои школы, главным образом, на собственные средства. Последних, между тем, не было. Следствием этого было нищенское содержание учащего персонала и полуголодная, плохо одетая масса учеников. Словом, духовно-учебные заведения того времени не имели почти ни организации, ни средств»[103].

Комитет предложил систему духовного образования, состоящую из академий, семинарий и училищ, подготовил предложения по соответствующим программам.

26 июня 1808 г. император утвердил предложения комитета «О усовершении Духовных училищ; о начертании правил для образования сих училищ и составлении капитала на содержание духовенства». Более того, Александр отметил отличные труды Сперанского в сфере образования и наградил его орденом Святого Владимира второй степени. При Святейшем синоде была создана постоянная Комиссия духовных училищ. Михаил Михайлович как один из авторов новой системы духовного образования, вошел в эту комиссию.

С 1809 по 1814 гг. были подготовлены уставы, образовательные программы духовных учебных заведений, был установлен централизованный контроль духовного обучения и воспитания. Одним словом, появилась мощная и саморазвивающаяся система православного образования.

Академическое духовное образование стало приравниваться к университетскому. Деятельность Комиссии духовных училищ существенно повлияла не только на духовное обучение, но и в целом на систему образования, на просвещение подданных Российской империи.