В октябре 1939 года Киси Нобусукэ вернулся в Японию и получил назначение на министерский пост в правительстве принца Коноэ Фумимаро (июль 1940 года). Однако уже в декабре 1940 года его вынудили уйти в отставку: методы планирования и управления Киси вызвали сопротивление слишком многих влиятельных кругов. Когда новым лидером режима стал Тодзё Хидэки, в октябре 1941 года, он назначил Киси министром торговли и промышленности (сёкосё). На этом посту Киси Нобусукэ активно продвигал концепцию «тотальной войны» (сорёкусэн), в том числе через организацию принудительного труда китайцев и корейцев.

В апреле 1942 года его избрали депутатом, две трети мест в парламенте были зарезервированы за единой политической партией, поддерживающей действующий режим. Во время правительственной перестановки 1943 года Киси получил новый пост и отвечал теперь за производство боеприпасов в рамках расширенного военного министерства под руководством Тодзё. Примечательно, что во время войны Киси сохранил дружеские отношения, установившиеся еще до атаки на Пёрл-Харбор, с Джозефом Грю (1880–1965), американским послом, который к тому времени был интернирован. Эта связь впоследствии существенно помогла ему вернуться на политическую арену[158].

После поражения в битве за Сайпан в июле 1944 года Киси пытался всеми способами сместить правительство Тодзё. Он объединил 32 депутатов в Новую партию Киси (Киси синто), вербуя сторонников среди независимых предпринимателей, не связанных с устаревшими дзайбацу. Его ключевым союзником становится Фудзияма Айитиро (1897–1985) — будущий министр иностранных дел (1957–1960), президент Сахарной компании Великой Японии (Дай-Нихон сэйто КК), обогатившейся на колониальной эксплуатации, а также президент химического предприятия (Нитто кагаку когё КК) и металлургического завода. Фудзияма воспользовался своим влиянием, чтобы избавиться от Тодзё.

В июле 1944 года Киси пришел к выводу, что модель единственной правящей партии, созданной в октябре 1940 года, более не отвечает требованиям времени. В отличие от фракции Ёсиды, к которой позднее присоединился Хатояма, он не делает ставку на мирную карту и не поддерживает идею переговоров с Соединенными Штатами, рассматривая такую возможность как неприемлемую.

6 и 9 августа 1945 года американские атомные бомбы разрушили Хиросиму и Нагасаки. 15 августа император объявляет по радио о капитуляции Японии. Тояме Мицуру не довелось увидеть последствия поражения, он умирает в 1944 году, окруженный почестями. Утида Рёхэй скончался еще в 1937 году. Принц Коноэ Фумимаро совершил самоубийство 16 декабря 1945 года. Классифицированные как военные преступники класса А (высший уровень обвинения) и осужденные на Токийском процессе, Тодзё Хидэки и Доихара Кэндзи приняли смерть на виселице 23 декабря 1948 года. Мацуока Ёсукэ, также привлеченный как военный преступник, умирает в тюрьме в ожидании суда, который должен был состояться 26 июня 1946 года.

Генерал Араки Садао осужден за военные преступления. Приговоренный к пожизненному заключению, он вышел на свободу в 1955 году по состоянию здоровья. Из-за административной неразберихи (путаница в фамилиях!) Исивара Кандзи избегает участи военного преступника. Из-за слабого здоровья и противостояния Тодзё ему удается избежать Токийского процесса. Смерть настигла его на собственной ферме в Нисияме 15 августа 1949 года, в четвертую годовщину поражения Японии.

Цудзи Масанобу, ультрамилитаристский полковник, избежал ареста в качестве военного преступника. Он скрывался, выдавая себя за рабочего на угольной шахте в Сага на Кюсю. Позже, в 1952 году, он получит мандат депутата. Фудзияма Айитиро, заключенный в 1945 году на три года по обвинению в военных преступлениях, выйдет на свободу и с 1951 года будет представлять Японию в ЮНЕСКО.

Хосино Наоки, арестованный как военный преступник класса А, приговорен к пожизненному сроку в ходе Международного военного трибунала для Дальнего Востока, но освободится уже в 1958 году. Затем он войдет в советы директоров различных компаний, включая железнодорожную корпорацию «Токю». Он также займет пост вице-президента отеля «Хилтон» и возглавит издательскую группу «Даймонд», где в 1963 году опубликует мемуары, восхваляющие достижения Маньчжоу-го и заслуги Тодзё.

Арестованный американцами после поражения Японии Киси Нобусукэ разделил участь преступников класса А в тюрьме Сугамо. Кодама Ёсио и Аикава Ёсисукэ оказались там же. 23 декабря 1948 года все они будут освобождены. С этого момента откроется новая глава в истории якудза.